热心肠日报 | 方法学重大突破：看见和分辨活体里的肠道细菌！
今天是第447期日报。
Nature子刊：同时标记三种分子，追踪小鼠肠腔细菌的活动！
Nature Microbiology[IF:N/A]
① 结合代谢标记与点击化学（即在活体中进行的化学反应）的方法，对3种免疫调节大分子（肽聚糖、脂多糖、荚膜多糖）进行特异性标记；② 该方法可实现在活体厌氧共生细菌中，对上述3种大分子进行同时或单独的标记；③ 这是首次实现在哺乳动物宿主体内对内生厌氧细菌中的肽聚糖进行标记；④ 利用上述技术，可在健康或疾病状态下的活体小鼠体内，成像追踪肠腔内的细菌迁移至特异性肠道免疫细胞处的过程。
Illuminating vital surface molecules of symbionts in health and disease
2017-06-26 DOI: 10.1038/nmicrobiol.2017.99
北大团队：成功实现对肠道革兰氏阴/阳性菌的双色荧光成像
BIOCHEMISTRY[IF:2.938]
① 对菌群中的特异性组分进行选择性成像在技术上极具挑战性；② 一种新的化学方法可通过区分细胞壁组分，从而实现选择性地对小鼠肠道内的革兰氏阴性/阳性菌进行成像；③ 对革兰氏阴性菌的脂多糖，采取点击化学方法，利用可点击的叠氮基糖进行代谢标记；④ 对革兰氏阳性菌，采用万古霉素衍生的荧光探针进行直接标记；⑤ 利用上述策略，可对小鼠肠道菌群中的革兰氏阴性菌及阳性菌实现双色荧光成像。
Selective imaging of Gram-negative and Gram-positive microbiotas in the mouse gut
2017-07-06 DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00539
TM：体外研究鸟枪换炮——直接培养肠道！
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 肠道芯片、肠道类器官、原代上皮细胞2D培养等方法可用于研究肠道上皮细胞发育、肠流、肠道菌群与上皮细胞的互作等；② 需要新的方法对肠道组织微架构进行建模，以研究细胞招募、迁移、多细胞组分与肠道菌群的互作；③ 在Yissachar等人在Cell上发表的一项最新研究中，设计了一种微加工器官培养系统；④ 该系统可维持小鼠肠道多细胞组成，并可通过肠流控制药物等扰动因素；⑤ 可用于研究肠道对细菌的早期应答，以及菌群-免疫-神经系统间的互作。
Mucosal Bioengineering: Gut in a Dish
2017-07-03 DOI: 10.1016/j.it.2017.06.007
Viruses：一文读懂人体肠道噬菌体（综述）
VIRUSES[IF:3.465]
① 肠道噬菌体主要包括肠道细菌中的温和噬菌体（原噬菌体库）和裂解噬菌体；② 在健康人群中，只有一小部分的原噬菌体被激活并转化为胞外噬菌体；③ 原噬菌体的活化改变或溶解性噬菌体的增加与疾病相关，提示噬菌体的裂解性和溶原性之间的平衡对维持健康是必需的；④ 菌群失调的概念应该扩展到菌群中的噬菌体组分；⑤ 噬菌体移植可恢复健康，表明噬菌体可用于疾病治疗；⑥ 因此，理解人体肠道菌群中的噬菌体的动态机制具有重要意义。
The Human Gut Phage Community and Its Implications for Health and Disease
2017-06-08 DOI: 10.3390/v9060141
JAHA：TMAO确实增加心血管病风险和死亡率（综述）
Journal of the American Heart Association[IF:4.863]
① 对19项前瞻性研究（包括近2万人）进行系统性综述及meta分析，评估氧化三甲胺（TMAO）与主要不良心血管事件（MACE）之间的关联；② TMAO浓度升高与MACE的相对风险显著增加相关；③ 相对风险的增加不随BMI、糖尿病、心血管疾病史、肾功能障碍等变量而变化；④ 此外，TMAO浓度升高还与全因死亡率的相对风险显著增加相关；⑤ 对于TMAO前体浓度（包括L-肉毒碱、胆碱、甜菜碱）升高的个体，MACE的风险是TMAO前体浓度较低个体的1.3-1.4倍。
Gut Microbiota Metabolites and Risk of Major Adverse Cardiovascular Disease Events and Death: A Systematic Review and Meta-Analysis of Prospective Studies
2017-06-29 DOI: 10.1161/JAHA.116.004947
TM：一文读懂在生物膜内天然产生的抗生素（综述）
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 在细菌形成的生物膜中，每个细菌个体分化成不同的细胞类型，彼此之间展开分工合作；② 许多抗生素来源于细菌产生的天然代谢产物，这些抗生素在自然环境中的功能尚未明确；③ 亚抑制浓度的天然产生抗生素可影响其它细菌种类的生物膜形成，同一种天然产物抗生素可能对不同的细菌种类的生物膜形成有着不同影响；④ 这些天然产生抗生素已经进化成介导细胞互作的信号分子；⑤ 这些抗生素影响生物膜形成的机制还有待研究。
Natural-Product Antibiotics: Cues for Modulating Bacterial Biofilm Formation
2017-07-05 DOI: 10.1016/j.tim.2017.06.003
SJG：粪菌移植治疗IBD，效果如何？有何挑战？(综述)
SCANDINAVIAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY[IF:2.526]
① 炎症性肠病（IBD）常规疗法面临激素无效、药物依赖、机会性感染等挑战，粪菌移植（FMT）或带来新希望；② 动物模型和临床试验中的研究表明，FMT已经展现出了一定效果；③ 但由于关于IBD的病因学还较为模糊，亟需更多的研究来证实FMT的效果和安全性；④ 中国团队在FMT治疗IBD的研究和应用中作出了很大贡献，从菌液制备、临床策略到移植途径创新等方面均开展了扎实有效的工作。
The potential role of fecal microbiota transplantation in the treatment of inflammatory Bowel disease
2017-07-07 DOI: 10.1080/00365521.2017.1347812
ISME：1500米深地下水里有什么细菌？靠什么维持生命？
The ISME Journal[IF:9.664]
① 陆地下深处是菌群生物量的大型储藏库，采用宏基因组学方法，分析来源于1500米深处的地下水样本；② 从宏基因组中重建74个基因组，其中硫酸盐、硝酸/亚硝酸盐还原是最常见的能量代谢通路；③ 半数以上的宏基因组中存在自养碳固的完整通路，其中最常见的是还原性乙酰辅酶A通路；④ 宏基因组中约40%属于菌群暗物质（该细菌门中无可培养的成员）；⑤ 鉴定出两个新门，SURF-CP1（深菌）和SURF-CP2（金菌），之前只在基于16S rRNA的研究中被鉴定出。
Energy and carbon metabolisms in a deep terrestrial subsurface fluid microbial community
2017-06-23 DOI: 10.1038/ismej.2017.94
感谢本期日报的创作者：沈志勋，小扣啊，热心肠小秘书，花开
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