宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会【3月25-26日】

宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会

2023年3月25-26日 腾讯会议网络会议室

【背景介绍】

微生物是自然界中分布最广、种类最多、数量最大的生物类群。以肠道微生物为例，人体内微生物的总数量约是人体细胞总数的10倍 —— 越来越多的研究发现，肠道微生物与人体健康有着密切的关系，而微生物产生的代谢物是调控过程中最主要的中间递质之一。

宏基因组研究包括16s测序和宏基因组测序，可以获得微生物群落丰度以及组成。通过分析可以获得关键菌群以及功能，为疾病治疗提供研究基础。

代谢组学和脂质组学是基于LC-MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物/脂质分子进行定性和相对定量分析。严格来讲，脂质组也是代谢组的一种。

宏基因组-代谢组/脂质组的联合分析能够从多个维度阐释一个科学问题，可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性，从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。

基于以上原因，医药加推出“宏基因组+代谢组/脂质组联合分析”R软件实操课程，带您充分挖掘数据，掌握生信高级分析能力。

【主要内容】详细内容见下文日程表1.宏基因组生信文章解读与报告解读；2.R和Rstudio软件安装，宏基因组与代谢组/脂质组学联合分析实操；3.生信SCI文章实用数据处理与图片导出。

【会议预期】

本课程通过两天的时间学习，让我们对宏基因组肠道菌群分析，代谢组脂质组小分子分析，以及组学整合数据处理分析，有一个全面的了解。并使用R语言进行分析及可视化作图，得到SCI水平的图片。

【讲师简介】宋伟博士成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场现场培训班。

主办方：上海循掘生物科技中心会议时间：2023年3月25-26日会议地点：线上：腾讯会议网络会议室
收费标准：会务费：线上：2800元/人；优惠政策：1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料2.三人组团报名，每人优惠100元3.四人组团报名，每人优惠200元，4.六人组团报名缴费，可免1人会务费！ 可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为R和Rstudio。会后主办方会统一提供录屏作为复习资料。
交费方式：A：银行转账账户名称：上海循掘生物科技中心账户号：1001064709100016561开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行B：支付宝转账收款人：[e-mail]户  名:金永红C：公务卡支付
报名方式：

【会议日程】

宏基因组与代谢组学R语言分析及可视化会议日程
时间安排	课程表	介绍
第一天 上午	9:00- 10:15	生信分析思路	生信简介；      宏基因组，代谢组，脂质组简介；    宏基因组生信文献解读；      宏基因组与其他组学整合文献解读；     国自然宏基因组代谢组撰写思路；
10:30-12:00	R语言基础	R软件与Rstudio软件安装；     R基础——类与对象（元素、向量、矩阵）；        R基础——函数；        R基础——路径修改、     R基础——文件导入；文件保存（图表等）；        R基础——R包及安装（后续实操）
第一天 下午	13:30- 15:15	标准报告解读	16s测序分析报告解读；  宏基因组测序分析报告解读；   代谢组分析报告解读；   脂质组分析及报告解读
15:30-17:30	宏基因组生信分析R实操（一）	α多样性分析；        β多样性分析；         物种组成柱状图；        物种热图分析（纲目科属）     LeFse分析树形图分析。
第二天 上午	9:00-10:15	宏基因组生信分析R实操（二）	菌群无监督PCA分析；        菌群有监督OPLS/DA分析         差异菌群分析（logFC ,  Pvalue）；      差异菌火山图与差异菌基因热图；
10:30-12:00	代谢组脂质组生信分析R实操	液相色谱LCMS的阳离子（POS）阴离子（NEG）模式分析；       代谢物的有监督和无监督聚类；       差异代谢物分析（logFC  , Pvalue, VIP）      差异代谢物火山图与差异菌基因热图；
第二天 下午	13:30-15:15	宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析（R实操）	功能通路富集分析气泡图       16s与代谢组整合共表达分析。       桑基图分析；
15:30-17:00	宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析（在线工具实操）	metaboAnalyst数据库通路富集；        Venn图在线工具；        Pathway map图制作        疾病与菌属关联Disbiome  database       gutMDisorder | 疾病和干预中肠道微生物群失调的综合数据库        GMrepo数据库
17:15-17:30	答疑

示例图展示：

示例图箱线图

示例图PCoA图

示例图物种组成柱状图

示例图热图

示例图 venn图

示例图PCA分析

示例图 差异结果

示例图 代谢物的pathway map图

示例图 Lefse树状图

示例图桑基图

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