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听说这里可以免费画小提琴图???

运营部-ZXB 联川生物 2022-05-21

应广大人民群众的召唤,(咳咳咳......),小编才不会说,其实是迫于“领导压力”才开发的呢~ 好了,不管怎么样,终于!终于!联川生物云平台小提琴图也要上线了。

小提琴图是箱线图与密度图的结合,可以展示任意位置的基因丰度信息等。虽然说小提琴图不是那么的高级,可是它经常出现在文献啊,甭管影响因子有多高,咱都可以在文章中看到它的影子,花样玩不了多少,发文有用就行!

云平台网址:https://www.lc-bio.cn/overview/55?blank=true&tools=Violin_V1.7

现在我们先看一下,不同组学,不同数据,绘制的不同的小提琴图吧~不用怀疑,下面所有的图,都可以通过这个工具实现。

篇幅有限,更多的美图大家用自己的数据尝试分析一下就可以了~下面,我们详细的讲解一下小提琴图云工具具体的操作及注意事项。

基因表达谱文件和比较组文件

【基因表达谱文件格式】

【比较组文件格式】



注意点重复!请大家的小眼睛看向这里:
1. 基因表达谱文件第一列为基因信息,之后紧跟着每个样本的具体数据,不能包含其他多余的信息,样本名称与group中第一列样本名保持一致;

2. 基因表达谱文件和比较组信息必须均上传;

3. 比较组文件中组别设置的个数不限制,您想分多少个组都可以,但要注意,组别名称不能出现重复哦~

4. 上传两个文件后图片绘制默认按照第一列样本信息进行绘制


数据处理选择:log2 log10


总结:通过以上图片的比较,一般情况下,log2和log10的处理对结果没有很大区别,取其一即可。但是不处理数据和处理数据之间差异较大,如果原始数据极值之间差距非常大的时候,绘制出的小提琴图会和图一一样,小提琴面很小,压缩到了底下。数据处理可以放大小提琴面,更好的展示数据情况。


绘制方式选择

按样本绘制,按组别配色,按组别绘制;后两者可以选择不同组别

总结:通过以上不同形式的展示,可以看出不同的绘图方式,展示的形式是不一样的。按样本绘制:小提琴的颜色根据样本来定,不同的样本小提琴颜色不同;按组绘制:将同一个组的数据取平均值后再进行绘制,有多少个组,就有多少个小提琴;按组配色:同一组的样本颜色相同,有多少个组就有多少个颜色,小提琴个数与样本数一致。


图片展现形式选择

分面或者不分面;选择分面的同时可以选择相应的组别

分面的意思其实就是将不同张图片合并到一张种,下面对比一下分面和不分面的区别:


转置选择

vertical,horizontal,reverse,默认为vertical

不同的转置方式的不同展示形式:

总结:根据以上三个图的区别,可以看出,vertical为默认的图片形式,horizontal为X Y轴相互对换,reverse为上下对换。


绘图参数调整

此部分相关详细的说明可以看下图;其实每个控件均已经用名字描述,大家可以看信息相应调整图片即可


图片下载和数据下载

下载的数据是对上传数据进行了平均值,最大值,最小值等信息统计;

  • 图画完了,下载PPT,还可以拆分组件,堪比图片编辑器

这么方便!还不赶紧跳进联川生物云平台的碗里来~

偷偷告诉你们,还有很多其他免费分析哦,STEM,GSEA......还不来使用,真的亏大了~

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