癌症基因检测“水很深”，请收藏这份史上最全的指导手册（患者版）！
随着生物技术在医学领域的快速发展和人们在细胞分子水平对肿瘤发病机制认识的深入，肿瘤治疗逐渐从前基因组的细胞毒性药物治疗时代过渡到后基因组的靶向治疗新时代。
提到基因检测，前几年，临床医生在向患者推荐时还心存疑虑，而近两年，基因检测已成为癌症诊疗的标准动作，基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。比如，一位患者患了癌症，不仅要做病理诊断还要做全基因检测，发现突变位点，进而为患者制定包括化疗，靶向，免疫治疗方案，以及家族癌症风险评估。
癌症基因检测到底是怎么一回事，很多癌症患者对此知之甚少，今天，全球肿瘤医生网就为癌症患者做全面科普，癌症患者在做基因检测前，一定认真读完这篇文章！
内容摘要：
一、什么是癌症基因？
二、什么是癌症基因检测？
三、什么是基于基因检测的靶向治疗？
四、各类癌症需要检测哪些基因？
五、各类癌症基因检测技术优劣势大对比！
六、如何选择一家靠谱的基因检测机构？
七、选择哪种基因检测方案？全基因还是热点基因？
八、所有的癌症患者都需要做基因检测吗？
九、基因检测究竟用什么样本做比较好？组织，胸腹水还是血液？
十、癌症基因检测的价格是多少？
人的DNA是遗传物质的载体，而基因就是DNA中真正有含义的片段。癌友之所以会得肿瘤，归根结底是由于身体内累积了许多有害的基因突变，千奇百怪的变异，最终导致了癌症。
癌细胞中可能发生许多类型的基因改变。主要类型包括：
基于DNA的改变
1) 碱基替换
2) 插入或缺失
3) 拷贝数变异
4) 重排
基于mRNA的改变
mRNA可以在癌症中存在或不存在。当存在时，它们有时会“过度表达”（表达水平高于正常水平）。通常在DNA水平检测突变更容易，而如果要检测ALK,ROS,NTRK等近两年靶向研究突破重大的融合突变，则需要在mRNA水平上检测才更为准确。
基于蛋白质的改变
蛋白质可以在癌症中存在或不存在。 使用免疫组织化学（IHC）可以检测蛋白质的突变或缺失。在临床用药过程中，检测蛋白质水平对用药指导也具有重要的意义。例如，在肺癌中，针对EGFR靶向药的选择是基于DNA水平的敏感性检测，而非蛋白层面的免疫组化（IHC）检测。但是，最近的一项研究表明，与单独化疗相比，使用免疫组化（IHC）测量的高水平EGFR表达可预测对西妥昔单抗（抗EGFR抗体）联合化疗的反应。
我们都知道，癌症是一种具有遗传倾向的疾病，跟基因突变有着千丝万缕的联系，而这些基因在某些程度上，也决定了癌细胞的生长与分裂，并且这种突变也可能会遗传。这时候就可以针对肿瘤的基因图谱进行测试，从而确定到底是发生了哪些突变，而这个过程就叫做基因检测。
肿瘤基因测试范围从简单到复杂。最简单的测试只检测一种基因中的一种类型的突变。比如仅在BRAF位置c.1799处寻找特定T到A置换突变的试验。
相反，最复杂的测试可以同时检测所有主要类型的基因改变，包括替换，重复，插入，缺失，插入，基因拷贝数 变异和结构变体，包括倒位和易位。
在恶性肿瘤的治疗中，一个令人困惑的问题就是：同一分期、同一病理类型的恶性肿瘤患者，采用相同的治疗方案，其疗效（如生存期）为什么会存在明显差异？
随着人类基因组计划的完成，研究人员发现同一类型肿瘤的细胞分子生物学差异可能是导致疾病个体化差异的原因所在，继而发现了一些与肿瘤发生密切相关的基因，即肿瘤的“驱动基因”。肺癌已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET。驱动基因不同，患者对肿瘤的治疗反应也就不同，这就是相同分型、分期的肿瘤患者存在疗效差异的原因。
目前一些药物如靶向药物具有特异性针对某种肿瘤基因突变达到精准杀伤的效果，而不同肿瘤患者肿瘤驱动基因突变存在差异，因此通过基因检测，了解患者哪种基因发生突变，适合应用哪种药物，也就达到了“量体裁衣”的效果，做到了“精准医疗”。
在实际的治疗过程中，基因检测可以帮助医生制定最佳的治疗方案。比如：一些人患肺癌后，可以利用基因检测的手段对癌细胞中的EGFR进行检测，一旦发现了该突变，就可以利用对应的靶向药进行治疗。再比如，有一些非常难以确诊的肿瘤，需要依靠特定的基因改变协助确诊。比如，不少肉瘤都长的像梭子一样，长长扁扁的，这时候如果基因检测发现有ASPL-TFE3融合基因，那诊断腺泡软组织肉瘤，就八九不离十了。
利用各种方法，把这些变异的基因找出来，仔细分析，可以协助临床诊断、指导治疗选择、辅助监测疾病复发和耐药、预估生存期等。
广义上讲，所有肿瘤患者均可以接受基因检测；狭义上讲，根据指南推荐，不同的病种、不同的分期、出于不同的目的，不同的患者，适合做不同的基因检测。
国家卫健委之前颁布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则（2018 年版）》，明确指出：抗肿瘤药物临床应用需在病理组织学确诊后或基因检测后方可使用。其中也罗列了需要和不需要癌症基因检测的常用的小分子靶向药物和大分子单克隆抗体类药物。但是这份指导原则仅覆盖了国内上市的靶向药，全球肿瘤医生网结合国外新药上市的情况给大家做了系统的盘点。
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
EGFR | L858R exon 19del T790M | 阿法替尼，厄洛替尼，吉非替尼，埃克替尼，达克替尼，奥希替尼等 | 贝伐珠单抗 重组人血管内皮抑制素 盐酸安罗替尼 |
KRAS | Exon2/3/4突变 | EGFR TKI，MEK抑制剂等 | |
HER2 | 扩增Exon20ins | 曲妥珠单抗，波奇替尼 | |
ALK | 融合 | 克唑替尼，色瑞替尼，阿来替尼，布加替尼，劳拉替尼等 | |
ROS1 | 融合 | 克唑替尼，色瑞替尼，卡博替尼，劳拉替尼，恩曲替尼等 | |
MET | 扩增 | 克唑替尼，Capmatinib，Tepotinib等 | |
BRAF | V600E | 达拉菲尼，威罗非尼 | |
RET | 融合 | 凡德他尼，卡博替尼，BLU-667，LOXO-292等 | |
NTRK | 融合 | LOXO-101等 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
CDK4/6 | 突变 | 帕博西林， 瑞博西林， 玻玛西林 | 依维莫斯 |
Her2 | 突变 | T-DM1， 来那替尼， 曲妥珠单抗， 帕妥珠单抗， 拉帕替尼， 吡咯替尼 | |
BRAC | 突变 | 奥拉帕尼， 他拉唑帕尼 | |
NTRK | 融合 | LOXO-101等 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
EGFR | 突变 | 西妥昔单抗，帕尼单抗 | 瑞格菲尼 贝伐单抗 雷莫芦单抗 |
NTRK | 融合 | LOXO-101等 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
HER2 | 扩增 | 曲妥珠单抗 | 阿帕替尼 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
KIT，PDGFR，ABL | 突变 | 甲磺酸伊马替尼 | 瑞格菲尼 舒尼替尼 |
NTRK | 融合 | LOXO-101等 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
EGFR | 突变 | 厄洛替尼 | 依维莫斯 舒尼替尼 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
| - | - | - | 索拉菲尼 瑞格菲尼 乐伐替尼 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
BRAC | 突变 | 奥拉帕尼 rucaparib | 贝伐单抗 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
KIT, MET, RET | 突变 | 卡博替尼 | 乐伐替尼 依维莫斯 替西罗莫斯 舒尼替尼 帕唑帕尼 阿昔替尼 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
BRAC | 突变 | 尼拉帕尼 | 贝伐单抗 |
基因 | 常见突变 | 需要检测靶点的药物 | 不需要检测靶点的药物 |
BRAF | V600E | 维莫非尼 达拉菲尼 | -- |
MEK | 突变 | 曲美替尼 考比替尼 |
基因检测的技术其实很多，外行人根本就无法准确辨别。全球肿瘤医生网为大家罗列的13类基因检测技术的优劣势对比，让大家一目了然。
1、等位基因特异性PCR
优点：敏感性 - 需要突变存在1-5％。无需特殊设备。
缺点：目标特异性，无法检测到可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。
2、Sanger双脱氧测序
优点：可以检测到各种未知的突变。如果首次从样本中提取融合转录物的RNA，可用于检测基因融合。无需特殊设备。
缺点：劳动强度大，需要突变DNA存在20-25％。无法检测到外显子或基因 拷贝数的变化。
3、焦磷酸测序
优点：快速和灵敏地检测5％水平的突变DNA。
缺点：需要焦磷酸测序仪器; 在可以在肿瘤DNA中检测到的突变类型方面受到限制。
4、质谱法
优点：灵敏，存在5-10％可靠地检测突变DNA; 测试多个基因。
缺点：需要质谱仪器; SNV特异性并且不能检测可能存在的肿瘤DNA中的其他突变。
5、单碱基扩展测定
优点：灵敏，可靠地检测突变DNA，如果以5-10％存在; 测试多个基因。无需特殊设备。
缺点：SNV特异性并且不能检测可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。
6、多重连接依赖性探针扩增 - MLPA
优点：快速且能够同时检测多个突变。无需特殊设备。可以检测到10％的目标SNV。
缺点：对于外显子或基因 拷贝数变异检测，需要突变DNA以20-40％的水平存在。靶向的SNV和外显子和基因 拷贝数变体都是特异性的，并且不能检测到肿瘤DNA中的其他突变。试剂盒可能不适用于感兴趣的基因或突变。新鲜冰冻组织检测效果优于石蜡包埋组织提取DNA。
7、荧光原位杂交 - FISH
优点：轻松检测基因 拷贝数变化和有针对性的SV，这些SV不易被其他方法检测到; 基于细胞的成像可以检测一小部分细胞中的事件。
缺点：需要石蜡包埋组织未染色的切片; 无法检测到实体瘤肿瘤中发生的大多数突变类型。
8、新一代测序-扩增捕获
优点：能够同时检测单个碱基替换以及更复杂的突变，包括单次测定中许多基因中的重复，插入，缺失和插入缺失; 需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”（1000x覆盖率）时，测定对于检测低丰度突变是敏感的。
缺点：昂贵; 需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。无法检测基因 拷贝数变化和SV。
9、新一代测序 - 杂交捕获
优点：能够同时检测单个测定中许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点，如FoundationOne TM。
缺点：昂贵; 需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。
10、新一代测序 - 全外显子组测序
优点：综合性中等。在同一检测中，可同时检测许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。
缺点：昂贵; 需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。
11、新一代测序 - 全基因组测序
优点：最全面。可同时检测整个基因组中的替换，重复，插入，缺失，插入，基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。
缺点：昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。
12、数字PCR - ddPCR
优点：高水平的敏感性和特异性; 相对便宜。
缺点：只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。
13、BEAMing技术
优点：高度的敏感性和特异性
缺点：只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。
介绍了这么多检测靶点和检测技术，那么癌症患者究竟该如何选择一家靠谱的检测机构呢？
目前国内基因检测机构多达三千余家，拥有一批优秀的大公司，但也存在大量小机构，甚至一个小实验室就可以为患者做癌症全基因检测，很有可能花了钱，耽误了时间，结果却什么也没检测出来，因此，进行基因检测的第一步，找一家权威的检测机构是重中之重！对于都是外行的癌症患者来说，很难分辨出究竟哪一家基因检测机构才是靠谱的。全球肿瘤医生网为大家总结关键的五点，给大家检测前参考：
一，硬件——检测设备大同小异
基因检测设备上看，目前大型基因检测公司采用的都是国外的基因检测设备，比如Illumia和Life Technologies等，当然国内的也在研发和使用自己的平台，效果在稳步的追赶国外。设备对于基因检测公司的选择有一定的影响，但是国内使用的设备都大同小异，多数都是进口设备，所以这方面的顾虑可以消除。
二，软件——数据库及专家团队是核心竞争力
癌症基因检测的流程大体都是一样的，首先患者提供组织切片或者血液，上机器进行检测，然后就是对检测结果的数据分析，提供检测报告。这么一套简单的流程，实际上只需要4-5个人就可以出具报告，检测一遍之后，根据突变情况写上是否有可用的药物，解释一下靶点的意义，再根据突变靶点去clinicaltrails.gov临床试验官网搜一些临床试验列上去，这样的报告有多少临床参考价值呢？
但实际上，整个流程中，最关键的环节是数据分析，需要庞大的数据库及权威的分析团队，包括分子生物学专家、病理医生，肿瘤医生、生物信息学专家、免疫学专家等通力合作，针对你的每一个突变位点掘地三百尺，查阅文献，相似病历，为你找到最匹配的治疗药物，和前沿药物临床试验，才能为癌症患者出一份精准的基因检测报告。很多晚期无路可走的患者，甚至通过权威基因检测报告推荐的临床试验获得了生机。晚期癌症患者基因检测无靶向药，但却获得了更好的治疗！
三，质控——决定检测结果准确性
我们都知道一个基因它存在很多个位点，每个基因突变形式四种，碱基替换，插入缺失，拷贝数变异，重排，小的公司为了节约成本或是受技术影响，只做热点检测，或者只检测碱基替换和插入缺失，会造成很高的漏检率，导致很多假阴性结果的出现，后果就是患者花了钱，却什么也没检测出来，而权威的检测机构是对癌症相关的所有基因所有位点做全部的检测，甚至对于检测出来的结果反复进行三遍以上的验证，保证没有假阳性或者假阴性结果，同时，出具结果的准确性和精确性经得起反复检测验证及其他实验室多次检测验证。
对于各个不同规模的基因检测公司，在检测结果的准确性上，影响因素不只是单纯的检测技术（二代测序、Sang测序等），而是检测公司对每个样本进入检测程序后每一个操作步骤的质量控制、标准化流程和检测人员技术熟练程度。
就好比不同资历的外科手术医生，对于同样的病人，同样的手术刀，但是切除的效果是跟医生的手法及熟练程度息息相关的，所以患者都愿意找经验丰富的外科专家。
对于权威的基因检测机构，检测病例数、检测人员能力水平、仪器数量等可以作为考虑因素。
四，实验室资质——必须获得国家（国际）认可
基因检测的阵地就是实验室，必须要获得国家相关部门的认可，或者国际实验室资质认可。美国30年前就将基因检测列为临床专业，开展专业培训，但在我国，目前还没有官方资质认证和培训的机构。由于没有正规监管机构，基因检测公司的良莠不齐也再说难免。选择时，要了解清楚。
CAP与CLIA双认证被视为临床检测行业内最高标准，在全球范围均获得认可！全球肿瘤医生网整理了详细的名单，想了解的可以添加文末二维码获取。
CLIA：《临床实验室改进修正案》，在美国，一间临床检测试验室只有获得CLIA执照后，才有权接收并处理美国人源临床样本，足见CLIA的权威性及临床检测质量管控的重要性。
CAP：美国病理学会，凭借病理学在疾病诊断中无法动摇的金标准地位，对CLIA提出了自己的解读，CAP制定了具有可操作性的质量评价规程和认证体系。
因此大家在选择基因检测公司的时候尽量选择知名的，专注于癌症基因领域的大公司。
五，选择FDA批准的基因检测更有保障！
美国FDA曾发布警告，目前市面上不同基因检测结果存在较大差异。一方面，不同公司相同产品检测结果存在差异，这可能来自于测序原理或测序体系设计，生物信息算法等差异；另一方面，同一产品的检测结果在不同临床机构解读标准存在差异，这可能来自于对同一具有临床意义或具有潜在临床意义的基因理解或治疗方式存在差异。如Brca基因检测结果解读，不同企业或不同临床机构在解读规则和解读能力上存在差异。
目前，FDA已经批准了两款专门针对癌症患者的基因检测产品，纽约纪念斯隆·凯特琳癌症研究中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center，MSK）基于二代测序技术（NGS）的癌症基因检测分析平台MSK-IMPACT和Foundation Medicine旗下产品--FoundationOne CDx（F1CDx）用于泛癌症临床伴随诊断。如果病友们不信任市面上的检测机构，那么选择FDA批准的检测相对来说更有保障。
七，如何选择基因检测方案？看了上面的介绍，是不是感受到了基因检测的极端复杂性——的确是这样的，每个病人到底应该做哪些基因的检测，才能做到尽可能不遗漏（不错过治疗机会，不浪费标本）、又不多花冤枉钱，这里面学问很大很大……
对患者来说，检测什么基因也是非常关键的，目前医院和各大基因检测公司都有针对不同人群的各类套餐，总结如下：
1、单癌种小panel检测：比如，对于肺癌患者，已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET，那么只检测这些常见突变的基因就可以了。目前国内权威的基因检测公司如泛生子、世和都推出了针对不同癌种的检测项目，如肺癌18基因、脑瘤63基因检测等。
优势：价格便宜。拿肺癌举例，由于中国肺腺癌中超过一半的患者是携带EGFR和ALK两个突变之一，这种方案性价比较高。所以，如果患者属于肺腺癌，而且经济条件一般，把有限的钱用在刀刃上才是更合理的。
2、全基因检测：同时检测几十个甚至上百个癌症相关基因，比如，FDA批准的首款获得突破性认定的癌症NGS体外诊断检测产品--FoundationOne CDx (F1CDx)可检测324个基因的突变，还可以检测TMB和MSI两个基因组特征。
优势：使用新一代测序技术，最大优势是覆盖面大，一次就能综合了解情况，但它目前比第一种方案昂贵。当然，随着新测序技术越来越便宜，最终第一个方案肯定会被取代，但目前，还是二者共存。
全球肿瘤医生网提醒大家，每个病人，其实都要综合肿瘤的种类、疾病的分期、之前治疗的情况、后续治疗的愿望、以及家庭经济承受能力，做一个“个性化”的安排，欢迎大家来咨询全球肿瘤医生网医学部的相关专家（400-666-7998）。
广义上讲，所有肿瘤患者均可以接受基因检测；狭义上讲，根据指南推荐，不同的病种、不同的分期、出于不同的目的，不同的患者，适合做不同的基因检测。
比如，一个晚期肺腺癌患者，尚未接受任何治疗，家庭经济情况一般，只是为了看看，是否有合适的已经在内地上市的靶向药可用，那么只要测一下最常见的那几个基因就可以了。
比如，一个超级土豪，是一个肉瘤，其他药物治疗都失败了，但是依然想碰碰运气，看看是不是自己还有靶向药可用：不管是已经上市还是处于临床试验研究阶段的，不管是国内还是国外，都想知道。那么，他或许可以选择做一下跨癌种的、尽可能多的、几十上百甚至全部的基因。
但是，在癌症的治疗过程当中，有一部分人在接受靶向治疗前，选择不做基因检测，而这种治疗方法就叫做盲试。对比基因检测，盲试也有自己的优势，比如即能省钱又能节省时间。那么到底什么情况才可以跳过基因检测，直接进行靶向治疗呢？
1、靶向药单一：一些种类的癌症，可能突变类型比较单一，对于靶向药也没有可选余地，这种情况下，可以选择盲试，一旦发现没有效果，就需要更他疗法。
2、生存期不乐观：对于一些癌症友友，可能医生的预估不足6个月，并且经济条件也不好，这种情况，如果拿半个月等一个不确定的结果的话，就显得太冒险，所以不如直接进行盲试，把钱用在刀刃上，挑选概率最大的进行尝试，俗称“闯大运”。
当然盲试也有着自己的短板，在没有基因检测之前，用药基本靠“猜”，而效果也基本靠“祈祷”，所以在治疗的过程中，对于是否进行靶向治疗，大家可以在咨询主治医生或全球肿瘤医生网后慎重决定。
做基因检测，是检测肿瘤细胞的突变，因此需要获取肿瘤细胞。
临床上通常有三种方式：
1. 肺癌手术中（或胸水中）得到肿瘤样品。
2. 穿刺活检样品，通常是在局部麻醉下，使用很细的针刺入疑似肿瘤，来获取少量细胞用于分析。这样创伤很小，可以避免不必要的手术，对患者影响小。
3. “液体活检”。肺癌的液体活检，主要是指通过分析血液里的癌细胞或者癌细胞释放的DNA进行分析，判断癌症突变类型。这之所以能成功，是因为晚期癌细胞，或者癌细胞的DNA，会经常跑到血液里面，现代技术有可能把它们捕获，进行分析。
“液体活检”是目前最热门的技术之一，最大的优点是无创，风险小，而且可以反复多次取样，但目前依然以组织病理切片的基因检测，准确度最高，是业内公认的金标准。虽然它也不是100%完美（比如还有空间、时间、异质性的问题）。但是，常常能遇到病友无法取得足够的组织，或者组织标本年代久远，这类情况下，也可以考虑用血液标本勉强代替。
我们一般推荐的优劣顺序是：最近手术或活检新取的组织标本>1-2年内的组织标本>最新的血标本>2年以上的旧的组织标本。
癌症基因检测价格一般取决于需要检测位点的数量，检测数量越多，价格越高，全基因检测应该是最贵的，不同的基因检测公司，定价略有不同，但是相差不会太多。国内癌症单病种基因检测一般在1万+元，全基因检测2万元左右，美国全基因价格稍高，Foundation Medicine 5万+元，凯瑞思多平台7万+元。患者可以根据经济条件和癌症类型选择合适的基因检测类型，建议去正规的基因检测机构。
基因检测的重要性不言而喻，精准的基因检测是精准治疗方案的前提。希望大家都能通过权威的检测获得合理的用药方案。