四季轮替，菌群也冬眠 | 热心肠日报

今天是第520期日报。

Microbiome：夏冬轮替，森林土壤微生物各不同

Microbiome[IF:8.496]

① 针叶林表层土壤中含丰富有机物，其碳利用率随季节变化；② 表层土壤中的微生物编码不同的碳水化合物活性酶；③ 冬季，编码可降解储存的化合物（如淀粉或海藻糖）的酶的基因转录活性较高；④ 夏季，真菌中编码木质素分解酶及纤维素分解酶的基因的转录活性较高；⑤ 枯枝落叶中真菌转录更快，土壤中细菌和真菌转录持平；⑥ 糖苷水解酶和辅助酶基因转录的季节性差异在土壤中比在凋落物中更明显，夏季参与多聚物分解的主要是真菌，冬季则为细菌。

Feed in summer, rest in winter: microbial carbon utilization in forest topsoil

2017-09-18  DOI: 10.1186/s40168-017-0340-0

CON：菌群与神经退行性疾病（综述）

CURRENT OPINION IN NEUROLOGY[IF:4.699]

① 肠道菌群在神经退行性疾病的发生发展过程中有着重要作用，但它们之间的因果关系并不明确；② 另有研究表明阿尔兹海默症及帕金森病患者的口腔菌群及口腔免疫反应发生改变；③ α-突触核蛋白在肠道神经系统中的积累可促进神经系统中的蛋白错误折叠、肠道菌群失调后产生的炎症因子可穿过血脑屏障促进神经炎症；④ 动物中的宿主-菌群于人体有较大不同，因此在疾病初期的大样本人群队列研究更有助于我们确定菌群与神经退行性疾病之间的关系。

Microbiota and neurodegenerative diseases

2017-09-12  DOI: 10.1097/WCO.0000000000000496

Aging：衰老及少肌症与肠道菌群相关

Aging[IF:4.867]

① 在衰老大鼠中同时检测衰老相关的肠道菌群变化、肌肉生理功能及血清蛋白组/脂质组特征；② 衰老改变了大鼠的肠道菌群，特别是萨特氏菌属/Barneseilla菌属的比值，并改变了肠道细菌的代谢潜能；③ 在大鼠中，衰老相关的肠道菌群改变，与肌肉骨骼功能的衰退、营养处理/可用性相关的分子标记物、炎症/免疫状态相关；④ 某些特定的肠道细菌物种可作为衰老的治疗靶点。

Aging and sarcopenia associate with specific interactions between gut microbes, serum biomarkers and host physiology in rats

2017-07-17  DOI: 10.18632/aging.101262

JNB：禁食后再喂食不同饮食，青春期雄性大鼠的菌群各不同

JOURNAL OF NUTRITIONAL BIOCHEMISTRY[IF:4.518]

① 年轻雄性大鼠分为3组：自由进食（对照组）、40%禁食60天，40%禁食36天+再喂食24天（3种不同饮食用于再喂食）；② 对照组菌群组成保持稳定；禁食60天导致肠道菌群在门分类水平发生显著变化，厚壁菌门丰度降低，拟杆菌门和变形菌门丰度升高；③ 再喂食素食蛋白饮食的大鼠菌群组成与酪蛋白或乳清蛋白饮食的不同；④ 再喂食素食蛋白或乳清蛋白饮食大鼠和对照大鼠的菌群相似，酪蛋白和继续禁食大鼠的相似；⑤ 肠道菌群与生长参数之间有显著相关性。

Food restriction followed by refeeding with a casein-or whey-based diet differentially affects the gut microbiota of pre-pubertal male rats

2017-09-14  DOI: 10.1016/j.jnutbio.2017.08.014

PMS：肠道细菌帮助蟑螂对抗致病真菌

PEST MANAGEMENT SCIENCE[IF:3.253]

① 通过口服喂养试验发现，肠道匀浆和粪便水提物均具有抗真菌活性，可明显降低蟑螂（德国小蠊）死亡率；② 从蟑螂肠道及粪便中分离鉴定出22株细菌菌株，具有抗真菌活性及产生嗜铁素的能力；③ 与前肠和中肠对比，在后肠发现更丰富的拟杆菌和假单胞菌属，菌群更具多样性；④ 通过去除德国小蠊的肠道菌群中的某些细菌，可能利于控制病原真菌，在保护蟑螂免受真菌入侵和繁殖方面发挥关键作用。

The interactions between gut microbiota and entomopathogenic fungi: a potential approach for biological control of Blattella germanica (L.)

2017-09-09  DOI: 10.1002/ps.4726

SR：水产养殖废水增加土壤菌群的群落多样性，但降低其功能多样性

Scientific Reports[IF:4.259]

① 水产养殖废水是干旱地区淡水稀缺常见的重要替代水资源；② 水产养殖废水灌溉显著降低土壤菌群的功能多样性，并导致多样性指数和唯一碳源的利用率均显著降低；③ 土壤盐度增加，特别是CI浓度，与上述降低主要相关；④ 不同的是，水产养殖废水灌溉后，土壤菌群群落多样性增加，放线菌门、绿弯菌门、酸杆菌门和芽单胞菌门丰度升高，变形菌门、拟杆菌门和浮霉菌门成员的丰度降低；⑤ 土壤菌群组成变化主要由土壤CI浓度的变化导致。

Impacts of aquaculture wastewater irrigation on soil microbial functional diversity and community structure in arid regions

2017-09-11  DOI: 10.1038/s41598-017-11678-z

SR：不同芽孢杆菌的基因组分析

Scientific Reports[IF:4.259]

① 同一物种的不同菌株之间存在发挥基本功能的共享核心基因集，也存在在各自菌株中发挥不同功能的差异基因；② 分析5个芽孢杆菌属物种的238个菌株，识别到各自物种的核心基因集和菌株特异基因集，这两组基因在功能和特征上差异显著；③ 通过核心基因精确识别了韩国大酱中存在的解淀粉芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌；④ 这一泛基因组研究深入揭示了食品基因组中的芽孢杆菌状况，同时提示了核心基因集在宏基因组研究中的强大功能。

Pan-genome analysis of Bacillus for microbiome profiling

2017-09-08  DOI: 10.1038/s41598-017-11385-9

Microbiome：整合不同宏基因组分析工具的新方法

Microbiome[IF:8.496]

① 由于不同的方法、配置和参考基因组等因素，使用不同宏基因组分析工具会得到存在差异的结果；② 开发了名为MetaMeta的工具，可以执行不同宏基因组分析工具并整合结果；③ 该工具包括数据库生成、预处理、执行和整合等步骤，使用简单并支持并行处理；④ 模拟数据和真实数据分析表明，相比于使用单个工具或流程，使用MetaMeta可以得到更可靠、更敏感的结果；⑤ MetaMeta pipeline开源且可下载。

MetaMeta: integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling

2017-08-14  DOI: 10.1186/s40168-017-0318-y

感谢本期日报的创作者：小扣啊，杨展，沈志勋，女巫，鑫鑫鑫女开～，马蹄莲子

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