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文献中基因挖掘的一个简单神器

2017-02-08 右哉 实验万事屋

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今天先要讲的是一个没什么特别用处的神器,就是只能在文献中快速地挖出点别人已经研究过的信息哈,估计你们也不会特别在意吧。



这个东西界面就是这样的……没错,这万一的用处就是搜索基因和疾病的关系。下面打钩的,就是各种基因的机制研究方向,比如表达、突变、甲基化、羟基化、乙酰化、泛素化等等……



我们简单搜一个哈,就搜高血压相关的基因,搜索范围是DNA甲基化相关的。结果会显示在下面,一共有11个基因可能参与了高血压中DNA的甲基化。



随便点开一个ACE,可以看得到这篇文献,其中提到了启动子的去甲基化与高血压的关系。最后会显示搜索的相关性的得分。旁边呢,则是这篇文献中所涉及到的基因。



我们再搜一个,这个是在肠癌中TP53的研究,搜索范围包括突变、基因表达,羟基化、泛素化、甲基化等等……搜到的结果大概300多个吧。里面也涉及了各种不同的基因,当然每种结果都可以分别在不同菜单下。



结果上有一个按钮,是显示所有相关基因与你搜索的这个或者多个基因(你可以在基因栏填上多个基因,用空格隔开)相互的关系,基因边上有红叉,可以点击去掉你不需要那些。


好了,这玩意就是这么用的。


…华丽丽的分割线…


李莫愁博士:其实,你如果有一个比较强大的pubmed文本搜索能力的话,这些功能,其实都能在PubMed上用Mesh词来解决一下的。当然,我相信你们肯定想要更省力。这样的步骤,肯定比在PubMed上自己搜,要轻松一点吧。大概就是这样……什么?为啥我会讲这个没什么卵用的工具?因为我又要给你们随手编课题了呀……网址明天给你们吧,要想现在就知道就去找右叔,不过他脾气不好。好了,今天就先策到这里吧。


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