盗墓笔记——公共芯片数据？

小师妹郭芙的秘笈就是挖掘公共数据库上的芯片数据（如想查看郭师妹的逆推法门，请回复“活柯南”查看），数据的挖掘犹如盗墓一样，紧张刺激。简单介绍个最常用的数据库：GEO。基因表达综合数据库( GEO; heep: / /www. ncbi.nlm. nih. gov/geo)是一个巨大的基因表达数据库,并逐步开始被科学界所使用。

举个实际点的例子，让大家能明白是怎么回事。比如我们需要搜索一下GEO的数据库，首先我们要打开的是NCBI的网页，找到GEO DataSets。

　　点击搜索肠癌“Colorectal Cancer”即可获得所有肠癌的芯片数据。

　　选择需要研究的芯片点击进入，例如我们搜索了一个II期肠癌的芯片数据库。

直接点击进入后，会获得该基因芯片的芯片，并进入分析工具的页面。

在DataAnalysis Tools中可以进行进一步的数据分析，例如将原有样本群按照自己需要的分类在进行细分，并可筛选需要了解的某基因的表达谱。例如，郭师妹想要找的是耐药相关的基因，那通过逆推法，就要从P-gp入手，于是搜索该芯片中P-gp的表达谱。

　获得表达谱信息之后，在链接中可以发现Profile neighbors，及表达谱相近的基因，这就是我们需要寻找的与P-gp相关的有可能共表达的基因了。同样，通过GEO Profiles的搜索，也同样可以得到所有芯片数据中该基因的表达谱情况，并根据需求进行查找可能的共表达基因。

对所有的该基因的表达谱分析后，同样可以获得可能的Pathway哦……

点击后，可直接转入Flink显示可能的通路，是不是很方便。

好了，今天就策到这里了，感谢大家的支持！盗墓愉快！