这次新的班底是非常明显的“集体接班”梯队,都是因为“年富力强”进入的书记处。这就给人这样一个感觉,书记处是党务办公机构,而书记处的组成人员又往往是党的核心领导层的接班人选。从整体上看当时的中央书记处成员构成,实际上就是一个中央政治局常务委员会的“预备队”。而当时仕途如日中天,年龄又比乔石、胡启立等人小许多的王兆国,自然最被看好,是未来政治局常委内主持党务工作的理想接班人选,甚至被看成是胡耀邦总书记职务的接班人选。
王兆国似乎也要表现出“不负众望”的领导才干和兴党兴国的一腔宏愿,要干一番作为。进入中央领导层以后,他立刻按照胡耀邦的意图,要把“端正党风”、“廉洁自律”工作从党内高层抓起,发挥自己中办主任和中央机关端正党风领导小组负责人的双重职能,力图阻止高干子女经商热和减少中央领导特权。但是,他这番维护党国利益的举动,反而引起了中共元老们的强烈反弹,“目中无人”,“不尊重老同志”的大帽子同时被扣到他和胡耀邦头上。
特别是王兆国当时提出取消中央领导人生活“特供”的主张,更是令几乎所有的“老同志”感觉“是可忍,孰不可忍”。一些“文化大革命”中被关监狱或流放外地,落实政策之后才得已重回中南海的“老同志”,简直就认为王兆国这一举动比“四人帮”还坏。
而在社会上,由于王兆国的升职显得十分突兀,被讥讽为“王洪文第二”。有关他在中办工作时能力低下、手足无措的传闻甚多。胡耀邦一度有意让王兆国多挑重担,接替邓力群掌管的中央书记处政治研究室,结果引来更大的反弹。无奈之下,王兆国在任职两年后,就被免去了中办主任的职务,由副主任温家宝接任;但依然保留了他的中央直属机关工委主任职务,继续负责中共中央各部委的党务工作。
1986年学生运动失去控制并导致1987年胡耀邦下台。在此事件中,据说王兆国竟出来揭发批判胡耀邦的“问题”。当陈云看到王兆国在政治局扩大会议上的批胡耀邦发言纪录后,“摇了摇头”,提笔批示:“小平同志暨中央常委:此人不适合高层政治生活,建议到基层锻炼。”
邓小平立即跟着批示:“同意陈云同志意见,找一个好一些的(地方)让他去。”因为邓小平经历过三起三落,所以他最恨落井下石之人。当知王兆国忘了胡耀邦的知遇提携之恩而对其批判后,又岂会再委以重用。而在这次事件中,胡锦涛在批判胡耀邦的时候不像别人一棍子打死,而是比较客观,没有过分的言论,反令邓觉得他政治敏锐、为人正派,可以放心使用。
1987年9月,王兆国被免去中央书记处书记,下放到福建当省长,离开了中央权力核心。足足有好几年在北京政坛上消声匿迹。直到1990年,才被调回北京,出任国台办主任。