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计算机辅助药物设计(分子对接)网络学习班

医药加 生物医学科研之家 2023-07-22


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计算机辅助药物设计(分子对接)网络学习班

医药加科研培训中心,2023年8月5日-6日  腾讯会议

近年来,随着计算机科学及相关基础学科的发展与进步,基于计算机图形学、数据库技术、人工智能等新技术的药物分子设计手段正日臻成熟,不断取得突破性进展,有力推动药物设计领域日趋完善。这不仅为新药创制事业提供了新利器,更有效加速了新药成功开发的概率、缩短新药上市周期,更好地满足临床需求。

计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)通过计算机模拟等计算方法,预测药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物。这种方法大大加快了新药设计的速度,节省了药物发现的人力和物力,使药物学家能够以理论为指导,有目的地开发新药。同时,在药物机制的研究中,在用实验方法验证药物与受体的相互作用之前,通常会用分子对接的方法预测药物与靶标的结合,以节省实验花费。计算机辅助药物设计已经成为新药开发、药物机制研究中重要的研究手段之一。

一、时间地点:6月17日-18日腾讯会议

二、学习目标:

本课程系统讲解计算机辅助药物设计的关键技术,配合案例解析边讲边练,使学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作。学习班全部采用免费数据库、免费软件、和在线分析工具,学员不需要编写程序。适合零基础学员,做到课程学完,就能独立进行蛋白质结构同源建模、分子对接、虚拟筛选等计算分析。

三、授课方式:

本学习班全程在线电脑实战教学,90%以上为上机指导操作,无繁琐的理论授课。建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容。

四、参会对象

各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、对计算机辅助药物设计感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)。

五、主讲专家:

本次主讲老师是生物信息学博士,大学教授, 从事计算生物学、生物信息学方向研究十余年,主持参与了多项国家自然基金项目,发表数十篇SCI论文,含多篇5分以上的文章。讲课效果好,深得学员好评。

课程安排:


时间

授课内容

第1天

9:00-12:00

1. 分子对接基础知识

2. 分子结构文件的获取和处理

  •   化合物结构的获取

  •   化合物ADMET性质预测

  •   多肽结构的获取

  •   蛋白结构的获取

  •   蛋白结构的同源建模

  •   不同格式结构文件的转换

  • 软件介绍

  •   蛋白对象的操作、展现、隐藏、标记、测量

  •   分子对接结果的美化展示

13:30-17:00

1. 配体-受体结合位点可视化分析工具介绍

2. 用AutoDock及autoDock vina进行小分子与蛋白对接

  •   准备工作

  •   准备受体文件

  •   准备配体文件

  •   确定对接盒子

  •   蛋白受体格点计算

  •   设置对接参数

  •   用AutoDock作分子对接

  •   结果查看与分析

  •   用AutoDock vina 作对接

  •   确定对接盒子的其他方法

第2天

9:00-12:00

    1.  用AutoDock Vina 作虚拟筛选

    1. 蛋白活性口袋的预测

    2. 化合物的下载与处理

    3. AutoDock vina 进行一对多或多对多的对接

    4. 计算redocking多个pose的RMSD

    2.  金属酶蛋白与小分子对接

    1. 用AutoDock4Zn作对接的方法

    用AotoDock vina作对接的方法

13:30-17:00

  1. 1.  蛋白-多肽对接

  2. 用免费在线平台作对接

  3. 用ADCP作对接—结合位点已知的情况

  4. 用ADCP作对接—结合位点未知的情况

  5. 用autoDock vina 作对接

  6. 2.  蛋白-蛋白对接

用免费在线平台作对接

备注:自带笔记本电脑,安装WINDOWS 64位操作系统。


学习费用

学费 3000元/每位(两天集中网络授课,互动性好,可开发票,可回放)


优惠政策

1. 疫情过后,可补差价参加医药加线下同名班

2. 参加过医药加同名线下班的学员,只要300元复听费用(推荐新学员的,免收复听费用)

3. 办理了SCI或者国自然VIP年卡的学员是免费参加。

4. 新学员分享朋友圈,支付一人,可以来两人参加或者赠送一个复听名额。


付款方式:

A:银行转账

账户名称:上海遐锦生物科技有限公司 

账户号:31050179400000001610

开 户 行:中国建设银行上海马陆支行

B:支付宝转账

收款人:yonghong1028@126.com

户  名:金永红

C:公务卡微信支付



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