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科研

JIA | 山东农业大学和聊城大学研究团队找到了驴体长增加的相关基因

孙艳 等 农业科学 JIA 2023-05-25
家畜体尺大小是进化过程中物种间及物种内差异较大的数量性状之一。了解体尺大小相关的基础数据对研究人类疾病遗传机制以及家养动物人工选择和提高生产性能至关重要。家畜体尺特别是体长大小直接影响其产肉性能、产皮性能,并与繁殖性能密切相关,是家畜育种的重要性状之一。与驴传统育种技术相比,利用主效基因和分子标记的现代遗传改良技术培育皮厚肉多新品种,更经济、快捷且有效。然而,目前人们对控制驴胸腰椎数性状的主效基因及因果突变知之甚少,缺乏有效的分子标记

驴属于奇蹄目,马科,马属动物。驴产业在我国特色畜牧产业中占有重要地位,也是我国在全球范围内最具优势的畜牧产业之一。德州驴是我国著名的地方驴种之一,它的特点是体型大,适应性好,耐粗饲。德州驴群体中胸腰椎数也存在变异,而且多一节胸椎体长平均增加5.14 cm,胴体重平均增加11.17 kg,皮重平均增加1.28 kg;多一根腰椎体长增加2.1 cm,胴体重增加2.83 kg,皮重增加0.37 kg。脊椎数的选育,特别是胸、腰椎数的选育相比传统的体尺、体重和外貌评分选择方法更高效,因此挖掘调控德州驴差异胸腰椎数的关键基因具有重要的理论意义和生产实践意义。

近期,山东农业大学和聊城大学研究团队报道了基于全基因组关联分析鉴定到影响德州驴胸腰椎数的候选基因的研究成果,题为“Genome-wide association study for numbers of vertebrae in Dezhou donkey population reveals new candidate genes”的研究论文在Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文),JIA优先在线发表。

本研究对347头德州驴群体进行低深度的全基因组重测序,选用STITCH + Beagle的填充策略进行基因型的填充,对获得的SNPs进行质控后利用GEMMA软件的线性混合模型和logistic混合模型分别对胸腰椎数性状进行关联分析。我们在全基因组水平上发现NLGN1、DCC、SLC26A7、TOX、WNT7A、LOC123286078LOC123280142等7个基因的38个的SNPs与胸椎数性状显著关联;GABBR2、FBXO4、LOC123277146、LOC123277359、BMP7、B3GAT1、EML2和LRP5等8个基因的9个SNPs与腰椎数显著关联。其中WNT7A、BMP7LRP5已知的功能是通过Wnt信号通路和TGF-β信号通路在胚胎体节发育和骨形成过程中发挥作用,可能是驴差异胸腰椎数性状的关键候选基因。


山东农业大学动物科技学院山东省动物生物技术与疾病预防控制重点实验室张勤教授和聊城大学驴高效繁育与生态饲养研究院王长法教授为该文章的通论作者,博士生孙艳李玉华老师为共同第一作者。该研究得到山东省自然基金面上项目(ZR2020MC168)的资助


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https://doi.org/10.1016/j.ji‍a.2‍023.04.‍038

Cite the article:

SUN Yan, LI Yu-hua, ZHAO Chang-heng, TENG Jun, WANG Yong-hui , WANG Tian-qi, SHI Xiao-yuan, LIU Zi-wen, LI Hai-jing, WANG Ji-jing, WANG Wen-wen, NING Chao, WANG Chang-fa, ZHANG Qin. 2023. Genome-wide association study for numbers of vertebrae in Dezhou donkey population reveals new candidate genes. Journal of Integrative Agriculture, Doi:10.1016/j.jia.2023.04.038.




Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文), JIA) 由中华人民共和国农业农村部主管,中国农业科学院与中国农学会主办,中国农业科学院农业信息研究所承办。综合性英文学术期刊,月刊。创刊于2002年,现任主编为中国科学院院士陈化兰。JIA主要栏目有作物科学、园艺、植物保护、动物科学、动物医学、农业生态环境、食品科学、农业经济与管理等。刊稿类型有综述、研究论文、简报以及评述等。全部论文在Elsevier-ScienceDirect (SD) 平台OA出版。最新SCI影响因子4.384,位于SCI-JCR农业综合学科Q1区。中科院分区农林科学1区。2016年以来先后获得中国科协等部委 “提升计划”“登峰计划”“卓越计划”项目支持。

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