1985年2月，民盟五届二中全会通过《关于当前盟的几项工作的决定》，决定“盟中央在经过充分准备之后，将于适当时间召开全国代表会议，以引进新人，充实、加强中央的领导班子和工作班子”。1987年1月2日至8日，中国民主同盟全国代表会议在北京召开。会议接受了65位老同志辞去民盟中央委员、候补委员职务和楚图南辞去民盟中央主席，苏步青、闻家驷辞去民盟中央副主席职务的请求；向楚图南、苏步青、闻家驷等86位老同志发了致敬信。
会议通过的修改后的盟章规定，民盟中央委员会设名誉主席，由中央委员会选举产生；撤销中央执行局，由主席、副主席（可设常务副主席）主持中央工作；取消有关中央委员会顾问的规定；设立中央参议委员会。
1987年1月9日，民盟五届四中全会选举楚图南为名誉主席，费孝通为主席；增选千家驹、关梦觉、罗涵先、马大猷、冯之浚为副主席；接受叶笃义辞去秘书长职务，选举吴修平为秘书长。同日，民盟第一届中央参议委员会第一次全体会议选举苏步青为主任，闻家驷、潘大逵、黄药眠、沈兹九、冯素陶、林亨元为副主任，吴春选为秘书长。1987年1月10日，民盟五届十四次中常会推定高天为常务副主席。
民盟全国代表会议及此后召开的一系列会议为民盟六大的顺利召开做好了思想和组织准备。
1988年9月召开的中共十三届三中全会作出了深化改革、稳定发展经济的决定，并提出治理经济环境和整顿经济秩序的新任务。中共中央要求各民主党派“共渡难关，同舟共济”，进一步坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度。在此新形势下，中国民主同盟第六次全国代表大会于1988年10月8日至16日在北京召开。这次大会共有代表883人，所有代表均通过选举人无记名、差额选举产生。代表中55岁以下的374名，占代表总数的42.4％；1979年后入盟的465名，民盟盟员结构发生了可喜的变化。大会由楚图南致开幕词。中共中央书记处书记、统战部部长阎明复宣读了中共中央贺词。钱伟长代表第五届中央委员会作题为《在社会主义和爱国主义旗帜下，推进政治民主、改革开放，为建设有中国特色的社会主义而奋斗》的工作报告，林亨元代表民盟中央参议委员会作了工作报告。大会审议通过了第五届中央委员会工作报告、《参议委员会向民盟六大的工作报告》和修改后的《中国民主同盟章程》；通过了《给彭迪先、李文宜等老同志的致敬信》。选举产生了新一届中央委员会和中央参议委员会。费孝通致闭幕词。大会的主要任务是：总结民盟五大以来的工作，确定今后一段时期的基本任务和奋斗目标，动员和团结全盟同志，高举社会主义、爱国主义旗帜，发扬民主，重视教育，促进科学技术发展，为改革和建设贡献聪明才智。中共中央贺词指出：“我们党将继续坚定不移地贯彻同民主党派‘长期共存、互相监督，肝胆相照、荣辱与共’的方针，完善在中国共产党领导下的多党合作制度和政治协商制度。当前，要进一步发扬社会主义民主，采取切实有效措施，支持民主党派和无党派人士扩大参与国家事务的决策、执行和检查监督，发展我们党同各民主党派和无党派人士之间更加亲密的合作共事关系。”工作报告提出：民盟应在积极参加改革和建设、推进政治民主、努力完善中国共产党领导的多党合作制度和政治协商制度三方面取得共识。要加强几个方面的工作：一是积极参加政治协商、民主监督、参政议政，为建设社会主义民主政治作贡献；二是组织全盟同志投身于改革开放的实践，为社会主义现代化建设事业建功立业；三是努力推进社会主义精神文明建设，坚决反对不正之风；四是加强盟的理论研究和历史研究工作；五是加强与“三胞”及海外知识界的联络工作，开展人民外交活动。大会认为，民盟要继续发扬与中国共产党亲密合作的光荣传统，积极推进政治协商制度，促进实现协商的制度化、法律化。要通过参政议政，扩大参与国家事务的决策、执行和检查监督。要积极稳妥地进行各级领导班子的新老衔接和交替工作，逐步完善盟的垂直领导体系。大会通过的《中国民主同盟章程》，确立了民盟新时期的政治纲领。盟章总纲规定：“中国民主同盟是以中上层知识分子为主的具有政治联盟特点的致力于社会主义事业的政党。”基本任务、奋斗目标是：“在社会主义、爱国主义旗帜下，团结广大知识分子，继承发扬民主、科学传统，以社会主义初级阶段基本路线为指南，参加国家政治生活；推进民主政治建设，参与国家政权和国家事务管理；通过政治协商、民主监督，国是咨询，业务实践，发展社会主义商品经济，促进社会生产力发展，建设社会主义精神文明，提高全民族思想、道德和科学文化素质，把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义现代化国家。”大会通过修订的《民盟中央参议委员会组织条例》规定：中央参议委员会是民盟的荣誉机构，是中央委员会的咨询和参议机构。新一届中央委员会委员、候补委员采用无记名投票差额预选而后正式选举的办法产生。这是民盟全国代表大会第一次采用差额选举。最终，从260名预选人中选出250名中央委员；从57名预选人中选出50名候补中央委员。新一届中央委员和候补中央委员平均年龄为59.2岁，比上届的64.8岁下降了5.6岁，民盟的中央机构在年轻化道路上前进了一大步。大会选举楚图南为名誉主席，选举产生了由149名委员组成的第二届中央参议委员会。10月17日，民盟六届一中全会选举中央常务委员会委员73人，选举费孝通为主席，钱伟长、高天、叶笃义、谈家桢、陶大镛、千家驹、关梦觉、罗涵先、马大猷、冯之浚、丁石孙、康振黄、孔令仁、谢颂凯为副主席，吴修平为秘书长。民盟六届一中全会选举的主席、副主席、秘书长合影。前排左起：关梦觉、叶笃义、千家驹、费孝通、钱伟长、谈家桢、高天、马大猷；后排左起：孔令仁、冯之浚、罗涵先、陶大镛、丁石孙、康振黄、谢颂凯、吴修平。同日举行的民盟第二届中央参议委员会第一次全体会议，选举常务委员39人，选举苏步青为主任，冯素陶、李文宜、沈兹九、陈敏之、林亨元、闻家驷、彭迪先、潘大逵为副主任。同日举行的民盟第二届中央参议委员会常委会第一次会议推举林亨元为常务副主任，任命吴春选为秘书长。