针对珠江流域性较大洪水，6月16日，国家防总继续维持防汛三级应急响应。国家防总副总指挥、应急管理部部长黄明强调，要认真贯彻落实习近平总书记在四川考察时关于防汛救灾工作的重要指示精神，按照李克强总理等国务院领导同志批示要求，立足于防大汛、抗大险、救大灾，对广东、广西等防汛重点地区加强调度指导，抓细抓实各项防汛救灾措施，切实保障人民群众生命财产安全。
16日，国家防总秘书长、应急管理部副部长兼水利部副部长周学文主持珠江流域防汛抗洪工作专题视频会商调度，与中国气象局、水利部、自然资源部、住房城乡建设部、珠江流域防总会商研判，视频连线广东、广西防指和有关消防救援总队、森林消防总队，分析研判珠江流域防洪形势，研究部署暴雨洪水防御工作。国家防办、应急管理部广东、广西工作组在当地协助指导防汛工作。
据气象部门预报，6月16日至21日，华南地区累积降雨量80-150毫米，局部地区200-300毫米，局地达500毫米。会商指出，未来一周华南地区仍有降雨，特别是18日至21日的降雨过程强度大、范围广，雨区与前期高度重叠，珠江流域江河水位将止落反涨，防汛抗洪形势复杂严峻。
会商强调，要进一步落实防汛责任，各级防汛责任人要亲自部署、靠前指挥，各级包保责任人要下沉一线、检查督导，水库和堤防的“三个责任人”要加强对工程的巡查防守。要进一步强化会商研判，密切监视雨情水情发展变化，加密联合会商，精准分析研判汛情灾情发展态势，有针对性地进行安排部署。要提前转移受威胁群众，落实好“转移谁、谁组织、何时转、转到哪、如何管理”五个关键环节，全力保障群众生命安全。要科学精准调度江河洪水，最大限度减轻洪水威胁。要突出抓好城市防洪排涝，对城市防洪排涝设施设备管理运行情况进行重点检查，对重点点位加强警示标识、交通管制和巡查值守，根据暴雨预警视情落实“关、停、撤”等刚性约束措施。要全力组织抢险救援，进一步落实防汛巡查制度，重点加强薄弱堤段、险工险段、水库塘坝巡查，及时发现并处置险情，坚决避免水库垮坝和重要堤防决口。根据洪涝灾害抢险救援需求，提前预置抢险救援力量，高效开展险情处置和人员救援等工作。