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干货丨发SCI没思路?来玩下这个小软件

2017-09-21 生信人 中洪博元医学实验帮

科研工具| 作图| 实验 SCI |统计分析


最近有不少用户留言问有关TCGA数据库的事,今天中洪君特来先给大家分享一个小工具——TCGA数据下载的工具,在此也感谢“生信人”的编程制作,希望能助力你在科研道路上一臂之力!(文末附软件下载)


1
TCGA简介

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来,并进行系统分析,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异,了解癌细胞发生、发展的机制,在此基础上取得新的诊断和治疗方法,最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。


TCGA 使命:提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力


TCGA 目标:完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的“图谱”。


2
TCGA数据下载工具功能


(点击图片,即可放大)


3
软件操作步骤

1)左侧双击想要下载的癌型,等待右侧检索提示(这里得保证你电脑能够上TCGA, 毕竟软件只是帮你冲TCGA获取数据;当然你浏览器挂了VPN能上TCGA,软件也上不了);


2)检索完右侧检索中就会出现该癌症类型下的所有可以下载的数据类型及样本量,这时你点击下载选择数据保存的目录(Tips:一个数据类型单独放一个目录,重复下载除外);


3)等待下载完毕,使用合并按钮进行数据合并,这样多个样本就能合并成一个表格了。然后如果你要转换ENSG ID就选择转换按钮,如果你下载的数临床数据要解析成表格就选择Clinical解析。


4
注意事项


1、软件 可***断点续传***,具体操作:假如网速慢共有三百个样本,只下载了100个,此时你又没时间等了,你大可以关掉,下次下载时你只要选择上一次同样的下载目录。

2、 安装时要注意使用得添加信任, 这个软件360会报毒,但可用。

 

3
软件如何下载


本次中洪君提供4个版本供大家使用,后台回复“TCGA”即可领取!

-END-

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