DNA甲基化与表观遗传学数据挖掘与分析研讨会

2019年12月28-29日（两天一夜）上海

【会议背景】

表观遗传学调控多种生命活动及疾病发生发展，已成为近年来生命科学领域的研究热点，促使了生物学多领域研究的突破性进展。随着实验和测序技术的进步，当前产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。面对海量的数据包括DNA甲基化谱、组蛋白修饰谱、染色体开放信息等，研究人员开发了针对不同数据的分析工具和策略，理解和掌握表观基因组数据的分析方法，有助于从事表观基因组研究领域的科研工作者深入挖掘疾病、发育和衰老等重要过程的调控机制，并为进一步开展实验和临床应用研究提供潜在靶标。应广大单位和科研院所要求，我们特开设本班，为广大研究者提供科研助力。

【会议目标】

1、明确表观遗传学的研究内容和调控机制。

2、理解表观遗传学文章的图表和内在思路。

3、掌握DNA 5mC芯片和测序数据的分析流程。

4、掌握组蛋白修饰数据的分析内容和流程。

5、掌握ATAC-seq数据的分析内容和分析流程。

6、掌握非编码RNA测序数据的分析内容和流程。

7、熟悉表观遗传及疾病研究的在线工具和数据库。

8、熟悉零成本的表观遗传学相关课题设计思路。

9、获得全套全自动化分析多种表观遗传学数据的流程脚本。

【授课专家】

来自中科院，长期从事表观遗传学多组学方面的项目研究，发表Nature等杂志四十多篇论文。目前承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。

【主要内容】（详细内容参见日程）

1、表观遗传学研究内容及思路，DNA甲基化原理、应用及研究

2、Linux及R语言实操，DNA甲基化数据分析

3、组蛋白修饰、ATAC、表观转录组测序技术、分析思路及流程

4、组蛋白修饰、ATAC数据分析，组学常用数据库使用

5、mRNA及非编码RNA分析及图形绘制

6、

【授课方式】

1、理论结合实操；

2、案例讲解分析结合；

3、协助分析学员的实际数据

【详细日程表见下表】

单细胞测序数据分析及研究思路研讨会议程
周六上午（理论）	9:00-10:30	表观遗传学研究内容及思路，DNA甲基化原理、应用及研究（一）	1. 了解表观遗传学的研究内容及调控机制
2. 通过近期Cell文章理解表观遗传学文章图表和思路。
3. 了解高通量测序技术的原理和数据形式。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	表观遗传学研究内容及思路，DNA甲基化原理、应用及研究（二）	4. 了解表观遗传学各组学的测序技术及分析内容。
5. DNA甲基化作用机制及研究应用。
	12:00-13:30	午餐及午休
周六下午（实操）	13:30-15:30	Linux及R语言实操	1. 常用Linux命令入门讲解及实操训练。
2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用。
3. R语言语法介绍及常用命令。
4. 数据处理功能及统计应用。
15:30-15:45
15:45-17:00	DNA甲基化数据分析	5. DNA甲基化测序数据分析（bismark，methylKit等软件）。
6. DNA甲基化芯片数据分析（IMA等软件）。
	17:00-18:00	晚餐及休息
晚上（理论）	18:00-21:00	组蛋白修饰、ATAC、表观转录组测序技术、分析思路及流程	1. 组蛋白修饰和ATAC的研究方法及技术发展。
2. 组蛋白修饰和ATAC的研究内容及科研思路。
3. 组蛋白修饰及ATAC数据的分析流程及绘图。
4. 组蛋白和多组学数据的整合分析。
5. 表观转录组学研究内容及多组学整合思路。
周日上午（实操）	8:45-10:30	组蛋白修饰、ATAC数据分析	1. 利用fastqc、cutadapt及Trimmomatic对原始数据进行质控
2. 通过bowtie2、bwa等软件进行基因组mapping。
3. 通过MACS2软件进行peak calling。
4. 利用HOMER软件进行peak注释及motif分析。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	组学常用数据库使用	5. 调用R语言包Diffbind进行差异peaks分析。
6. 常用表观组学及疾病挖掘数据库介绍及使用
	12:00-13:30	午餐及午休
周日下午（理论+实操）	13:30-15:30	mRNA及非编码RNA分析及图形绘制	1. 转录组数据分析内容及研究思路。
2. lncRNA、microRNA及circRNA的研究方法及思路。
3. 转录组多组学整合分析思路和案例介绍。
4. 通过tophat2、hisat2软件进行转录组数据mapping。
5. 通过HTSeq及featureCounts进行基因表达定量。
6. 通过Deseq2，edgeR等R语言包进行差异表达分析。
7. 应用DAVID及metascape网站进行通路富集分析。
8. 箱型图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。
15:30-15:45	茶歇
15:45-17:00	表观遗传基金申请思路、准备内容及注意事项	1. 归纳总结零成本表观组学数据挖掘思路
2. 表观遗传基金申请思路、准备内容及注意事项等。
备注：必须携带电脑，上课软件会现场拷给学员，讲师会带领大家一起安装

会议时间：2019年12月28-29日，27日可报到（下午3点-晚上8点）

会议地点：上海市浦东新区科苑路866号 中兴和泰酒店 

主办方：上海循掘生物科技中心

收费标准：会务费：3300元每位（包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）

优惠政策：

1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2. 三人组团报名，每人优惠100元

3. 四人组团报名，每人优惠200元，

4. 六人组团报名缴费，可免1人会务费！ 

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

注意事项：携带windows系统的电脑，安装最新版本R和Rstudio

交费方式：

A：银行转账

账户名称：上海循掘生物科技中心    账户号：1001064709100016561

开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行 

B：支付宝转账

收款人：[e-mail]     户  名:金永红

C：现场刷卡

报名方式：

王老师 13818765978

填写报名表后发送到[e-mail]，若发送邮件后24h未见回复，请及时电话联系，

咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01

联系人：金老师 18917745941 王老师 13818765978

医药加金牌讲师团会在现场给学员们面授科研策略与技能。

医药加金牌学习班特色：

医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。

11-12月份医药加学习班课程安排

11.9-10	广州南洋长胜酒店	第11期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会
11.9-10	广州南洋长胜酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
11.8-10	北京金泰绿洲酒店	第48期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	第15期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
11.16-17	北京金泰绿洲酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
11.16-17	上海中兴和泰酒店	基于R语言的机器学习与医学研究
11.16-17	上海中兴和泰酒店	高通量数据挖掘与网络构建作图班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	非编码RNA数据分析与课题设计学习班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	第16期基因编辑技术学习班
11.23-24	清华伯克利深圳学院	单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会
11.22-24	清华伯克利深圳学院	第38期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班
11.22-24	清华伯克利深圳学院	python语言零基础三天学习班
11.30-12.1	哈尔滨医科大学附属肿瘤医院	第十三期TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班
11.30-12.1	北京金泰绿洲酒店	第8期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班
11.29-12.1	上海中兴和泰酒店	第49期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
12.7-8	上海中兴和泰酒店	蛋白组学与代谢组学学习班
12.7-8	上海中兴和泰酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
12.13-15	北京金泰绿洲酒店	TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	第9期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	第39期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班
12.21-22	上海中兴和泰酒店	单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会
12.27-29	广州南洋长胜酒店	第50期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	高分SCI文章及标书作图（暨AI软件作图）学习班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	第16期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
12.28-29	广州南洋长胜酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
12.27-29	上海中兴和泰酒店	TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
12.28-29	上海中兴和泰酒店	表观遗传学数据分析与课题设计研讨会
12.28-29	上海中兴和泰酒店	第12期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会