（据说高晓松最近在其节目里声称进化论已经过时了、达尔文不是科学家，有人问我怎么看。这世界上的确不断有教徒和妄人自认为比生物学家更懂进化论，但我们没必要把一个娱乐明星胡说科学当回事。想了解进化论要去看正经科普，别听娱乐明星的。这篇是我以前写的。）
进化论是生物学的基础，大家在中学课堂上都学过一点。但是在报刊、书本上我们还经常看到对进化论的质疑，甚至说进化论是一个过时的学说，早就被最新的科学发现推翻了，说得头头是道，让人觉得好像很有道理，用中学课堂上学到的那一点进化论知识，根本对付不了，有些人就跟着怀疑、否定进化论，还把这当成时髦呢。
有关进化论的争论有的是进化论内部的学术争论，争论的双方都认为生物是进化来的，但是对生物是怎么进化来的，它的细节、机理等等，有不同的看法。这是很正常的。存在这样的争论，说明进化论还是一门很有生命力的学科，还在发展之中。任何一门科学研究都难免会有争论，没有争论就说明这门学科已经死了。有人想用进化论内部的争论来说明进化论靠不住，这是把两个不同的问题混淆起来了：大家争的是生物怎么进化来的，不是争的生物是不是进化来的。
还有一类有关进化论的争论争的就是生物是不是进化来的。这类争论不属于学术争论。科学界对生物是进化来的这一点是没有异议的，生物进化被当成了一个科学事实。质疑这个科学事实的，基本上都是科学界以外的人，抱着别的目的，主要是由于宗教信仰。如果他们信仰的宗教经书告诉他们生物是上帝创造的，那么他们就只好坚决不接受进化论。但是他们为了迷惑人，又故意说自己是从科学上否定进化论的，列出很多“科学证据”指出进化论的种种不是。这些“科学证据”在生物学家看来当然是不值一驳，却也的确能迷惑不少外行，让他们以为进化论真成问题。
反对进化论的人经常会说，虽然育种学家培育出了许多动、植物新品种，但是人类无法创造出一个新物种，可见物种是不变的，不是进化出来的。
品种和物种有什么区别呢？不同的物种之间通常是不能交配繁殖的，而一个物种内的不同品种之间是可以交配繁殖的。比如说，狗的品种大约有1千多种，它们的形态差别很大，但是还能相互交配繁殖，所以属于不同的品种，而不是不同的物种。
那么我们是不是无法培育出新物种呢？不然。早在上个世纪20年代，俄国生物学家卡普钦科就成功地将萝卜和甘蓝杂交。萝卜和甘蓝不仅是不同的物种，还是不同的属（相近的物种组成一个属）：萝卜属于萝卜属，甘蓝属于芸苔属。杂交的结果，它们的后代绝大部分是不育的，这是预料中的。但是有少数杂交后代可以自行繁殖，而且无法再和萝卜或甘蓝杂交了。这些后代就成了一个新物种。卡普钦科做这个实验的目的不是为了验证进化论，而是想制造出一个有经济价值的新物种：如果这个新物种长着甘蓝的叶子和萝卜的根，那就全株都可以食用，不会浪费了。可惜的是，这种新物种偏偏长着萝卜的叶子和甘蓝的根，一点经济价值也没有。
像这样把不同属的物种进行杂交，因为它们的亲缘关系很远，所以叫做远缘杂交。有的远缘杂交产生的新物种是有经济价值的。比如将小麦（小麦属）和黑麦（黑麦属）杂交后得到的新物种小黑麦，具有小麦的高产，又有黑麦抗锈病的能力。这种杂交种已在许多地区广泛种植。
如果是同一个属内的不同种进行杂交，那就更容易创造出新物种了。通过种间杂交的办法，育种学家已培育出大量的植物新物种。光是兰科，已登记的至少有几万个人工种。这些人工种能够自身繁殖，而且无法再跟其他种交配，因而是新物种，而不是品种。许多观赏花卉的“品种”，比如郁金香、鸢尾花的“品种”，事实上都是新物种。
在自然界，我们也能观察到类似的现象。一类叫做婆罗门参的野花原产于欧洲，在二十世纪初，三种婆罗门参被引进到美国。在随后的几十年间，这三种野花开始在美国西部大量繁殖，混杂生长。它们杂交产生的后代是不育的。但是到了上个世纪四十年代末期，在美国华盛顿州突然出现了两种新的婆罗门参，它们看上去是原来婆罗门参的杂交后代，但是能够繁殖后代，而且无法再与原来的婆罗门参杂交。也就是说，这是两个新的物种。
动物也能找到产生新物种的例子。大西洋北部的法罗群岛原先并没有家鼠。在大约250年前，家鼠跟着人到了该岛。现在，该岛的家鼠与普通家鼠在形态结构上已有很大的差别，有的分类学家已把它另立为一个新物种。
质疑进化论的另一个常见理由，是说找不到所谓“过渡型化石”。根据进化论，现有的物种都是从过去的物种逐渐进化来的，那么在进化过程中，就会出现介于旧物种和新物种之间的过渡型物种，它们也能留下化石。而据反对进化论的人说，至今仍然没有科学家找到种与种之间，或类与类之间的过渡型化石。
这个说法是完全错误的。生物体能够形成化石是很偶然的，因此过渡型不一定能形成化石，形成了也不一定能被人们发现。因此毫不奇怪，时至今天，仍然有许多过渡型化石没能找到，而且可能永远无法找到。但是这并不等于我们没有任何过渡型化石；恰恰相反，我们已找到了许许多多过渡型化石。最著名的过渡型化石是我们在生物课本上学到过的始祖鸟化石。始祖鸟大小和乌鸦差不多，它有一些鸟类的特征，最主要的是长有羽毛。但是，它的大部分特征都是爬行类的，最明显的是长长的尾骨（达二十块）和前肢（翅膀）上有三个分开的指骨，上面长有爪子。可见，始祖鸟很明显是从爬行类到鸟类的过渡型，证明了鸟类是从爬行类进化来的。始祖鸟化石已被发现120多年了。近年来，在世界各地，特别是在中国的辽西发现了很多种与始祖鸟类似的过渡型化石，这些化石已充分证明了鸟类是从一种恐龙进化来的。
在类与类之间的过渡型化石中，除了始祖鸟，著名的还有从鱼类到两栖类的过渡型（总鳍鱼，鱼石螈，棘石螈）、两栖类到爬行类的过渡型（蜥螈）、十几种从爬行类到哺乳类的过渡型（似哺乳动物爬行类）、陆地哺乳类到原始鲸类的过渡型（巴基斯坦古鲸）。在种与种的过渡型中，最著名的有从始祖马到现代马的一系列非常完美的过渡型，和从古猿到人的过渡型。
科学家还在不断地发现新的过渡型化石。例如最近发现的比目鱼过渡型化石。长着两个眼睛的动物一般都是左右对称各一个，比目鱼的眼睛却是挤在身体一侧。如果比目鱼是从两侧对称的鱼逐渐进化来的，那么一开始时，有一侧的眼睛只是向头顶移动了一点，变得不那么对称。现存比目鱼中最接近过渡型的是大口鳒（俗称左口），它的一只眼睛接近头顶，似乎刚刚从另一侧迁移过来，但是两个眼睛也都已在同一侧，并非人们心目中的过渡型。以前因为找不到过渡型化石来证明比目鱼的进化，反对进化论的人幸灾乐祸，经常举比目鱼为例来“驳斥”进化论。但是他们笑得太早了。比目鱼过渡型化石最近被找到了，而且是两种。它们的眼睛虽然是一边一个，但是有一侧的眼睛位置偏上，靠近头顶。把这些生活在始新世（距今约4千500万年前）的比目鱼祖先化石与大口鳒和其他现存比目鱼依次放在一起，可以清楚地显示比目鱼的眼睛是如何一步步迁移的。
反对进化论的人还经常说，生物体的构造和功能是如此复杂而有序，它们不可能是随机自然形成的，而只能是由一个智能设计者有目的地创造出来的。他们经常举的一个例子眼睛（参见《达尔文的眼睛》），另一个例子是人体的血液凝固系统。人受伤时血液的凝固过程有很多种蛋白质的参与，各个蛋白质之间配合得丝丝入扣，以至于任何一个环节出问题都会给人体造成疾病。他们认为这类所谓“具有不可减少的复杂性”的途径不能一步步进化而来，证明存在有智慧的设计者。
的确，细胞中有些生物化学途径是非常复杂的，我们很难确定它们的进化过程。但是，对这些进化过程并不是无法想象的。这里的关键是要理解自然选择的作用方式，是在原有基础上将旧功能改造成新功能，而不是一步一步地叠加，最后才具有功能的。参与血液凝固的这些蛋白质，并不都是为了血液凝固而挨个产生出来的，而是从别的生化途径借来、通过重复已有基因产生、或是让早期那些有多种功能的酶参与。比如，凝血酶同时也参与细胞分裂，并且与参与消化过程的胰蛋白酶同源，因此，在参与血液凝固系统之前，它可能就已存在了。这在进化论上，叫做“预适应”，也即一种新的适应性是从别的适应性机制改造而得的。这种解释，并不是在简单地转移目标，而是说，复杂的生化途径可以简化为那些简单的生化途径的重新组合。
反对进化论的理由、谣言还有不少，但是只要我们对生物学家多一点信任，对进化论多一点信心，多掌握一些科学知识和科学方法，就不容易被其迷惑。
2009.4.19
（收入《神秘现象不神秘》。扫描下面二维码购买方舟子作品签名版）
