发过Nature文章的专家教你单细胞测序数据分析与课题设计

单细胞测序数据分析与课题设计面授会 

          深圳班：清华大学伯克利深圳学院   11.23-24 

   上海班：中兴和泰酒店      12.21-22

【会议背景】单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。单细胞技术以及数据分析方法在肿瘤、发育生物学、免疫学、神经科学等领域有重要应用，是现今生命科学研究的焦点。

【会议特色】

本次课程以近期CNS文章为案例主线，逐一详细剖析，全程电脑实战教学。理论与实践相结合，老师将以最简单易懂的方式，既介绍单细胞测序的研究方法、分析内容和最新前沿进展，又介绍具体的数据库、工具和软件的使用，并在课堂上进行上机指导。讲师经验丰富，教学深入浅出，能让大家获得从单细胞组学原始数据实现CNS图形绘制的实战能力。

【讲师背景】来自中科院，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，目前已在Nature等杂志发表文章四十多篇，承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。

【主要内容】详细内容见课表

1.熟悉单细胞组学图表解读和研究思路。

2.掌握单细胞组学分析标准流程和常用软件。

3.熟悉单细胞数据的分型和marker基因鉴定。

4.掌握单细胞数据的轨迹分析及功能富集分析。

5.了解单细胞课题设计方法及研究思路。

【预期目标】本学习班由多年从事单细胞组学研究的科研人员授课，通过深入浅出的理论讲解和实例案例，帮助学员拓展研究思路，提升科研水平，增加职业竞争力。通过本次课程培训将使学员系统掌握当前主流的单细胞组学分析流程、方法和软件，从零基础实现到CNS图表的绘制，同时提升研究深度和广度，拓宽研究思路。

【使用软件】

主要使用R和Rstudio，部分涉及Lniux

以下为课程详细课表

单细胞测序数据分析及研究思路研讨会议程
第一天上午（理论）	9:00-10:30	单细胞测序技术与应用	1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。
2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。
3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	单细胞测序图标解读及思路	4. 单细胞文章常见图表解读。
5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。
	12:00-13:30	午餐及午休
第一天下午（实操）	13:30-15:30	Linux及R语言入门、软件安装	1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。
2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。
3. R语言语法介绍及常用命令。
15:30-15:45
15:45-17:00	R语言数据处理实操	4. 数据处理功能及统计应用。
5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。
	17:00-18:00	晚餐及休息
第一天晚上（理论）	18:00-21:00	单细胞转录组数据分析思路及流程	1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。
2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。
3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。
4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。
5. 基因富集分析和可视化。
第二天上午（实操）	8:45-10:30	单细胞数据可视化、细胞分型	1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。
2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。
3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	单细胞数据marker鉴定及差异分析	4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。
5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。
	12:00-13:30	午餐及午休
第二天下午（理论+实操）	13:30-15:00	单细胞数据轨迹分析，功能富集	1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。
2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。
3. 单细胞数据分析总结。
15:00-15:15	茶歇
15:15-17:00	单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备	1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。
2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。
备注：必须携带电脑，上课主要软件为R和Rstudio，涉及部分Linux系统，讲师会详细带着操作

会议时间：2019年10月19-20日，18日可报到（下午3点-晚上8点）

           2019年11月23-24日，22日可报到（下午3点-晚上8点）

会议地点：

北京班：北京市东城区永外彭庄甲58号 金泰绿洲大酒店

深圳班： 清华大学深圳国际研究生院-C1栋 南山区丽水路2279号

主办方：医药加科研培训中心

承办方：上海遐永医药科技有限公司

协办方：清华大学伯克利深圳学院

收费标准：会务费：3300元每位（包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）

优惠政策：

1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2. 三人组团报名，每人优惠100元

3. 四人组团报名，每人优惠200元，

4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！ 

5. 医药加SCI年卡会员免注册费（SCI年卡费用是1.8万）

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

注意事项：携带windows系统的电脑，安装最新版本R和Rstudio

报名方式：

联系人：王老师 13818765978   金老师 18917745941

咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01

医药加金牌讲师团会在现场给学员们面授科研策略与技能。

医药加金牌学习班特色：

医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。

11-12月份医药加学习班课程安排

11.9-10	广州南洋长胜酒店	第11期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会
11.9-10	广州南洋长胜酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
11.8-10	北京金泰绿洲酒店	第48期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	第15期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
11.16-17	北京金泰绿洲酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
11.16-17	上海中兴和泰酒店	基于R语言的机器学习与医学研究
11.16-17	上海中兴和泰酒店	高通量数据挖掘与网络构建作图班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	非编码RNA数据分析与课题设计学习班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	第16期基因编辑技术学习班
11.23-24	清华伯克利深圳学院	单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会
11.22-24	清华伯克利深圳学院	第38期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班
11.22-24	清华伯克利深圳学院	python语言零基础三天学习班
11.30-12.1	哈尔滨医科大学附属肿瘤医院	第十三期TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班
11.30-12.1	北京金泰绿洲酒店	第8期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班
11.29-12.1	上海中兴和泰酒店	第49期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
12.7-8	上海中兴和泰酒店	蛋白组学与代谢组学学习班
12.7-8	上海中兴和泰酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
12.13-15	北京金泰绿洲酒店	TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	第9期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	第39期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会
12.27-29	广州南洋长胜酒店	第50期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	高分SCI文章及标书作图（暨AI软件作图）学习班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	第16期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
12.27-29	上海中兴和泰酒店	TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
12.28-29	上海中兴和泰酒店	表观遗传学数据分析与课题设计研讨会
12.28-29	上海中兴和泰酒店	第12期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会