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钟超:基因编程时代已来临?它如何改造微生物,创造新材料 |一刻·专访

有思想的一刻君 一刻talks 2019-09-08



|钟超:上海科技大学物质科学与技术学院助理教授    


想象一下,你身体里的某个细菌,在你的肠道里可以对付癌症,甚至可以调节生命体里其他的疑难杂症。基因编程,是用像计算机一样的语言来改造DNA。它是怎么创造新材料的?请听上海科技大学的钟超教授在@一刻talks《了不起的好奇心|科学侠》中的分享。    



文章共3154,阅读需要13分钟



我是钟超,来自上海科技大学物质科学与技术学院,我的研究领域是一个结合了材料科学和合成生物学的交叉领域。


这个领域是通过利用基因编程,像计算机一样的语言,用于整合到生命体里,改造DNA,让生命体之后能够按照设定的方式具有特殊的功能。


比如想象一下你的一个细菌在你的肠道里面可以对付癌症疾病,甚至可以调节生命体里面的一些疑难杂症,从另一个角度来说,它也可以帮助我们的农业生产提高大量的生产这样的一个农业果实。


用通俗的语言来讲,就是用基因编程的方法来改造生命体,产生有用的材料。


合成生物学是什么?


这是一个非常新兴的领域,它结合了传统的生物工程手段,和目前为止计算机甚至工程角度的一些工程准则。


当你对生命体加以解剖、理解的时候,如果从它的基本元件开始挖掘,你可能可以最后把它凑成一个完整的机器。了解每个机器、每个元件起什么作用,到对整个生命体整体的贡献,这样就可以帮助理解生命是如何起源的。



从应用角度来讲,如果你能对生命体进行改造,可以让这个生命体具有特殊的设定的功能,你就可以去用这样的生命体,用于治疗疾病,生产有用的材料,生产化妆品,甚至生产能源。


为什么要研究合成生物学?


早期我的研究领域是材料科学,在很长一段时间内,我都会想一些非常有意思的问题。比如我们的骨骼材料,它是一种材料,对不对?但这种材料它有生命的特征。比如当你在踢球的时候,不小心把你的脚给崴了,你的骨头在两三个月之后会自动修复。


随着人的年龄增长,比如我们的爷爷辈,他不小心把自己的骨头折断了后,你会疑问为什么老年人的骨头更容易折断?是因为随着年龄的增长,它有一个degenerate(退化)的过程,所以这些都是动态材料。


我在想这种材料,其实是实实在在的一个有机无机、还包括细胞的混合体。但是,在我们常用到的人造材料里,比如塑料、金属(当然它们在某个特殊阶段发挥了很重要的作用),这些材料都是没有生命的。在21世纪的生命世界,如何去打开生命里的潜力,我个人觉得从材料领域,借助于生命的概念去推进的话,会有很多重要意义。甚至可以获取传统材料不具有的一些特征。比如刚刚我说的自我再生、自我修复的功能。


这些一旦成为你的未来工程材料,可以想象一下,你的材料在被破损之后它可以自我修复,是多么神奇的一个场景。所以在那时候我就在有意识地去探索这个领域。



我应该是第一个从材料科学,踏入这个交叉学科领域的科研工作者。从那时开始,我就觉得这个领域蕴藏着很多机会,事实也证明了我的眼光是对的,因为现在看来这个领域是指数级增长,是一个发展很快的领域。


同时因为我的材料背景,我可以给这个领域带来很多材料的思想,可以用合成生物学推进材料的发展,我觉得是非常有意义的一件事情。


(在博后期间),我是从材料领域跨界到电子器件领域,在那个领域里面,我们用生物高分子做出了一个质子晶体管,我们最初的目的是想发展一个能够跟人脑对接的机器。


因为我知道人体里面,信息源或能源的传输,是通过离子流和质子流,但我们目前为止的这种器件,它是基于电子流的。现在有一个崭新的topic(话题),就是如何用这样的电子器件,去探索生命里面的脑科学的界面。


但是在人体里,就像我刚刚说的,有很多质子流还有些小分子,你如果用一个电子器件去探索这种秘密的话,就存在语言不匹配的问题。我们发明了这种质子晶体管,就是想打破这个界限。


目前为止,质子晶体管用于监测人体、人脑的界面时,能提供一个更好的界面让人去研究它,虽然这只是一个非常基本的装置的证明,但我依然觉得目前看来这是非常大的突破,对我来讲是一次跨领域的大胆尝试,最后也取得了成功。


合成生物学的起源与现状


合成生物学最早起源于上个世纪六七十年代,有一些科学家在改造基因角度,在基因层面、对基因加以编程之后,让细菌具有一定的特殊功能。但目前为止,真正意义上的合成生物学起步是在2004年,15年前,当时合成生物学第一届会议在麻省理工召开。


那个时候的前辈合成生物学家正在做的事情,就是通过引进电子电路设计的一些原理,把它重新放到细胞层面、细菌层面,让细菌能够听指令,在DNA指令的一些调节下,按照所需的方式,输出你想要的信号。


比如打一束光,它接收光之后可以发荧光。让细菌感受一个信号后,它可以产生特定的一些形貌,所有这些对现代的合成生物学的发展都是非常好的铺垫,因为当时它证明了合成生物学还可以这样去干。给了我们很多启示。


到2010年后,这个领域发展得非常迅速,每年大概有上千篇甚至上万篇文章出现,很多工作是往应用角度发展。比如美国很多的风投公司正在关注的一个领域,叫做Living therapeutic——活体药,就是把细菌甚至活细胞、哺乳动物细胞,通过基因改造,作为一种新的治疗方式引入人体,这样它就具有了能够感知你疾病,监测你疾病状态的功能。所以说这个领域越来越往应用发展了。


合成生物学的意义与成果


我们实验室的英文名称缩写是IBME——生物灵感分子工程实验室,我们是利用合成生物学的方式、基因编程的工具,来推进材料科学和纳米科技的前沿研究,我们的研究希望这些纳米技术也好,新材料也好,都具有特殊的功能,可以解决人们在能源、生物医药、甚至目前环境里碰到的各种棘手的问题。


回归到我自己,我希望借助这样的合成生物学,这种生物工程的新工具,来发展、推进材料领域的一些最前沿的研究。



我为什么取这个整合的生物灵感分子工程实验室的名字,就是希望我的学生能够打破材料科学本身的界限,借用其他领域的工具来制造新材料。我们有这样的初衷,所以叫了这个名字。


我和我团队比较值得骄傲的一件事情,是在回到上科大创立的团队后,首次证实了很多概念,我们发展了一个可打印、可编程的细菌生物被膜,一个活体功能材料平台,用我们前面讲的基因编辑和材料加工的手段,可以实实在在地把细菌变成我想要的,具有活体生命特征的一种材料。


这种材料可以在生物医药、能源、生物修复、环境保护方面都有很大的、潜在的应用,这不仅仅是一个研究,而是一个发散型的平台。我们很开心能做出这样原创性的成果。


我们团队想打破常规,我更希望让我的学生沿着大方向去识别非常有意义的问题,针对这些问题敢于提出自己原创的想法。我个人认为,在这个过程中,能够跳出框框,不受框架所限制,是非常重要的。源续不断的创新,应该是从源头创新。


我回到国内的时候,和我研究生的同学(我们课题组里的一个学生)聊的时候,我们发现黏合剂都是基于高分子材料,或者基于蛋白材料,但海洋底下的动物,它不仅具有水下黏合的效能,同时还能根据需要对环境做出响应,在需要黏合的时候就黏合。


那我就想,如果能够结合生命体对环境感知的能力,发展一种活体胶水的话,这个胶水可能是智能化的,在你需要的时候就黏合,在你不需要的时候它就不具有黏合的功能。这样就发展成了一个神奇的胶水,成了我们实验室原创的工作,即活体胶水的一个概念。


我们做的东西非常工程,非常希望天马行空,把一些很有意义的东西,在实验室重建,甚至把它推广到具有商业化潜力的可能性。


科学之美


我觉得科学创新的美在于把一些未知的东西、未知领域的东西,甚至这个世界本来已存在,但是人们未知的东西给找到,同时给它赋予一定的意义。


从科学技术创新的角度,把已知的、自然界存在的一些大自然的杰作,通过基因改造,甚至人工合成,加以材料辅助的手段,把它变成有用的物质在实验室重建,甚至推广到大规模的生产,这个过程我觉得都是创新之美。能让未知的东西,或者自然界本身给你的启发、启迪,带给你实实在在的产品。


我的领域更偏工程,我一直带着一个问题:我能不能加以利用它,改造它;当然,从基础角度,有很多实实在在的科研工作是在研究自然界为什么会这样,或者是某个细胞也好,它为什么具有自我再生的功能,这也是自然界的科学之美。


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