你不知道的外泌体（4）| 专题

前言

在我们之前的外泌体专题中已经提到，外泌体RNA 和常规组织提取的RNA间存在差别，而对于外泌体RNA构成也已有相关研究讨论。联川生物基于真实样本，实现了外泌体分离、外泌体RNA提取、转录组文库构建&miRNA文库构建、后期数据分析的整套流程。基于此套流程，转录组分析结果和miRNA分析结果和已发表文献结果相吻合。

转录组测序

1数据比对率

外泌体形式的功能包含病原体传播，通过分析不同来源样本外泌体RNA发现，某些来源样本生物外泌体RNA中包含大量病原菌序列。因此对于不同来源的样本，我们会采取不同的建库方式（rRNA deletetion、LC（针对病原菌含量多样本））。

不同建库方式的数据比对情况

rRNA deletetion：常规外泌体样本+核糖体去除建库

B+rRNAdeletetion：含病原菌外泌体样本+核糖体去除建库

LC：含病原菌外泌体样本+联川特殊处理建库

2

数据比对区间

Clean Reads比对到物种基因组的内含子区域比例很高（60%左右），比对到外显子区域的比例却很低，只有10%左右（如下图）。

结合实际测序数据和相关文献，我们认为导致该现象的主要机制如下：

1NMD机制在外泌体中不起作用

在真核生物细胞内，mRNA生物学发生的各个不同过程始终受到机体的严密监控(mRNA Surveillance)，以确保最终形成高质量的成熟体mRNA。一旦监测到mRNA生物学发生过程产生未被正确剪接的转录本，这些机制就会启动，降解这些异常转录本。目前普遍认为哺乳动物在mRNA从前体到成熟体的生物学发生过程主要通过Nonsense MediatedmRNA Decay(NMD)机制来监控最终形成的成熟体mRNA是否正常。但是，NMD机制在外泌体中不起作用。而外泌体偏好包裹外源mRNA分子，这些外源mRNA在NMD机制失效的情况下可以在内含子很少被剪接或不被剪接的这种异常情况下仍得以保留。因此，最终得到的mRNA分子含有大量的内含子区域。

2测序数据包含部分lncRNA

miRNA测序

测序数据RNA比例分布

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