鉴定和表征斑马鱼circRNA | 用户文章

题目：Identification and characterization of circular RNAs in zebrafish

1. 研究背景

环状RNA（circRNA）是一种新型的内源性非编码RNA，其3'和5'末端的共价键形成环形结构。研究表明circRNA比线性RNA更稳定，并且能够在RNase R处理条件下存在，是一类具有特殊功能的RNA。

在鱼类研究中，已经分析了腔棘鱼的circRNA，然而斑马鱼circRNA数据仍然未被研究。作为模式生物，斑马鱼中约70％的基因与人类是直系同源的，其对人类疾病的研究做出了重要贡献。

2.研究目的

本研究利用circRNA测序及生物信息学分析方法，对斑马鱼组织中的circRNA进行鉴定和表征，为进一步研究鱼类circRNA的功能提供依据。

取材：雌雄个体各3只，对不同组织进行了采样，包括脑、眼、心、肝、脾、肾、肠、皮肤、肌肉、鳃、卵巢和睾丸组织等。

3.研究内容

本研究利用高通量测序技术及三种预测算法（find_circ，CIRI，segemehl）对斑马鱼中的circRNA进行了分析，共鉴定出3868个circRNAs。通过将这些circRNA与斑马鱼基因组序列进行比较，共发现五种组成类型的circRNA（外显子，内含子，有义重叠，反义和基因间circRNA），含量分别为24.48％，19.62％，39.30％，3.18％和13.42％。对circRNA的microRNA靶点分析表明，一些circRNA可能起到miRNA海绵（ miRNA sponge）的作用（如 dre-miR-2193）。本研究发现只有25个（2.64％）外显子circRNA的侧翼区域存在反向互补序列，这表明斑马鱼外显子circRNA生物发生机制可能与哺乳动物不同。此外，分析发现1122个（29％）斑马鱼circRNA序列显示出与人、小鼠和腔棘鱼circRNA具有同源性。

图 斑马鱼circRNAs鉴定

4.用户文章

ShenYD ,et al. (2017) Identification and characterization of circular RNAs in zebrafish.FEBSLetters . doi:10.1002/1873-3468.12500

本研究中的数据分析由联川生物协助完成

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