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只需4步,微软数据科学家教你用OpenRefine搞定数据清洗

Tomasz Drabas 大数据 2019-06-23


导读:本文将使用OpenRefine清理我们的数据集;它很擅长数据的读取、清理以及转换数据。


作者:托马兹·卓巴斯(Tomasz Drabas)

如需转载请联系大数据(ID:hzdashuju)


本文的源代码与数据集都可在Github上获取。如果要复制代码库,打开你的终端(Windows环境下的命令行、Cygwin或Git Bash,Linux/Mac环境下的Terminal),键入下面这条命令:


git clone https://github.com/drabastomek/practicalDataAnalysisCookbook.git


注意,你的机器得装好Git了。安装指南参见:


https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git


本文将使用一个数据集,包含985项真实的房产交易。这些交易是连续5天内在Sacramento发生的。数据下载自:


https://support.spatialkey.com/spatialkey-sample-csv-data/


精确地说,来自:


http://samplecsvs.s3.amazonaws.com/Sacramentorealestatetransactions.csv


数据已转成多种格式,放在GitHub代码库的Data/Chapter01文件夹中。



01 使用OpenRefine打开并转换数据


OpenRefine诞生时被称作GoogleRefine。Google后来开放了源代码。这是个优秀的工具,可用于快速筛选数据、清理数据、排重、分析时间维度上的分布与趋势等。


在接下来的技巧中,我们将处理Data/Chapter1文件夹下的readEstate_trans_dirty.csv文件。这个文件有些问题,我们会看到解决办法。


首先,从文本文件中读取数据时,OpenRefine默认转为文本类型;本技巧将进行数据类型转换。否则没法针对性地处理数字列。


其次,数据中有重复(下文“排重”部分会处理这个问题)。


再次,city_state_zip列,顾名思义,是市、州、邮编的混合体。我们还是希望拆分它们,在下文“用正则表达式与GREL清理数据”中,我们将看到如何提取这些信息。交易价格也有缺失—我们将在“估算缺失值”中估算这些价格。


1. 准备


要完成这些例子,你得在你的计算机上安装OpenRefine并能正常运行。OpenRefine可从这里下载:


http://openrefine.org/download.html


安装指导在:


https://github.com/OpenRefine/OpenRefine/wiki/Installation-Instructions


OpenRefine在浏览器中运行,所以你的计算机中得有一个浏览器。我在Chrome和Safari上测试了,没发现问题。


Mac OS X Yosemite预装了Java 8。但OpenRefine不支持。你需要安装Java 6或7—参考:


https://support.apple.com/kb/DL1572?locale=en_US


然而,即便安装了Java的历史版本,我依然在Mac OS X Yosemite和El Capitan系统中遇到了2.5版OpenRefine的问题。使用beta版(2.6),虽然还在开发中,却能正常使用。


2. 怎么做


首先启用OpenRefine,打开浏览器,输入:


http://localhost:3333


会打开类似下图的窗口:



你要做的第一件事就是创建一个工程。单击Choose files,进入Data/Chapter1,选中realEstate_trans_dirty.csv。单击OK,然后Next,最后Create Project。数据就打开了,你会看到类似这个的界面:



注意beds、baths、sq__ft、price、latitude以及longitude数据都被当成文本处理,sale_date也是如此。用OpenRefine,转换前面那些字段容易,转换sale_date可就没那么容易了:



举个例子,如果文本数据的格式类似2008-05-21这样,我们只需调用GREL(Google Refine Expression Language)的.toDate()方法,OpenRefine会替我们转换好。本例中正确转换日期需要一些小技巧。首先选中Transform选项,如下图所示:



在打开的窗口中,使用GREL转换日期:



这里的value变量代表选中列(sale_date)中每个单元格的值。表达式的第一部分从值中提取出月份和天数,也就是说,我们截取第4个到第10个字符的子字符串,得到May 21。


第二个substring(...)方法从字符串中提取出年份。使用...+','+...表达式将两块以逗号分隔。最后得到May 21, 2008这样的格式。这就方便OpenRefine处理了。也就是说,我们用括号包装两个substring方法,并使用了.toDate()方法,以正确转换日期。右边的Preview标签页会展示表达式的效果。


3. 参考


Ruben Verborgh和Max De Wilde合著的《Using OpenRefine》从各方面介绍了OpenRefine,深入浅出,娓娓道来:


https://www.packtpub.com/big-data-and-business-intelligence/using-openrefine



02 使用OpenRefine探索数据


理解数据是建立成功模型的前提。对数据做不到了如指掌,你建立的模型就可能在纸面上很美,却在生产环境中大错特错。探索数据集是检测数据是否有问题的一个好办法。


1. 准备


要学习本技巧,你需要在计算机上装好OpenRefine以及一个浏览器。至于如何安装OpenRefine,参阅本文01部分的准备部分。


我们假设你使用了前一技巧,所以你的数据已经加载到OpenRefine,且数据类型代表着列中的数据。


2. 怎么做


有了Facets,用OpenRefine探索数据就简单了。一个OpenRefine Facet可以理解成一个过滤器:它让你快速地选择某些行,或直接探索数据。每一列都可以创建一个facet—只消单击列旁边的下拉箭头,菜单中选Facet组。


OpenRefine中有四种基本的facet:文本、数字、时间线以及分布图。


你可以自行定制facet,或者使用OpenRefine工具库中复杂一些的facet,比如词或文本的长度。


文本facet可以让你快速地对数据集中文本列的分布有一个感觉。比如,我们可以找到数据集中,2008年5月15日到5月21日之间销售额最高的是哪个城市。


聪明的你一定猜到了,既然我们一直在分析Sacramento的数据,那估计就是Sacramento了吧,的确是这样,其后是Elk Grove、Lincoln、Roseville,如下图所示:



这让你对数据是否合理有一个直观的感受;可以充分判定提供的数据是否符合假设。


数字facet可以让你粗略了解数字型数据的分布。比如,我们可以检查数据集中价格的分布,如下图所示:



价格的分布大体上如我们所料:左倾的分布是合理的,落在右端的交易较少,因为那部分是有意愿也有能力购置大庄园的买家。


这个facet也发现了我们数据集的一个不足:在价格列缺少89份数值。本文后面第05节中将解决这个问题。


在已知拿到7天(2008年5月15日至5月21日)数据的情况下,检查交易的时间线是否有空白也是个好办法:



我们的数据横跨了7天,但我们发现两天没有交易。翻下日历就会发现,5月17号、18号是周末,这里没啥问题。时间线facet允许你使用左右两边的滑动条过滤数据:这里我们过滤出2008年5月16日之后的数据。


散布图facet能分析数据集中数字型变量间的相互作用:



单击某一行和列可以详细地分析相互作用:




03 排重


我们应该默认待处理的数据是有瑕疵的(除非能证明没有)。检查数据是否都整理好了是一个好习惯。我首先检查的总是重复行。


1. 准备


要学本技巧,你需要在计算机上装好OpenRefine以及一个浏览器。


我们假设你应用了前一项技巧,所以你的数据已经加载到OpenRefine,且数据类型与列中的数据相符。


2. 怎么做


我们先假设7天的房产交易中,出现同样的地址就意味着有重复的行。这么短的时间周期内,同一套房子不太可能被卖两回。所以,我们在重复的数据上Blank down:



这样做的效果就是保留了数据的第一次出现,而将重复出现的置为空白(截图中第四列):



Fill down选项效果相反—它会用上一行的数据填补空白,直到出现新的数据。


现在创建一个关于空白的Facet,这样我们可以快速选中空白行:



创建这样的facet可以快速选中并移除空白行:



现在数据集中没有重复记录了。



04 使用正则表达式与GREL清理数据


清理并准备使用数据时,可能需要从文本字段中提取一些信息。有些时候,我们只需要用些分隔符将文本字段拆开。但当数据符合一些模式,并不是简单地拆分文本就能做到时,我们就需要求助于正则表达式了。


1. 准备


要学本技巧,你需要在计算机上装好OpenRefine以及一个浏览器。


我们假设你应用了前一项技巧,所以你的数据已经加载到OpenRefine,且数据类型与列中的数据相符。此外没有要求了。


2. 怎么做


我们先看下city_state_zip列中的模式。顾名思义,第一个元素是城市名,然后是州名,最后是5位数邮编。可以用空格作为分隔符拆分这个字段。


这对很多记录(例如Sacramento)都能起作用,而且其被解析成城市、州和邮编。不过这个方法有个问题—有些地名不止一个词(例如Elk Grove)。这种情况下,我们就需要做些改变。


这就轮到正则表达式展示身手了。你可以在OpenRefine中使用它转换数据。现在要将city_state_zip拆成三列:city、state和zip。单击列名旁边的向下按钮,出来的菜单中,根据情况选择Edit column或Add column。会如下图所示,出现一个窗口:



和以前一样,值指的是每个单元格的值。.match(...)方法应用到单元格的值上。它以一个正则表达式作为参数,返回的是匹配模式的一列值。正则表达式被封装在/.../之间。我们一步步解释这个正则表达式。


我们知道city_state_zip列的模式:首先是城市名(可能不止一个词),然后是州名的两字母缩写,最后是5位数字的邮编。下面给出了描述这个模式的正则表达式:


(.*) (..) (\d{5})


从后往前理解这个表达式要容易些。首先用(\d{5})提取出邮编。\d表示任何数字(等价于([0-9]{5})),{5}从字符串尾部开始选取5个数字。然后是(..)┐,用两个点来提取州名的两字母缩写。注意我们为了阅读方便,用┐替代空格符。


这个表达式提取两个字符以及一个空格—不多,不少。最后(从右往左读)是(.*),这可理解为:(如果有的话)提取出未被另两个表达式匹配的所有字符。


总体上,这个正则表达式用普通话来表述就是:提取字符串(即使是空的)中州名的两字母缩写(前面有一个空格),后面跟有一个空格和五位表示邮编的数字。


.match(...)方法生成一个列表。本例中得到的是包含三个元素的列表。要得到城市名,可以使用下标[0]获取列表的第一个元素。要得到州名和邮编,可以分别使用下标[1]和下标[2]。


现在拆完city_state_zip列了,可以将工程导出成一个文件。在工具的右上角,你会看到Export按钮;选择Comma separated value。文件默认下载到Downloads文件夹。


3. 参考


强烈推荐Felix Lopez和Victor Romero合著的《Mastering Python Regular expressions》一书:


https://www.packtpub.com/application-development/mastering-python-regular-expressions


关于作者:托马兹·卓巴斯(Tomasz Drabas),微软数据科学家,致力于解决高维特征空间的问题。他有超过13年的数据分析和数据科学经验:在欧洲、澳大利亚和北美洲三大洲期间,工作领域遍及高新技术、航空、电信、金融和咨询。


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