癌症基因融合突变不容忽视，FDA刚专门批准伴随诊断（附位点）
美国凯瑞思基因检测公司作为一家专注于精准医学的分子科学领先创新者，近日宣布美国食品和药物管理局（FDA）已授予该公司开发的MI Transcriptome伴随诊断（CDx）测试突破性医疗器械认定。这一检测旨在发现实体瘤中的基因融合，帮助临床医生发现能够从特定靶向疗法中获益的癌症患者。
凯瑞思公司计划在今年年底前递交上市前批准（Pre-Market Approval）的数据。MI Transcriptome ™ CDx是一种新一代基于测序的体外诊断测试，使用从福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织中分离的RNA来检测所有类型的结构重排，包括融合，缺失，倒位和扩增，如以及在诊断患有癌症的患者中测量表达和剪接变体。它已获得用于检测新型FGFR生物标志物（基因融合突变），包括实体瘤中的基因融合。
基因融合是经常导致肿瘤进展的遗传改变，因此是癌症患者的有希望的治疗靶标。MI Transcriptome ™ CDx可以区分不同的融合类型，并可以区分融合与其他重排。它还有可能发现以前无特征的事件，这在识别对靶向治疗有强烈反应的患者时很重要。
MI Transcriptome ™ CDx检测还可以提供额外的肿瘤分析数据，供合格的医疗保健专业人员根据癌症患者的肿瘤学专业指南使用。此外，MI Transcriptome™CDx将是第一个用于鉴定可能符合泛癌治疗条件的融合患者的伴随诊断。“基于RNA的测序分析正在成为检测临床相关融合的最佳方法，” 凯瑞思总裁兼首席科学官David Spetzler说。
通过全转录组测序实现的MI Transcriptome ™ CDx提供了癌症中表达的所有基因的信息，可以对患者肿瘤进行最全面的评估，从而为更有针对性的治疗提供信息。我们很高兴收到突破性设备指定并期待加速该试验的开发。
今年年初，凯瑞思宣布推出其最新的全面基因检测产品——分子智能全转录组测序技术（WTS， Whole Transcriptome Sequencing ）。WTS利用高通量测序的功能深入了解患者肿瘤的RNA图谱，同时以凯瑞思提供的最全面的肿瘤分析方法为基础——评估DNA、RNA和蛋白质，全面分析肿瘤患者分子层面的变化情况，以确保患者接受正确的治疗。
小编曾报道过：
癌症治疗不可错过！美国重磅推出全面RNA基因检测技术，包括罕见基因融合
“FDA授予MI Transcriptom CDx的突破性医疗器械认定是为携带特定遗传特征的患者使用精准医疗的重要进步，也为晚期癌症患者带来了新的希望，”凯瑞思公司首席医学官W. Michael Korn博士说。
癌症治疗常见的基因融合突变大盘点
ALK融合突变
ALK的融合突变最早报道于1999 年，变性大细胞淋巴瘤中的TPM3-ALK。而目前ALK融合突变检出率最高的是非小细胞肺癌，且也有多种靶向药，辉瑞的Crizotinib（克唑替尼）是最早获得FDA批准的ALK 小分子抑制剂，后来诺华的Ceritinib（色瑞替尼），罗氏的Alectinib（阿来替尼），还有Ariad公司的布加替尼和辉瑞的劳拉替尼等。
BRAF融合突变
BRAF的驱动致癌突变主要是BRAF V600E 点突变，在黑色素瘤中占到50%的比例。据美国两家权威的全基因检测公司纪念斯隆凯特林癌症中心MSK-IMPACT和FoundationOne Heme™ 的数据报道，BRAF的融合突变比例相对较少（0.3%）。虽然靶向BRAF V600E的TKI已经在黑色素瘤上获得FDA批准，但在BRAF融合突变中还没有系统的临床研究，也没有对应的靶向药。
RET融合突变
RET基因突变最常见的类型是KIF5B-RET融合，以及CCDC6-RET融合，尤其前者更常见。RET在不同肿瘤中检出比例不同，甲状腺肿瘤比例较高，尤其是甲状腺髓样癌。
Cabozantinib （卡博替尼）在2012 即获得FDA批准，用于治疗RET融合突变的转移性甲状腺髓样癌。凡德他尼也针对RET融合获批用于治疗甲状腺髓样癌。
RET融合突变在非小细胞肺癌中的检出率为1-2%，与其他常见突变，如EGFR、ALK、ROS1相互排斥，不会同时出现。在小细胞肺癌中，针对RET融合，靶向药凡德他尼、索拉非尼和舒尼替尼可以抑制肿瘤增殖。
ROS1融合突变
据统计，肺癌患者中出现ROS1融合的比例在1%-2%之间，常见于年轻的不抽烟的女性肺腺癌患者。对于EGFR和ALK阴性的患者来说，ROS1融合出现的比例高达5%。
美国FDA于2016年批准克唑替尼可用于ROS1融合的肺癌患者。色瑞替尼针对ROS1融合患者，有效率高达62%，脑转患者有效率达63%。其它的ALK抑制剂也有针对ROS1融合患者的小规模临床试验数据，比如劳拉替尼、Brigatinib和Entrectinib，有效率大概50%-86%。
针对ROS1融合突变的第一个靶向药就是辉瑞公司研发的赛可瑞(克唑替尼，crizotinib)，治疗非小细胞肺癌。今年3月FDA批准广谱靶向药Entrectinib （恩曲替尼），靶向NTRK融合突变的同时也适用于具有ROS1阳性转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者的治疗。
FGFR融合突变
FGFR家族包括4个FGFR受体亚型，FGFR1-4，多达18个FGF生长因子配体。与上面提到的ALK，ROS1，RET等相比，FGFR1-4在成人体内起着更重要的生理功能，包括组织、代谢平衡、内分泌、血管生成、伤口愈合等。
根据美国纪念斯隆凯特林癌症中心MSK-IMPACT基因检测研究报道FGFR1的融合突变比较少见，FGFR1更主要的致癌因素是过量表达。FGFR2的融合突变主要集中在胆管癌。FGFR3 融合突变主要发生在神经胶质瘤，其次是膀胱癌。FGFR4 的融合突变没有检测到。
针对FGFR1-3的靶向药获批的有白血病的普纳替尼（ponatinib ）。
NTRK融合突变
NTRK家族有3个成员：NTRK1、NTRK2、NTRK3。其表达的相应蛋白叫TRKA、TRKB、TRKC。TRKA的融合突变属于最早发现的实体瘤融合突变之一，最早报道于1986年。
去年11月，Larotrectinib（拉罗替尼）会成为第一个获得FDA批准的“广谱靶向药物”，用于NTRK融合突变的全部实体瘤，包括成年和儿童肿瘤患者。今年3月，另一个同类广谱靶向药Entrectinib （恩曲替尼）也获批。
NRG1融合突变
神经调节蛋白-1（NRG1）的基因融合突变（约占0.2％的癌症）在多种实体瘤中检测出来。在肺腺癌中最常见的基因融合是NRG1-CD74，且可以用现有的药物靶向治疗，新的靶向治疗也可以有效对抗NRG1融合的癌症。有研究采用GSK2849330单抗靶向治疗和阿法替尼治疗。
美国凯瑞思一项22000例癌症患者的基因检测研究中发现，NRG1融合发生比例最高的是非小细胞肺癌，但通过RNA测序发现：NRG1基因融合也见于肾癌、胆囊癌、膀胱癌、卵巢癌、胰腺癌、乳腺癌、结直肠癌以及肉瘤和神经内分泌癌中。
美国凯瑞思基因检测（含基因融合）申请
1、确保有1年内的肿瘤组织切片或者蜡块，或者穿刺组织；
2、凯瑞思多平台检测（DNA、RNA和蛋白质三个层面）：592基因+TMB+PD-L1+MSI，需要25张白片（9种检测技术）；
3、只做二代测序（592基因）和免疫组化测PD-L1，需要15白片；
4、负载肿瘤组织的玻片需要带正电荷，具体检测流程请致电全球肿瘤医生网400-626-9916咨询
小结
我们处在一个充满奇迹的时代，快速发展科技给人类带来了新的希望。曾经，癌症是不治之症。但随着抗癌手段的不断更新，尤其分子靶向药物等新一代的治疗方法的出现，人类全面战胜癌症的那天不再遥不可及。如今广谱抗癌药也在跃跃欲试，相信癌症终有一天 会从世界上消失，让我们一起见证这一天的来临！
参考资料：
https://www.prnewswire.com/news-releases/caris-life-sciences-receives-fda-breakthrough-device-designation-for-mi-transcriptome-companion-diagnostic-test-300843383.html
https://www.pd1.cn/targeting-drug/3591.html
https://www.sohu.com/a/147592420_747911