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如何正确地寻找能扯上关系的明星分子

2016-06-24 右哉 实验万事屋

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我叫林平之,是莫愁师姐的师弟,也是万事屋主要的NPC担当。好吧废话不多说了,就告诉你我文章基本上快炼成了,基因也筛到了,表型也验证了,接下去就是要扯一个明星分子做机制研究了。好吧,我最不在行的就是拉关系。


莫愁:关系就是看看你研究的基因的表型,能不能顺带联系到某个信号通路上。因为既然你研究的这个基因会引起某个关键的表型,同样,这个关键表型又和某个著名的信号通路有密切关系。那有很大的概率,你研究的这个基因会和这个信号通路里的某个明星分子扯上关系。那现在问题来了,有了相关的表型,要怎么去找明星分子呢?


方法一:看文献,当然看文献是最直接的方法,谁都知道文献里啥都有。你只要耐心看,看完总结总结,看看人家都研究这个表型相关的什么信号通路,就OK了。



小林子:说得简单……一万二千多篇,我算算,每小时一篇,不吃不喝不睡觉要看一年多……就好像我分分钟能看几篇文献一样……


方法二:查询KEGG的Pathway,基本上明星分子,都会出现在比较常见的信号通路里面,随便搜几个可能的信号通路,然后看看里面关键的上下游基因,就作为备选就可以了。



小林子:虽然好像是这么回事,呵呵,但是我连要查啥信号通路也都不清楚,那要怎么去找明星分子……


方法三:最傻瓜的总要留到最后,用这个网站:



小林子:师姐,干嘛不早说!这才符合我的身份……


这个叫PS平方的网站是一个提供文本分析的网站,在下面的搜索栏里选择好,我输入一个信号通路相关的关键词,然后要搜选与这个信号通路相关的基因。



输入一个表型的关键词吧,比如EMT:



然后,快速搜索,就能获得这样的结果,但是你会发现,这些搜出来的明星分子的名字你从来都没见过,怎么可能跟EMT有关呢:



然后仔细看看右边的注释:



这几个基因确实都是和EMT有关的明星分子……


…华丽丽的分割线…


李莫愁博士:研究的新基因,能扯上某个信号通路,那就提高了自己的身价。比如右叔就一直说,薛之谦是他高中同学的初中同学……好吧,虽然并没有什么卵用。我会告诉你我一个远房表哥是习大大的翻译官么?真的是比右叔不知道高到哪里去了,跟谁都能谈笑风生……好了,今天就先策到这里吧……啥?网址是啥?你们不是厉害么……


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