降解组测序还可以用在动物中？

上周小编分享到，植物miRNA靶基因鉴定的王牌方法是降解组测序，没错！鉴定miRNA靶基因的解药就是降解组测序。miRNA调控其靶基因表达的方式在植物与动物中的差异——在动物体内以基因的翻译抑制居多，在植物体内则以靶基因被剪切占多数——使得降解组测序更适合运用在植物研究中。然而，动物中miRNA的靶基因就不能用降解组测序来鉴定了吗？实则不然，下面一起来看一些降解组测序在动物研究中的应用。

Dynamic expression of miRNAs acrossimmature and adult stages of the malaria mosquito Anopheles stephensi

斯氏按蚊幼虫与成虫中miRNAs的动态表达

发表期刊：Parasites & Vectors

年份：2015

背景：

斯氏按蚊是亚洲疟原虫的主要宿主，具有四个不同发育阶段、完全变态的生命周期。然而疟蚊miRNAs在蚊子不同发育阶段的作用和机制尚不明确。

取材：

雄性和雌性四龄幼虫、蛹、5-6天成虫，共六组样本

方法：

a.六组样本进行小RNA文库构建，发现鉴定miRNAs，并对其差异表达进行统计学分析。

b.4-5天雌性疟蚊分别注射PBS、RNA干扰剂、miR989拮抗剂，提取疟蚊卵巢组织进行实时定量PCR

c.使用Northern杂交和实时定量PCR技术对5-6天雌性成虫进行进一步验证。

d.降解组测序鉴定miRNAs降解靶基因，探究miRNAs在昆虫发育中的调控作用。

工具：

小RNA测序、降解组测序、Northern杂交、实时定量PCR

图表展示：

图 miRNAs在不同发育阶段的差异表达热图

图 六个不同样本中miRNAs的表达

结果：

１.小RNA测序及数据分析显示，在斯氏按蚊所有发育阶段，共发现了111个已知miRNAs和14新miRNAs，其中有9个miRNAs呈现出性别差异性。在雄性和雌性疟蚊的不同发育阶段中，分别发现24个和26个miRNAs的调控方式。

２.降解组测序结果显示，共发现昆虫miRNAs的29个靶基因。与成年雄性蚊子相比，miR989在成年雌性蚊中显著上调表达。

３.成年雌性蚊敲除miR989后，其靶基因在卵巢组织中蛋白结合，蛋白质水解和核酸合成中发挥作用。

结论：

第一次全面探索斯氏按蚊雄性和雌性蚊发育阶段miRNAs的调节作用。靶基因预测和通路分析初步揭示出miRNAs在蚊子发育过程中的调控作用。本研究对减少蚊媒传染病的传播，有效控制蚊子种群的方式具有深远的启发意义。

动物案例

1.Diverse endonucleolytic cleavage sites in the mammalian transcriptomedepend upon microRNAs, Drosha, and additional nucleases期刊：molecular cell年份：20102.Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage期刊：Nucleic Acids Research年份：20113.Signature miRNAs Involved in the Innate Immunity of Invertebrates期刊：PLoS ONE

年份：2012

4.Global analyses of endonucleolytic cleavage in mammals reveal expanded repertoires of cleavage-inducing small RNAs and their targets期刊：Nucleic Acids Res年份：2016

以上是部分降解组测序在动物研究中的应用，研究中利用降解组测序获得的miRNA剪切调控的靶基因数量少，然而一切的存在均有它存在的意义。也许在研究中能发现一些新奇有意思的功能和调控机制，这谁又知道呢？等你来探寻~

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扩展阅读：

回复“降解组”，查阅联川合作课题组近期降解组测序研究成果。

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