circRNA研究必备工具：circRNA翻译潜能预测

导读

circRNA研究领域，最近有件事很轰动。连续两篇《Molecular Cell》上的研究揭示了circRNA翻译蛋白的能力。这让很多小伙伴们都凌乱了，好不容易从母基因调控，ceRNA机制去研究circRNA，怎么跳出来circRNA还可以去翻译蛋白调控细胞功能呢？对于这件事情，小编认为，这对于circRNA研究来说，是一个新的机制研究方向，是一个新的突破。那么，怎么去预测一些一个circRNA是否具有翻译潜能呢？以下几个在线工具，小编只介绍一次，你一定要记住哦。

ORF Finder

一段RNA序列，无论是线性，还是环状的，是不是具有翻译潜能，首先得看是否有开放阅读框（ORF）。因此，决定一个circRNA是否有翻译潜能，第一步就要看看这个circRNA是否有ORF区域。ORF Finder (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/)，只要您输入circRNA的序列信息，就可以直接看到ORF区域了。

IRESite

CircRNA有ORF区域，要想实现翻译还有另外一个条件，那就是具有内在的核糖体进入结合位点（Internal Ribosome Entry Site，IRES）。IRESite（http://iresite.org/IRESite_web.php），基于已有68个病毒和115个真核细胞的实验数据，收录了大量的具有IRES位点的基因。因此，将感兴趣的circRNA的序列输入比对，就能预测circRNA是否具有IRES位点。

Pfam31.0

除了以上两个数据库，Pfam31.0(http://pfam.xfam.org/),也可以用来分析circRNA序列是否具有ORFs，也能对已知蛋白motif进行检索。

 CircInteractome

以上3个网站基本把circRNA是否具有ORF，是否具有IRES进行了预测，如果一个circRNA满足以上条件，那么，它具有翻译的能力已经很近了。CircInteractome（http://circinteractome.nia.nih.gov/index.html），专门用于circRNA信息检索和预测的网站，可以预测RNA结合蛋白（RBP）和miRNA是否能结合到circRNA上。因此，如果通过上面的预测，知道某个circRNA具有IRES，那么可以通过这个网站来看看特定的RBP是否能和该circRNA结合，以确保预测数据的可靠性。

以上4个网站基本可以实现对circRNA是否具有翻译能力进行预测。如果通过前期筛选的circRNA具有翻译能力。那么，在后续功能研究的时候，就可以通过circRNA-蛋白-功能的路线出发，相信一定会有非常好的科研成果出来。

参考文献：Granados-Riveron JT, Aquino-Jarquin G. The complexity of the translation ability of circRNAs. Biochim Biophys Acta. 2016 Oct;1859(10):1245-51.