测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班

【医药加】测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班

生物信息学（bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。

生物信息学魅力：

帮助预测疾病相关的潜在基因，以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等，从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。

         为基金申请提供支持，通过强大的信息数据的收集整理，减少投入增强研究目的性；且通过整合技术优势，指导提高临床诊断水平。

        丰富的免费的数据资源和生物软件工具：数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB,SWISS-PROT等；软件工具：Cytoscape，BLAST,  R语言，String,  David等。

本次培训目的：

        很多老师都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！

培训预期：

  通过2天的培训，使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。

案例：

该文献的分析流程如下图所示：

我们可以看到该文献主要的分析步骤有：差异表达分析、聚类热图构建、GO和KEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进行讲解，和大家一起分享一下一篇SCI文章的生信分析步骤。

通过2天的学习，我们可以掌握一篇生信SCI文献的所有分析模块，并可以独立的结合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘，获得一套属于自己的分析结果。

第一天上午第一节：基因数据库使用介绍

测序标准报告的解读。

NCBI Gene数据库：最权威的基因综合数据库之一。

NCBI GEO数据库：数据量最大的高通量公共数据库。

GEO2R工具：在线做差异分析的R工具

bioDBnet：在线基因ID转换工具。

Uniprot：最权威的蛋白综合数据库之一。

第一天上午第二节： DAVID工具——功能富集分析

         功能富集的原理和意义

基因ID转换

         基因功能注释（GO ，KEGG pathway）

         基因功能富集（GO ，KEGG pathway）

         基因功能聚类（GO ，KEGG pathway）

第一天下午第三节 聚类热图及pathwaymap图

KEGG 数据库：最权威的通路数据库（pathway map 分析）

HEMI软件：构建聚类热图的本地软件

第一天下午第四节. STRING工具——基因/蛋白相互作用分析（PPI）

         蛋白互作分析的原理和意义；

         单个蛋白的蛋白互作分析；

         多个蛋白的蛋白互作分析；

         STRING工具的使用步骤：输入、参数设置、输出等。

第二天上午第五节 cytoscape网络做图软件（上）

         网络图构建

         逐个修改节点的属性和修改边的属性

         网络展示方式layout更美观

         网络统计分析

第二天下午第六节  cytoscape网络做图软件（下）

         批量修改节点的属性和修改边的属性

         Cytoscape的常用插件：ClusterONE

         Cytoscape的常用插件：BinGO

第二天下午第七节  答疑环节

通过该主题的学习，可以学会：

1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载；

2. 在线做差异表达分析

3. 在线blast分析

4. 基因ID转换

5. 通路map图制作

6. 功能富集分析

7. 蛋白互作分析

 8.网络图的构建和美化。

示例图 通路富集分析结果图

示例图 GO富集分析结果图

示例图 蛋白互作网络图

示例图 调控网络图

示例图 pathwaymap图

讲师宋博士简介：

成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向：

《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

学习班时间与地点（上海班）

上海班  培训时间：2018年5月26-27日 （2天）

培训地点： 上海好望角大饭店   上海市肇嘉浜路500号

学习办主办：医药加学习班

学习班承办方：上海遐永医药科技

学习班赞助方：尔云生信

收费标准：

 注册费：2500元每位（注册费包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）

优惠政策：

1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2. 三人组团报名，每人可优惠100元

3. 四人组团报名，每人收费2300元，

4.  五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！ 

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

特别说明：如果需要学习班的上外网路由神器，用于上google学术等国外网站，请自己在邀请函上加900元，我们会在你们的会务费发票上加900元，给您开发票，如果不需要神器，就是按照我们邀请函上的价格，神器可以至少保证用2年以后。

学习班报名方式：

医药加学习班精品课程推荐

精品资源推荐

人才招聘推荐