精选 | 2018年3月R新包推荐

作者：Joseph Rickert

翻译：黄小伟，先后从事游戏、社交及金融数据研究及应用，目前就职网易杭州

2018年3月份，共有约200个R新包收录于CRAN，本文选摘了其中40个新包加以功能简述，主要包括：计算方法、数据、数据科学、科学、统计、时间序列、工具和可视化等。希望有助于大家的学习！

一. 计算方法

1. dynprog: 提供将递归快速转换为动态编程算法的工具。

2. fmlogcondens: 实现了多元对数凹函数族最大似然估计的快速求解。

3. knor: 提供对knor的访问，用于计算k-means算法。

二. 数据

1. daymetr:  提供Daymet气候数据的编程接口，并支持相关分析。

2. NOAAWeather: 提供从所有NOAA站点检索实时天气数据的功能，并支持绘制时间序列、箱线图、热图和地理空间图等图形。

3. ppitables: 提供部分国家的相关数据，以确定基于其PPI(贫困概率指数)的贫困家庭可能性，同时提供了创新扶贫行动的相关资料。

4. usfertilizer: 提供了美国各个县在1945年至2012年，所使用肥料、氮和磷的统计数据。

三. 数据科学

1. greybox: 基于偏相关性的信息标准，实现模型选择和组合的工具。

2. h2o4gpu: 实现H2O4GPU的接口，这是一组用于机器学习算法的GPU解算器。

3. iml: 提供了部分具备可解释性的方法，用于分析机器学习模型的行为和预测结果。包括特征重要性、局部依赖图、Shapley值和树替代模型等。

4. iTOP: 提供函数来推断不同数据集之间的拓扑结构关系，该方法是基于RV系数的扩展。

5. onnx: 实现了ONNX的接口（the Open Neural Network Exchange），为机器学习模型提供了一种开源的格式。

6. rcqp: 实现基于CWB软件的语料库查询协议功能，这是一组用于管理和查询大型文本语料库的开源工具。

四. 政治科学

1. coalitions: 根据调查结果数据，利用MCMC方法计算联盟大多数的概率。

五. 科学

1. diagmeta: 采用Steinhauser等人2016年提出的方法，对诊断精度研究进行荟萃分析。

2. NetworkExtinction: 提供了模拟食物链中物种灭绝的功能，并分析了Dunne等人所描述的连锁效应。

3. foreSIGHT: 提供工具来创建水文气候场景、压力测试、可视化等系统，用于气候变化影响的评估。

4. PINSPlus: 根据Nguyen等人2017年提出的方法，提供了一种扰动聚类方法，将疾病的数据和分类整合到不同亚型。

六. 统计

1. chandwich: 根据Chandler和Bate在2007年提出的方法，提供了使用参数协方差矩阵的稳健三明治估计量，调整独立对数似然函数。

2. ciuupi: 当存在不确定的先验信息时，提供函数来计算具有iid正态误差和已知方差的线性回归参数组合的置信区间。

3. CoxPhLb: 利用Cox模型用于分析右截断、长度偏差数据。包括模型拟合和检验、平稳性假设检验等。

4. cutpointr: 提供函数来估计、优化二进制分类任务中指定度量标准的切点，并使用自助法来验证性能。

5. fcr: 提供了部分函数，用于功能并发回归中的动态预测问题，并对函数：pffr()进行了扩展。

6. ggdag: 基于DAGitty web工具，提供对有序的非循环图的整理、分析和绘图功能。

7. hdme: 对于广义线性模型的误差度量提供了部分函数，包括套索（L1惩罚）、广义矩阵不确定性选择器等。

8. joineRmeta: 扩展了Henderson等人2000年提出的联合模型，包括多元研究、元分析案例等。

9. rare: 借助Yan和Bien在2018年提出的交替方向法，构建了基于树的套索正则化的线性模型。

七. 时间序列

1. rMEA: 提供读取、可视化和输出双变量运动能量时间序列的工具。

2. tsfknn: 提供使用最近邻回归预测时间序列的功能。

3. spGARCH: 提供了部分功能，用于分析空间和时空自回归条件异位、空间ARCH类型过程的模拟、spARCH模型参数的准极大似然估计等问题。

八. 工具

1. base2grob: 提供了一个函数将基础绘图函数对象转化为grob对象，并与grid系统兼容。

2. cranly: 提供用于清理、组织、总结和可视化CRAN包信息的功能，以及构建包指示网络(依赖、导入、建议、增强)和协作网络的功能。

3. osrmr: 对OSRM（Open Source Routing Machine）API实现了封装。

4. fasterize: 对raster包的函数：rasterize()提供了一个快速的简单替换，它采用sf类型对象和Wylie等人在1967年提出的扫描线算法（scan line algorithm）。

5. jsr223:  提供了一个高质量的集成，使得在R中方便的调用Java对象，同时提供了统一的接口，可以在R中方便的调用其他编程语言，诸如Groovy、JS、Ruby等。

九. 可视化

1. clustree: 随着分辨率的增加，提供函数来生成聚类树可视化展示。

2. datamaps: 在RStudio、Shiny app等环境中，创建具有气泡和圆弧的交互式轮廓图，其中坐标和区域名称可由用户自主设定。

3. funnelR: 提供为比例数据创建漏斗图的功能，并支持用户定义的基准、置信范围和估计方法。

4. nVennR: 为Perez-Silva等人2018年提出的nVenn算法提供一个调用接口。

5. smovie: 使用rpanel包创建交互式动画，帮助学生理解统计概念。

说明：限于个人水平，错误在所难免，欢迎批评指正，多交流学习！

链接：https://rviews.rstudio.com/2018/04/30/march-2018-top-40-new-package-picks/