第7期多组学数据整合分析3天学习班，线上线下同步开！满满都是干货
2021-02-10
要点预览
第7期多组学数据整合分析三天精讲班
（线下：上海中兴和泰酒店，线上zoom会议室，
时间：2021年4月2-4日）
考虑疫情期间的实际情况与多样化的需求，决定在上海举办【医药加】第7期多组学数据整合分析三天精讲班（线下与网络同步精讲班），注意：为了保证学习效果，我们提前录制了全程视频，支付学费后，可以提前拿到录制的视频先预习，再参加网络会议直播课。
课程可免费回放，专家微信群指导，确保你能学会！
培训简介
2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；
如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。
目前，多组学整合分析是一个非常热门且创新的方向。通过多组学整合分析我们可以更加快速、准确的找到与研究方向关联的biomarks。它的核心原理是期望通过高通量数据，找到所有基因在不同组学水平中的变化并进行分析，获得关键基因在各个组学都有显著作用。
多组学整合分析的原始数据来源有两种：（1）自己采集样本做高通量测序/芯片/质谱等；（2）使用公共数据库中的组学数据（比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等）。
那么我们即便有了非常好的数据，又该怎么办呢？
用什么方法，什么工具？可以获得哪些结果，生成哪些图片呢？
基于这个目的，我们开展了该培训班。
培训预期：
通过三天的学习，我们了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
讲师简介
宋伟博士， 中国精准医疗学会委员
研究成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
课程安排
日期
时间
大纲
详细内容
第一天
9:00-10:30
第1节：组学简介及生信概述
2019年国自然中组学相关项目解读
组学原始数据的来源及质量判断
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。
文献案例解读
10:30-10:45
10:45-12:00
第2节：软件安装
R包安装
R简介及R包安装
R基础讲解
R函数
R包
12:00-13:30
午餐及午休
13:30- 14:30
第3节：组学公共数据库
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)及数据下载
GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载
EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载
GEO2R工具使用
14:30-14:45
休息
14:45-17:30
第4节：转录组差异基因筛选及功能富集分析
计算差异基因 -R limma包 或Excel公式
主成分分析（PCA)图制作
聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包
火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作
箱式图（代码 或无代码制作）
R clusterProfiler包富集分析
基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具
功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作
第二天
8:30-10:30
第5节：多组学数据与临床预后分析
基因突变分析工具——cbioportal
在线预后分析工具——Ualcan
10:30-10:45
休息
10:45-12:00
本地生成KM曲线图——R survival包
相关性分析及散点图制作
12:00-13:30
午餐及午休
13:30-15:00
第6节：转录组与蛋白组整合分析
Venn 图制作
蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具
15:00-15:15
休息
15:15-17:30
网络图构建与美化——cytoscape软件
转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现
第三天
8:30-10:00
第7节：蛋白组与代谢组整合分析
代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具
KEGG 数据库介绍及使用
pathway map制作
蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现
10:00-10:15
休息
10:15-12:00
第8节：全转录组整合分析
各类RNA简介及ceRNA介绍
miRNA测序报告解读
circRNA测序报告解读
miRNA分析工具
lncRNA分析工具
12:00-13:30
午餐及午休
13:30-15:30
第9节：其他组学整合思路
肠道菌群宏基因组与代谢组
表观组与转录组整合
15:30-15:45
休息
15:45-16:00
总结
总结及答疑
分析示例图
示例图 通路富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图 相关性散点图
学习费用
三天学费 现场班3700元/位，网络班3200元/位（现场班：上海中兴和泰酒店，线上zoom网络同步 时间：2021年4月2-4日，可开发票）
注意：为了保证学习效果，我们提前录制了全程视频，支付学费后，可以提前拿到录制的视频先预习，再参加现场班或网络会议直播课。）
优惠政策
1. 医药加学习班新学员可以分享朋友圈优惠100
2. 医药加学习班老学员可以分享朋友圈优惠200
3. 办理SCI或国自然VIP年卡的学员是免费参加的。
注意：为了保证学习效果，我们提前录制了全程视频，支付学费后，可以提前拿到录制的视频先预习，再参加现场与网络会议直播课。
报名付费成功后，提前发培训需要应用到的软件与课件，并且指导安装。
参加培训的学员课后可通过微信群继续和授课老师交流，长期获得指导机会。
【报名方式】
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学习班直播档期与参加方式
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