联合分析之ceRNA研究策略
哐哐哐~小编又来给大家发福利啦~
今天我们的精选案例是之前“从“一”到“多”的联合分析”（点此查看）中的方案二，下面跟着小编一起来收干货吧~
鉴定与分析玉米lincRNAs作为miRNA靶标或诱饵的功能
Genome-wide identification and functional analysis of lincRNAs acting as miRNA targets or decoys in maize
研究物种：玉米
发表期刊：BMC Genomics（2015）
IF：3.986
目的：
研究植物中lincRNA与miRNA的互作关系
数据：
玉米lincRNAs、miRNA及降解组数据
主要工具：
miRNA测序 + lncRNA测序 + 降解组测序
数据分析：
miRNA靶基因预测，GO富集分析、Cytoscape
图表展示：
图 miRNA靶基因lncRNAs与mRNA共表达网络图
结果：
1.为验证34个miRNA相应的靶lincRNAs的功能，构建了lincRNAs和mRNA共表达网络图，发现32个 lincRNAs可以与9043个mRNA共表达。
2.使用78个miRNA，117个lincRNA，8834个mRNA绘制网络图，发现lincRNA作为miRNA靶标的有42对，lincRNA作为miRNA诱的有104对
3.miRNA靶基因预测出86个lincRNA可能作为58个miRNA的诱饵，共形成104对miRNA-lincRNA关系对。保守性分析显示，诱饵位点具有一定的保守性。
lncRNA-FER1L4以ceRNA方式调控PTEN表达抑制肿瘤细胞生长
Long noncoding RNA FER1L4 suppresses cancer cell growth by acting as a competing endogenous RNA and regulating PTEN expression
研究物种：人
发表期刊：Scientific Reports（2015）
IF：5.228
目的：
lncRNA-FER1L4在胃癌中发挥怎样的生物学功能
取材：
胃癌细胞系AGS，MGC-803，SGC-7901和正常胃表皮细胞系GES-1
主要工具：
miRNA测序 + lncRNA 测序
数据分析：
miRNA靶基因预测，细胞周期分析，SPSS数据分析
图表展示：
图 与PTEN相关的ceRNA网络图
结果：
1.对胃癌细胞系AGS，MGC-803，SGC-7901和正常胃表皮细胞系GES-1中FER1l4的表达进行了检测，发现癌细胞系中表达水平明显降低。并检测了20个胃癌组织样本，发现高表达FER1L4的样本中伴随着高PTEN的表达。
2.研究发现miR-106a-5p过表达会显著降低靶向lncRNA和mRNA的表达；抑制miR-106a-5p的表达导致游离的FER1L4和PTEN mRNA增加。证实该lncRNA和mRNA是同一个miRNA的靶基因。
3.敲降FER1L4，发现miR-106a-5p的表达显著增加，qRT-PCR和western blot检测发现PTEN的mRNA和蛋白水平发现都显著性减少。表明lncRNA的表达异常会影响miRNA的表达，而miRNA的表达异常也会引起下游相应靶基因的表达。表明lncRNA影响miRNA和mRNA的表达。
4.对敲降FER1L4的GES-1, AGS, MGC-803 和 SGC-7901细胞系流式细胞检测，发现FER1L4的下调促进了G0/G1到S期的转化。同时，胃癌细胞系的细胞增殖加速。
整合分析mRNA-miRNA-circRNA测序数据揭示化学物致癌新观点
High-throughput data integration of RNA–miRNA–circRNA reveals novel insights into mechanisms of benzo[a]pyrene-induced carcinogenicity
研究物种：人
发表期刊：Nucleic Acids Research（2015）
IF：9.202
目的：
研究miRNA、mRNA和circRNA之间的ceRNA网络揭示化学物致癌机制
取材：
暴露于强致癌物BaP不同时间的人类HepG2肝细胞
主要工具：
miRNA测序 + circRNA测序
数据分析：
miRNA靶基因预测，miRNA差异表达分析，circRNA预测
图表展示：
图 致癌机制假说
结果：
1.时序实验发现miR-181a-1_3p随着时间变化表达一直下调。以其为研究对象，寻找在BaP作用下的调控机制。
2.靶基因预测发现，有14个差异表达mRNA（包括DNA修复基因MGMT）和16个差异表达的circRNA具有miR-181a-1_3p的作用位点。
3.数据分析发现，随着时间的变化， miR-181a-1_3p、MGMT和circRNA具有一定的表达相关性。
4.研究发现，在BaP作用下，会超量表达miR-181a-1_3p，从而抑制MGMT的翻译，抑制DNA损伤修复；随着时间的增加，circRNA的表达量增加，竞争性结合miR-181a-1_3p，从而解放MGMT，一定程度上可对DNA损伤进行修复
ceRNA的研究策略
1.mRNA，lncRNA，或circRNA拥有共同的miRNA结合位点
2.ceRNA的两个（或多个）基因具有表达正相关性
3.ceRNA的两个（或多个）基因的正相关性由相同的miRNA调控
4.实验验证三者间的ceRNA调控关系
5.实验揭示ceRNA的生物学功能
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