云课堂(11) | 真菌FUNGuide功能预测使用指南

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

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今天小编将与大家一起分享云平台里的真菌FUNGuide功能预测使用指南，一起学起来吧~

FUNGuild 是一款使用的工具，它能将高通量/克隆文库等方法获得的真菌基因序列信息与真菌的生态功能联系起来，其基本内涵即 FUNGuild: Fungi + fUNctional + Guild。

“Guild”即“功能分组”（functional group），其概念早在1902年被提出，指某些物种，无论其系统进化上是否相关，但它们在对环境资源的吸收利用上采取相似的方式而被划分为同一类，这一类群即被称之为一个guild。Guild 概念之所以吸引生态学家有很多原因，特别是因为其可以从复杂群落分类中提取出更易处理和理解的生态单位，因关注营养策略，所以还可以提供相比于物种丰富度和分类鉴定而不同的视角。另外，划分 Gulid 可以比较不同群落，甚至是当群落之间不存在直接重叠的物种时。开发者基于目前已发表的文献或权威网站数据，首先根据营养方式将真菌分为三大类：

（1）病理营养型（pathotroph）——通过损害宿主细胞而获取营养（包括吞噬型真菌 phagotrophs）；

（2）共生营养型（symbiotroph）——通过与宿主细胞交换资源来获取营养；

（3）腐生营养型（saprotroph）——通过降解死亡的宿主细胞来获取营养。 又进一步细分为 12 个 guilds（按字母排序）： 动物病原菌（animal pathogens）、丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi）、外生菌根真菌（ectomycorrhizal fungi）、杜鹃花类菌根真菌（ericoid mycorrhizal fungi）、叶内生真菌（foliar endophytes）、地衣寄生真菌（lichenicolous fungi）、地衣共生真菌（lichenized fungi）、菌寄生真菌（mycoparasites）、植物病原菌（plantpathogens）、未定义根内生真菌（undefined root endophytes）、未定义腐生真菌（undefined saprotrophs）和木质腐生真菌（wood saprotrophs）。还包括三类形态特殊的真菌：yeast、facultativeyeast 和 thallus。

使用步骤：
1. 打开网址：http://www.stbates.org/guilds/app.php ，页面十分简洁，操作也十分简单。只需要将OTU物种注释表输入即可输出相应的功能预测结果：

2. 输入的丰度表可以是txt和csv格式，但建议使用excel先整理好表格，然后粘贴进txt文件。其中主要标题的结构为OTU_ID、样本名称、taxonomy物种注释（注意大小写以及下划线等）。其中不同样本间以tab键隔开，不同层级注释结果以分号隔开：

3. 输出结果如下：

具体每列的意义：

1.物种名称；

2.物种层级: 0=keyword，3=Phylum，4=Subphylum，5=Class，6=Subclass，7=Order，8=Suborder，9=Family，10=Subfamily，11=Tribe，12=Subtribe，13=Genus，15=Subgenus，16=Section，17=Subsection，18=Series，19=Subseries，20=Species，21=Subspecies，22=Variety，23=Subvariety，24 =Form，25=Subform，26=Form Species；

3.营养方式（Trophic mode）：分为病理营养型（pathotroph）、共生营养型（symbiotroph）和腐生营养型（saprotroph）三种类型；

4.Guild类型（Guild）：即上面提到的12种guild类型；

5.置信度（Confidence）：基于已发表文献或权威网站或作者实验室研究数据对分类结果给出可信度评估，分“极可能”（highly probable）、“很可能”（probable）和“可能”（possible）三个等级，建议采纳前两种置信度的数据结果；

6.生长形态（Growth morphology）：即上面提到的除 12 种 guild 类型之外的 3 种生长形态类型（yeast、facultativeyeast 和 thallus）；

7.特征（Trait）：描述某些真菌的生长时的特征，如白腐（white rot）；

8.注释（Notes）：描述某些真菌的寄主类型、生境特征等；

9.引用/来源（Citation/Source）：对真菌进行功能 guild 划分的参考文献或网站信息。

真菌FUNGuide功能预测使用指南就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=147 或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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