One-Step靶向文库制备是怎样炼成的(3)?
数量庞大且复杂性极高的PCR引物设计一直是困恼科研人员开展多重PCR的最大障碍。在实验中,易出现引物特异性差,引物二聚体现象严重,引物扩增效率参差不齐,序列脱靶,非特异性扩增,扩增子文库均一性差等难以有效解决的问题。
配合VariantPro™系统上线的VariantPro™ Studio网站(http://www.lc-bio.cn/VariantPro/login.html),依托创新的引物设计算法,远优于传统的基于Tm设计法,可以满足科研人员对任意基因或基因组特定区域的靶向捕获需求,也可以满足基因检测公司对个性化热点基因或热点区域的靶向捕获需求。
访问VariantPro™Studio网站,注册后即可在线提交定制化VariantPro™ Panel需求(图10)。引物(OmegaPrimer)设计过程非常简单:首先勾选引物设计参数,接着输入基因名称或指定区域,最后点击提交,系统就会自动化进行引物设计,并给出基于最优引物所扩增的序列信息。确认信息无误后,即可下订单进行Panel合成。
7. VariantPro™ Panel都有哪些应用
VariantPro™ Panel具有非常广泛的应用领域。在肿瘤研究领域中,基于VariantPro™技术,可研发出应用于肿瘤基因检测、肿瘤风险基因筛查,以及肿瘤个体化用药指导等panel,如50个肿瘤热点基因检测,乳腺癌风险基因筛查,以及肿瘤个体化用药靶点检测等。在妇婴生育保健领域,基于VariantPro™技术,可研发出新生儿遗传疾病、耳聋基因筛查、线粒体DNA(mtDNA)突变筛查,地中海贫血基因筛查等panel。全长线粒体突变检测panel已在2015年9月上市,100%覆盖人类线粒体基因组(16,569 bp),设计有110对特异性引物,平均扩增子长度为330 bp,最低2 ng基因组DNA,即可对mtDNA的罕见突变进行准确检测。在健康管理领域,基于VariantPro™技术,可研发出包括心血管病易感基因筛查,糖尿病易感基因筛查,精神类疾病筛查,毒素代谢能力筛查,个体体征评估等panel,用于提高全民生活与生存质量。在科研领域,使用VariantPro™ Studio将可以设计合成出满足不同研究需求的定制化panel。
VariantPro™系统是迄今为止最简单的靶向文库制备系统,只需一次PCR反应,5分钟人工操作,即完成从靶标捕获到文库制备的全过程,获取极高特异性和均一性的文库。
极简的操作流程将显著降低操作误差对实验结果的干扰,将更有助于大规模的临床检测应用。
简单易用的VariantPro™ Studio将能满足科研和商业的各种定制化的Panel使用需求。
只需极低的样品起始量,更低的测序数据量,就能实现高分辨率地靶向检测基因组上的任意区域。
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