热图使用指南（上）| 云课堂(23)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的热图使用指南（上），一起学起来吧~

需要什么样的输入文件？

1. 下载示例数据

默认显示的文件名是默认图片的输入数据，可以点击“示例文件下载”查看。上传的文件必须是 xlsx 格式，否则会报错。

2. 输入文件格式

文件内容如图所示，必须有行名和列名，且不能重名。填写的名字直接作为图片上显示的名字，数据可以是经过处理可直接作图的，也可以是未经处理的；未经处理的数据可使用“绘图前数据处理”功 能进行处理，参见【如何处理热图数据？】。

如何处理热图数据？

本工具提供三种数据处理方案：log 计算，中心化和标准化。

1. log 计算

可以在不改变所有数据线性关系的情况下使数据分布更紧凑，从而使颜色分布更均匀。由于log（0）无法计算，所以提供了步骤0，对所有数据加一个数，以使得计算能够进行，不同的加数会可能对绘图有不同的影响，需要调试使用。

2. 中心化

对全部数据仅进行中心化处理可以使图例关于0对称：

3. 标准化

相关意义可以上网搜索，在此不再赘述。仅对做热图而言，标准化可以使数据分布更紧凑。

4. 特别注意

若按列进行处理，则同一列内数据的线性关系不受影响（即相对大小不发生改变），但是行与行之间的线性关系可能发生改变（破坏行间数据的相对大小关系）；若按行进行处理，同理。因此，若要进行中心化和标准化处理，建议对象（全部，按行，按列）保持统一，如下为正确示范：

如何使用输入数据原始值做热图？

由于本工具默认会进行一定的数据处理，若输入文件已经经过数据处理，或者是使用“绘制表格下载”得到的文件进行二次作图，则需要清除预设的数据处理，方法如下：将1-3 步骤的选项全部选择“不处理”即可。由于第0步是第1步log计算的预处理，若log计算选择“不处理”，在第 0 步并不会进行处理。

如何调整配色方案？

1. 经典搭配

最常用的“深-浅-深”配色方案。如：“红黑绿”，“红白蓝”等。

2. 深-浅-深

大值和小值颜色深，中间值颜色浅，适用于展现上下调情况。

3. 由深到浅

数值越大，颜色越深；数值越小，颜色越浅。适用于展现数值大小情况。

如何做出黑白两色的热图？

参数设置如下：

如何处理聚类，并根据聚类结果调整数据以重新绘制？

1. 选择聚类的对象

如下，取消对列的聚类，使样本排序方式依据输入文件中的顺序。

2. 聚类方法

具体含义可上网搜索，后续会将相关释义添加到本工具的说明中。默认选项为推荐的选项。

热图使用指南（上）就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://www.lc-bio.cn/faq/sop_detail.php?id=212或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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