TCGA数据库分析思路及高通量数据下载实操【医药加直播】
本周五晚上第7节医药加微信视频号直播主题：
TCGA分析思路赏析及TCGA数据下载实操
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【直播概要】
TCGA数据库是目前最大的癌症公共数据库。它包含了近40种常见的癌症类型，上万个样本！而且最关键的是，每个样本都有对应的SNP，CNV，甲基化，miRNA，lncRNA，mRNA以及全面的临床信息。
PubMed中关于TCGA的文章也是逐年增加，仅仅2020年就有超过4000篇TCGA相关的文献发表！那么问题是，TCGA里仅有40种癌症方向及数据，却能够发表这么多篇文献呢？原因就是TCGA的分析思路多样性！
那么，生物信息怎么分析TCGA的高通量数据与临床数据？
TCGA癌症数据分析的套路是什么？
TCGA癌症数据分析的思路有哪些？（套路≠思路）
TCGA癌症数据分析结果与临床怎样关联？
Cohort | 中文名称 | 英文名称 |
ACC | 肾上腺皮质癌 | Adrenocortical carcinoma |
BLCA | 膀胱尿路上皮癌 | Bladder Urothelial Carcinoma |
BRCA | 乳腺浸润癌 | Breast invasive carcinoma |
CESC | 宫颈鳞癌和腺癌 | Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma |
CHOL | 胆管癌 | Cholangiocarcinoma |
COAD | 结肠癌 | Colon adenocarcinoma |
COADREAD | 结直肠癌 | Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma |
DLBC | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma |
ESCA | 食管癌 | Esophageal carcinoma |
FPPP | FFPE试点二期 | FFPE Pilot Phase II |
GBM | 多形成性胶质细胞瘤 | Glioblastoma multiforme |
GBMLGG | 胶质瘤 | Glioma |
HNSC | 头颈鳞状细胞癌 | Head and Neck squamous cell carcinoma |
KICH | 肾嫌色细胞癌 | Kidney Chromophobe |
KIPAN | 混合肾癌 | Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) |
KIRC | 肾透明细胞癌 | Kidney renal clear cell carcinoma |
KIRP | 肾乳头状细胞癌 | Kidney renal papillary cell carcinoma |
LAML | 急性髓细胞样白血病 | Acute Myeloid Leukemia |
LGG | 脑低级别胶质瘤 | Brain Lower Grade Glioma |
LIHC | 肝细胞肝癌 | Liver hepatocellular carcinoma |
LUAD | 肺腺癌 | Lung adenocarcinoma |
LUSC | 肺鳞癌 | Lung squamous cell carcinoma |
MESO | 间皮瘤 | Mesothelioma |
OV | 卵巢浆液性囊腺癌 | Ovarian serous cystadenocarcinoma |
PAAD | 胰腺癌 | Pancreatic adenocarcinoma |
PCPG | 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤 | Pheochromocytoma and Paraganglioma |
PRAD | 前列腺癌 | Prostate adenocarcinoma |
READ | 直肠腺癌 | Rectum adenocarcinoma |
SARC | 肉瘤 | Sarcoma |
SKCM | 皮肤黑色素瘤 | Skin Cutaneous Melanoma |
STAD | 胃癌 | Stomach adenocarcinoma |
STES | 胃和食管癌 | Stomach and Esophageal carcinoma |
TGCT | 睾丸癌 | Testicular Germ Cell Tumors |
THCA | 甲状腺癌 | Thyroid carcinoma |
THYM | 胸腺癌 | Thymoma |
UCEC | 子宫内膜癌 | Uterine Corpus Endometrial Carcinoma |
UCS | 子宫肉瘤 | Uterine Carcinosarcoma |
UVM | 葡萄膜黑色素瘤 | Uveal Melanoma |
本次直播我们将基于几篇比较经典的文献给大家仔细的捋一下思路，讲一下套路。并给总结一下，文献中使用的方法、工具、软件、数据库等。实操部分我们讲TCGA原始高通量数据及临床数据的下载。让我们周五晚上20:00见。
主讲专家简介：宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有十多年的生信分析经验，擅长方向有高通量测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在全国上海、北京、广州、沈阳、济南、武汉等城市举办过几十场培训班。疫情期间主要是线上全国培训。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《公共数据挖掘分析》、《TCGA&GEO数据库挖掘》、《多组学整合分析》、《生信与临床医学的关系》、《非编码RNA生信挖掘及ceRNA分析》、《R语言培训》等
医药加宋伟老师视频直播计划表
节 | 主题 | 直播时间 | 回看 |
1 | 疾病高通量数据ceRNA分析思路及实战 | 2021/3/19 20:00 | 千聊 |
2 | 癌症免疫细胞浸润及突变负荷预后思路 | 2021/4/23 20:00 | 千聊 |
3 | 疾病单基因分析思路之一及GSEA实操 | 2021/4/30 20:00 | 千聊 |
4 | 疾病单基因分析思路之二及oncomine实操 | 2021/5/8 20:00 | 千聊 |
5 | 疾病代谢组学分析思路及MetaboAnalyst实操 | 2021/5/14 20:00 | 千聊 |
6 | 肿瘤铁死亡相关靶标预后及FerrDB数据库实操 | 2021/5/21 20:00 | 千聊 |
7 | TCGA数据库分析思路及高通量数据下载实操 | 2021/5/28 20:00 | |
8 | RNA甲基化相关靶标预后及KM曲线图制作 |
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| 2021.5.15-16，17~20号4晚 | 非编码RNA与外泌体研究策略与数据分析网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 2021.5.22-23 | 单细胞测序数据分析与课题设计网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 2021.5.22-23 | TCGA,GEO生信数据挖掘2天精讲班，河北医科大学第一医院 | 腾讯会议室限制150 |
| 2021.5.29-30 | 临床研究设计，河北医科大学第一医院 | 腾讯会议室限制300 |
| 2021.5.29-30 | 高级科研作图现场精讲班， | 广州南洋长胜酒店/腾讯会议 |
| 2021.5.29-30 | 基因编辑技术与动物模型构建网络精讲班 | 上海中兴和泰酒店/腾讯会议 |
| 2021.6.5-6.6 | RNA甲基化（M6A）数据分析与课题设计精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 2021.6.5-6.6 | 全国R语言数据分析实战技术网络学习班（理论+实践课) | 医药加腾讯会议 |
| 2021.6.12-6.13 | 实用医学统计，河北医科大学第一医院 | 腾讯会议室限制150 |
| 2021.6.12-6.13 | 循证医学Meta分析及网状Meta分析精讲班 | 上海中兴和泰酒店/网络同步班 |
| 2021.6.18-20 | 多组学数据整合分析挖掘3天精讲班 | 上海中兴和泰酒店/腾讯会议 |
| 2021.6.19-20 | 肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 2021.6.26-27，两天一晚 | 中药网络药理学的研究策略与技能及分子对接网络精讲班 | 上海中兴和泰酒店/腾讯会议 |
| 2021.6.26-27，两天一晚 | 光遗传/膜片钳/网络学习班 | 医药加腾讯会议 |
| 2021.7.3-4 | 高水平生物医学课题设计与高质量SCI写作精讲班，河北医科大学第一医院 | 腾讯会议室限制300 |
| 2021.7.2-4 | TCGA,GEO生信高通量数据挖掘3天精讲班 | 上海中兴和泰酒店/腾讯会议 |