《方案》明确，高三、初三年级开学准备工作由各市县疫情防控指挥部统一领导、统一保障、统一检查、统一验收。各市县要在省、市县疫情防控指挥部领导下，成立由市县政府领导担任组长的开学工作领导小组，统筹教育、卫生健康、发展改革、财政、工业和信息化、市场监管、应急、交通运输、公安等相关部门，及乡镇、社区、街道，完善工作协同机制，建立政府和相关职能部门领导包点联系学校制度，强化工作督促指导。
根据《方案》，各级教育行政部门要协同卫生健康部门，成立疫情防控专家组，加强对校园疫情防控工作的专业指导与培训，为每一所学校选派至少1名医疗卫生专业人员进驻学校指导，为每一所学校确定一所定点联系医院，确保联防联控、有异常情况及时处置。各级卫生健康、应急部门要指导学校做好疫情防控工作，对各地各校开学前疫情防控准备、开学时关键环节把握、开学后各项措施落细落实等情况进行督导检查。各级发展改革、财政、工信等部门要做好学生复学工作各项物资保障，确保口罩、测温枪（仪）、消毒用品等保障到位。
各学校要科学制定“两案十制”——学校开学工作方案、开学安全工作应急预案，以及人员动态摸排管理及信息报告制度、晨午晚测温登记管理制度、校园环境卫生及消杀检查管理制度、校园封闭管理及隔离制度、分散就餐制度、住宿及走读管理制度、防疫技能和健康管理培训制度、防疫物资保障管理制度、教育教学组织实施和管理制度、联防联控和应急处置制度等，确保疫情防控期间学校开学重点环节和管理科学规范。