微生物组,特别是肠道微生物组的研究愈来愈热,新的研究成果不断颠覆我们已有的认知,这些研究成果持续不断地发表在Nature、Cell、Science等顶级期刊上。这使得研究者不得不重视微生物群,特别是肠道菌群,在宿主健康或疾病过程中的关键作用。我们遇到越来越多的老师感兴趣微生物组学的知识,想学习微生物组学的研究方法,想了解微生物组学的数据含义。然而,目前市面上并没有一本能同时囊括上述内容,并且是从研究者的实操需求出发,可以作为微生物组研究入门指导的手册。
为了满足老师们学习微生物组的需求,我们最近专门编写了《医学微生物组实战指南》一书。本书是以帮助研究者更轻松更高效地开展微生物组、肠道菌群研究为目的,将最新的微生物组学研究方法与我们近万个微生物项目的实操经验相结合,围绕研究者在实践中遇到的共性问题来组织编写内容。
《医学微生物组实战指南》包括四个篇章:基础篇、上手篇、实战篇、以及特别篇。
基础篇本编介绍了人体微生物组的研究背景、进展、以及总体研究策略,并专门介绍了中药和肠道菌群的研究进展。
上手篇本篇从实验设计和数据分析两个维度,针对研究者在微生物组研究过程中常见的共性问题,结合我们丰富的项目经验给出解答和建议。比如在“1. 哪篇微生物组综述可以帮我快速入门”中,我们推荐了两篇必读的综述,出自微生物组领域顶级大牛之笔,可以帮助你从实验设计到数据分析全景地了解到靠谱的微生物组研究的方法论。又比如,用小动物做微生物组实验,你注意到了啮齿动物的这些特点吗,比如食粪性(Coprophagy)、母体效应(Parental effects)、单间胁迫(Single housing stresses)等等,在一个笼子里养几只小鼠是合适的,既能控制同笼效应(Cage effects)又不会产生单间胁迫。再比如你看着菌群多样性结果里一些生态学的概念(如alpha多样性、beta多样性)摸不着头脑,在“7 个问题串起扩增子测序的核心结果”中,我们用讲故事的方式帮你轻松看懂扩增子数据结果。类似这样的理论与实践结合的例子在上手篇中举不胜举。
实战篇本篇精选了不同研究水平的代表性微生物组研究案例(从5分到40分+),分为新手必读、新手晋级、高手修炼三个阶段,我们全文精解每个案例中的实验设计与思路、实验方法、以及实验结果,并给出点评,以供研究者汲取其中的精华并启发思考。此外,我们还为研究中药与肠道菌群关系的老师,详细解析了多篇代表性的研究案例。同时,我们优选出2个非常实用的工具,帮助你提升研究微生物、宿主、以及疾病之间关系的效率。我们希望在你细致地看完这些案例后,可以结合自己的课题做比较和思考,形成自己的微生物组研究实践观。
特别篇本篇特别邀请浙江大学加州国际纳米技术研究院和迅敏康生物科技有限公司的专家为研究者全景解说宏基因组测序(mNGS)在病原微生物检测中的应用,并分享他们对mNGS应用于病原微生物检测的深刻洞察和一线经验。对了,我们还有干货附录奉上。
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