做肿瘤微生物检测，这些检出的菌可能来自污染！| 肿瘤微生物

从低微生物生物量的肿瘤组织中检出菌来，确实是一件值得兴奋的事，因为这意味着新的发现新的故事。但请先别高兴地太早，因为已有许多研究从阴性对照中检出细菌污染，也就是说，从实验样本中检出的菌，不一定来自样本本身。表1给出的从阴性对照中鉴定出的细菌菌属，它们在不止一项的研究中被发现[1]。

对照表1，如果你从肿瘤组织中也检出了相同的菌，你应该注意以下三点：

1. 表1给出的是属水平的细菌，而实际的污染菌可能只是属分类下某个或某几个种水平的细菌；

2. 不要直接否定这些菌在肿瘤组织中的存在，但应保持警惕和怀疑的态度；

3. 如果这个（些）菌在你的结果里是核心菌，你需要用其他证据（比如IHC、FISH、培养组学等）来证明这些菌不是来自污染；

除了对照表1，如《做肿瘤微生物检测，这些实验建议你都知道吗？》所建议的，在实验的多个环节设置对照样本，一同完成测序实验，通过实验样本与对照样本的菌群比较，将有助于更好地去伪存真。

表1 阴性对照中鉴定出的细菌菌属*文献序号出自参考文献

参考文献

Eisenhofer R, Minich JJ, Marotz C, et al. Contamination in Low Microbial Biomass Microbiome Studies: Issues and Recommendations. Trends Microbiol. 2019 Feb;27(2):105-117.

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