云分析使用指南 | 云课堂
听说小伙伴们拿到数据想重新处理却没有头绪？
听说小伙伴们等不及运营部售后团队协助？
听说小伙伴们有各种烦恼。。。。。。
没关系，这都不是问题！联川云分析（16S rDNA项目）今天上线啦~
悄悄告诉您，云分析——有参转录组也可以期待一下下咯
目前云分析支持16S rDNA（包括V4区、V3+V4区、古菌项目）项目分析。其中标准分析包括：OTU聚类（包括低丰度OTU的过滤阈值调整、不同比较组venn图展示）、Alpha多样性（展示比较组之间的稀释曲线结果）、Beta多样性（展示比较组之间的PCA、PCoA、NMDS、UPGMA结果）、物种注释物种分类分析（按照比较组展示分组结果，更换物种数据库的优先级，优化比对参数、差异菌群的筛选阈值等）。如果只涉及单模块的结果，为节约您的时间，建议直接使用单模块进行参数优化以及数据分析。具体每个模块分析的内容可以参考我们summary文件夹中对应的文件夹名称，以下为详细说明：
（一）全部流程分析（一般默认此分析类型）
第一步：在联川云平台（http://www.lc-bio.cn）点击云分析，之后登陆您的账号，点击16SrDNA测序数据分析；
第二步：点击开始分析，选择需要分析的合同号、后台会自动识别该项目信息，接着填写样本和比较组信息（有两种方式：1、直接填写：界面显示原样本名已自动填充，需要手动填写新样本名和组名以及差异分析的比较组信息2、上传参数文件：可下载示例文件，示例文件为txt格式，您可以用notepad++打开【notepad++下载链接http://download.tuxfamily.org/notepadplus/6.5.3/npp.6.5.3.Installer.exe】，之后复制内容至excel进行修改，修改好之后复制战粘贴回txt进行上传）；
第三步：接着填写分析参数（如果对于参数设置有疑问可以将鼠标移动至参数右上角“问号”处，可看到参数的项目解释）；设置完成之后记住您的分析编号（因为在“我的分析”中分析任务不是按照提交时间先后排序，故记住分析编号尤为重要），点击开始分析即可。
第四步：提交完成之后界面跳转至“我的分析” ，“状态”栏显示“分析状态”，说明正在分析中，属于正常情况。
如果想要查看分析进行到哪一步，可以将鼠标移至“分析状态”，项目分析流程按照时间排序、清晰明了；
待分析状态显示分析完成之后可下载分析结果或报告查看。
tips：如果您需要修改样本名与比较组信息，建议使用类型一（全部流程分析）！
第一步：同类型（一）第一步；
第二步：点击开始分析，在页面左侧选择单模块分析（以OTU聚类分析为例），选择需要分析的合同号、后台会自动识别该项目信息，接着填写样本和比较组信息（有两种方式：1、直接填写：界面显示原样本名已自动填充，需要手动填写新样本名和组名以及差异分析的比较组信息。2、上传参数文件：可下载示例文件，示例文件为txt格式，您可以用notepad++打开【notepad++下载链接http://download.tuxfamily.org/notepadplus/6.5.3/npp.6.5.3.Installer.exe】，之后复制内容至excel进行修改，修改好之后复制粘贴回txt进行上传）；
第三步：设置与此模块相关的参数，设置完成之后记住您的分析编号（因为在“我的分析”中分析任务不是按照提交时间先后排序，故记住分析编号尤为重要）；接着点击“开始分析”；
第四步：同类型（一）第四步。
最后，在分析过程中可随时点击“个人中心”--“我的分析”查看各任务的分析状态。
云分析小技巧介绍到这里就结束啦！想要get更多技能可关注联川公众号回复“云平台”获得最新使用指南~如果使用过程中遇到问题可随时后台留言或发送邮件至support@lc-bio.com，欢迎您给我们的云分析留言、提建议，您的吐槽是我们成长的动力！