首篇CeRNA文章新鲜出炉 | 用户文章

还记得很久之前小编给大家讲过的联合分析之ceRNA研究策略么？不记得也没关系，因为之前是给大家讲的研究策略，今天就上一篇实实在在的文章吧，这样再来给大家复习一下，应该会比较印象深刻吧，请看下面↓↓↓

1研究背景

长非编码RNA（lncRNA）在调节各种生物过程中发挥着关键和复杂的作用，包括染色质修饰，转录和转录后加工。更有趣的是，一些lncRNAs可以作为吸引miRNA的“海绵”，在转录后调控中抑制其与miRNA靶基因的相互作用。这意味着它们可以被认为是竞争内源性RNA（ceRNA）。

2研究内容

在这项研究中，研究人员通过整合高通量RNA测序和微阵列数据，利用Targetscan和miRanda生物信息学算法和miRTarbase microRNA-靶标相互作用数据库对SHEE和SHEEC细胞系中的lncRNA，miRNA和mRNA表达进行了比较，并构建了竞争内源性RNA（ceRNA）网络。

取材：永生化人食管上皮细胞系SHEE，恶性转化的食管癌细胞系SHEEC

3研究结果

1.差异表达的miRNA：通过比较SHEE和SHEEC细胞系间miRNA表达之间的差异，发现在2019个表达的miRNA中，有59个差异表达，其中25个表达上调，34个表达下调。

2.差异表达的lncRNAs和蛋白质编码基因：通过测序结果，分析了SHEE和SHEEC细胞系之间的转录变化，结果检测到11,557个独特的蛋白质编码基因和15,932个独特的lncRNAs。其中5593蛋白编码基因及6294个lncRNA异常表达。并且大多数异常表达的新型lncRNAs表达集中下调。

3. miRNA结合位点预测：利用Targetscan 6.2和miRanda 3.3a进行lncRNA靶向搜索，结果显示54个miRNA可能与83 lncRNAs相互作用。 基于这54个miRNA，利用miRTarbase数据库寻找miRNA的mRNA靶点。结果表明51个miRNA与2260个靶标基因相互作用。 这些靶基因大多数是癌症相关的基因，如PTEN，STAT3，VEGFA，KRAS，TP53，CCND1，CDK6，E2F1，FGFR1和EGFR，在细胞增殖，凋亡，细胞周期，侵袭和转移中具有重要作用。

4. lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络构建：基于以上数据结果，将数据导入Cytoscape软件以组装调节网络来可视化ceRNA网络，上述网络内的基因通过基因功能GO和KEGG途径分析处理。

CeRNA网络图

5. 基因功能及途径分析：基于GO富集分析，发现CeRNA网络中325个重要功能基因，主要参与小分子代谢，凋亡，小GTP酶介导的信号转导，凋亡的负调节，有丝分裂细胞周期，蛋白质结合，ATP结合，DNA结合，蛋白激酶结合活性以及GTP结合等。功能通路分析表明ceRNA网络潜在调控着多个信号通路。一些癌症相关途径，如MAPK，Ras，肌动蛋白细胞骨架，HIF-1，Rap1和PI3K / Akt信号通路的调节与细胞癌的发生显着相关。

4研究结论

本研究结果为癌症中ceRNA网络研究提供了线索，并且发现ceRNA网络潜在调调控多个癌症信号通路。

5用户文章

Sun JC.et al.(2016)A computationally constructed ceRNA interaction network based on a comparison of the SHEE and SHEEC cell lines. Cellular & Molecular Biology Letters. Doi:10.1186/s11658-016-0022-0

本研究中的miRNA芯片、lncRNA测序及ceRNA网络分析由联川生物协助完成

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