从“一”到“多”的联合分析
随着高通量测序技术的不断发展，生命科学的研究策略也越来越多元，早已从简单的单一研究发展为多组学、多技术的联合分析。这也为科研工作者提供了更多的研究切入点，可以从局部到整体，系统阐释生命科学的奥秘。联川生物除了是miRNA研究领域的第一品牌，联合分析项目经验也很丰富，小编弱弱的统计了一下都有80余篇用户文章呢。下面小编就为各位看官梳理下代表性的联合分析方案吧！
联合分析方案
方案一：小RNA组+转录组+降解组
众多的研究证实，microRNA（miRNA）通过调控基因表达在人类生长发育、疾病发生发展、动植物生长发育、逆境应答、分子育种等许多方面发挥着非常重要的作用。miRNA组和转录组联合分析，是一个系统性双层次联合研究miRNA调控基因表达分子机制的高效策略。通过生物信息学方法预测miRNA靶基因，同时结合miRNA表达谱、mRNA表达谱数据、以及降解组测序数据鉴定关键的miRNA及其调控的靶标基因；从而深入构建miRNA与mRNA的关系网络，并基于此探讨miRNA参与各种复杂事件的机制。
分析导图
降解组测序：基于植物miRNA主要以剪切降解方式调控基因表达，使用二代测序对基因的降解片段进行大规模测序，并结合生物信息学方法，高效鉴定miRNA作用的靶基因。基于此实验原理，降解组测序技术更适用于植物。
分析优势
系统视角：采用生物信息学预测和降解组数据双重交叉鉴定miRNA调控的靶基因，显著提升靶基因鉴定的准确性，有效降低后续功能实验的风险。
数据全面：获取完整的miRNA与mRNA表达数据，全面揭示miRNA与mRNA相互作用关系。
更加真实：从系统生物学角度，多层次系统分析miRNA与基因的表达调控关系。
研究工具
miRNA测序 or miRNA芯片 + 转录组测序 or 基因表达谱芯片 + 降解组测序
方案二：小RNA组+转录组+lncRNA+circRNA组
lncRNA和circRNA是近期引起强烈关注的非编码RNA家族新的重量级成员。lncRNA序列较长（> 200 nt），结构复杂，现有的研究表明其在多个层次上发挥重要的生物学功能。不同于线性RNA，circRNA呈封闭环状结构，表达高且稳定，不易降解。目前已知的circRNA调控功能之一，是像“海绵”一样大量吸附miRNAs，解除miRNAs对其靶基因的抑制作用，进而调控基因表达。然而，我们对lncRNA和circRNA的功能所知十分有限，需要结合转录组的数据加以分析和注释。另一方面，lncRNA、circRNA都与miRNA存在紧密的相互作用，联合分析小RNA组，转录组，lncRNA组，circRNA组将会呈现出一张更为精细的调控网络（即ceRNA调控网络）
分析导图
ceRNA（competing endogenous RNA）：具有相同miRNA应答元件（MRE）的mRNA、假基因转录物、lncRNA、circRNA等转录物通过竞争性结合同种miRNA来调控各自的表达水平，从而影响细胞的功能。ceRNA是一个新的更精细的调控网络。
分析优势
系统视角：从系统生物学角度，多层次系统分析circRNA，lncRNA，miRNA与基因的互作关系。
数据全面：囊括最热的三类非编码RNA和完整的mRNA数据，深度揭示基因表达调控网络。
紧握热点：ceRNA调控是目前最热的基因表达调控机制之一，相关的研究极具影响力。
研究工具
组合一：miRNA测序 + circRNA测序（rRNA depleted）
组合二：miRNA测序 + circRNA测序（rRNA depleted + RNase R treatment）+ lncRNA测序
方案三：转录组+蛋白质组
蛋白质是生命功能的执行者，是研究生命活动过程中不可或缺的一环。近年来，随着生物技术的不断革新，研究人员已有许多研究蛋白质组的高效工具，使得转录组和蛋白质组的联合分析成为现实，并由此取得了许多重要的研究成果。
分析导图
分析优势
系统视角：转录组与蛋白质组紧密相连，两者联合分析才能解析复杂的调控机理。
数据全面：采用全面的转录组数据和蛋白质组数据，帮助更好理解转录组与蛋白质组的相互关联。
真实调控：基因表达谱结合蛋白质组数据，才能帮助揭示真实的基因表达调控网络。
研究工具
转录组测序 or 基因表达谱芯片+iTRAQ蛋白质组定量
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