新方案 | circRNA数据分析都做些啥（二）？

上期小编为诸位介绍了circRNA鉴定与注释的相关内容。本期我们重点看circRNA的表达水平分析。

3. circRNA表达水平分析

circRNA表达值是通过计算其TPM(Transcripts Per Million)值进行定量分析。

3.1 circRNA表达值分布统计

circRNA的表达值分布统计如下表所示。

上述表达值分布统计可以进一步用盒形图表示，从整体上观察circRNA的表达水平。对于有生物学重复样本，还可以通过盒形图初步判断设计样本的可重复性。

样本TPM盒形图（横坐标为样品名称，纵坐标为log10(TPM)）

3.2 不同circRNA表达值区间分布统计

由于样本的circRNA表达数量和表达值分布存在一定差异，可以将样本表达值（TPM）划分为不同区间，计算不同表达区间样本表达的circRNA数量。

TI=TPM Interval

此外，报告中还会给出circRNA覆盖深度统计，circRNA表达值密度图，circRNA表达水平统计表等。

3.3 circRNA差异表达分析

针对不同的实验设计和有无生物学重复样本，我们会设置不同的检测阈值。通常对差异显著基因的默认阈值：有生物学重复样本（q<0.05或者p<0.05），无生物学重复（|log2foldchange|≥ 1，p<0.05）。具体分析结果内容如下。

差异 circRNA表达火山图

通过绘制火山图可以了解差异表达circRNA的整体分布情况。以 log2(foldchange)为横坐标，-log10(pvalue)为纵坐标，对差异表达分析中所有的circRNA绘制火山图（如下图）。其中横坐标代表circRNA在不同样本中差异表达倍数变化；纵坐标代表circRNA表达量变化差异的统计学显著性；红点代表上调的显著差异表达基因，绿点代表下调的显著差异表达基因，蓝色的点代表非显著性差异表达基因。

差异 circRNA表达上下调频数统计

将每一组差异表达分析中的上调与下调的显著性差异表达 circRNA 进行统计，并以柱状图展示（如下图）。红色柱子代表上调的基因频数，绿色柱子代表下调的基因频数。

差异 circRNA表达水平聚类分析

用于判断circRNA在不同实验条件下表达模式。根据样品circRNA表达谱的相近程度，将circRNA进行聚类分析，直观地展示circRNA在不同样本（或是不同处理）中的表达情况，由此获取生物学相关信息。

横坐标为样本，纵坐标为基因，不同颜色表示不同的基因表达水平，红色表示高表达基因，绿色表示低表达基因。

未完待续… …

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