新方案 | circRNA数据分析都做些啥（一）？
作为非编码RNA领域新的重量级选手，circRNA数据分析内容与大家熟悉的miRNA，lncRNA分析又有啥异同呢？小编这就带大家先睹为快！
在完成circRNA测序，获取高质量测序数据后，联川会为大家提供丰富的分析内容，主要包括：
1．circRNA鉴定
2．circRNA注释
3．circRNA表达水平分析
4．circRNA功能富集分析
5．circRNA起源分析
6．circRNA-miRNA互作网络分析
1．circRNA鉴定
外显子驱动环化或内含子驱动环化RNA含有一个反向剪接点，并且发生剪接的两个片段来自同一条染色体（见图1）。由于外显子下游的剪接供体连接到外显子上游的剪接受体上，因此外显子的次序发生了重排。根据以上特征鉴定出候选的含有反向剪接点的可能来自环状 RNA 的读段（Back-spliced junctions reads）。因此，不同于线性RNA序列比对基因组的方法，我们采用TopHat-Fusion（以非共线性方式进行比对）进行circRNA数据的比对分析。
图1 circRNA与linear RNA具有不同的序列比对策略
根据circRNA 结构特征以及剪接序列特征，并结合权威文献，设置circRNA鉴定标准，最后获取的鉴定结果（部分）如下表所示。
2．circRNA注释
基于circRNA在基因组中的位置关系以及与protein coding gene的关系，对筛选获得的circRNA candidate进行注释，主要包括：1） circRNA位置关系分类；2） circRNA功能注释，根据circRNA-hosting基因进行功能注释。
2.1 circRNA基因组位置注释
依据在基因组中对应的位置关系进行circRNA分类注释，主要分为5类，即introniccircRNA、exonic circRNA、antisensecircRNA、sense-overlapping circRNA以及intergenic circRNA（见图2）。
图2 circRNA基因组位置分类
2.2 circRNA功能注释
基于circRNA形成机制，依据circRNA对应的circRNA-hosting基因功能进行circRNA功能注释，包括基因注释、GO注释以及KEGG注释。具体内容如下表所示。