我的lncRNA测序数据中还有环状RNA?!
你的lncRNA测序数据中藏有环状RNA,
这个你造吗?
采用核糖体去除方案构建的RNA-Seq文库都带着环状RNA(circRNAs)呢!
环状RNA: 新的重量级非编码RNA
环状RNA(circular RNAs,circRNAs),广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。同时circRNA头尾相连的剪接方式也造成它的鉴定也有别于线性RNA(如下图)。
图 circRNA与linearRNA具有不同的序列比对策略
最近的研究证实,circRNAs是(competing endogenous RNAs)ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。然而,circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。
图 circRNA是重要的ceRNA成员
现在起,你只需提供已有的lncRNA测序数据,我们将帮助你彻底地挖掘出隐藏的circRNA信息,让你的测序数据再次发光发热!
我们为小伙伴们准备了两套circRNA挖掘方案
方案一 circRNA发掘与功能分析
包括以下分析内容:
参考基因组比对分析
circRNA鉴定与注释
circRNA表达水平分析
circRNA差异表达分析
差异circRNA-hosting gene GO富集性分析
差异circRNA-hosting基因KEGG富集性分析
预测circRNA-miRNA互作网络
方案二 circRNA的ceRNA功能预测
包括以下分析内容:
方案一全部分析内容
circRNA、mRNA、miRNA三者间表达关联分析(即ceRNA网络分析)
预测circRNA作为ceRNA的功能
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我们会有专人与你对接分析事宜。
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