[朝花拾文] 2月份高分文章赏读!

2020年2月份伯豪客户共发表15项高分研究成果，其中影响因子大于10分的有4篇，平均影响因子7.86，发表在Cancer Cell, Cell Research, Nature Communication , Nucleic Acid Research等.

 RNA测序产品线

BRD4调控Caveolin-2参与胰腺癌细胞的生长

Caveolin-2 is regulated by BRD4 and contributes to cell growth in pancreatic cancer

发表期刊  

Cancer Cell 

International

影响因子

IF=3.44  

中科院杂志分区：3区

通讯作者所在单位

上海交通大学医学院附属

仁济医院肿瘤科

伯豪生物提供的产品或服务 

mRNA测序

摘要:

蛋白质的溴域和末端外域(BET)家族，尤其是BRD4，在表观遗传调控中起重要作用，是细胞生存的基础，也是很有前途的抗癌靶点。本研究旨在分析BRD4对胰腺癌细胞生长和进展的影响及其新的作用机制。研究发现,BRD4在胰腺癌中过表达。生物学结果表明，BRD4在体内外具有促进肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭的作用。进一步，通过RNA测序，作者选择了caveolin-2作为BRD4的下游基因。caveolin-2过表达可部分逆转BRD4敲除引起的细胞生长能力下降，但不影响细胞迁移和侵袭。染色质免疫沉淀实验和双荧光素酶报告基因实验表明，BRD4可与caveolin-2启动子区结合，上调caveolin-2的表达。临床资料进一步表明BRD4与caveolin-2表达呈正相关。BRD4(高)/caveolin-2(高)与胰腺癌患者总生存期较短相关。多因素分析显示BRD4和caveolin-2均为独立因素。最终,作者揭示了BRD4在胰腺癌中的致癌作用，并阐明了BRD4和caveolin-2增强细胞生长的可能机制。通过开发BET抑制剂靶向BRD4-caveolin-2相互作用将是胰腺癌的一种治疗策略。

Aurora B激酶通过直接磷酸化来稳定MYC促进T细胞白血病的发生

Direct Phosphorylation and Stabilization of MYC by Aurora B Kinase Promote T-cell Leukemogenesis

发表期刊

Cancer Cell

影响因子

IF=23.92 

中科院杂志分区 1区

通讯作者所在单位

武汉大学医学研究院

伯豪生物提供的产品或服务

RNA测序

摘要:

MYC的异常调控在急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)中起着关键作用，但其异常调控的机制尚不清楚。本文研究人员确定了Aurora B蛋白激酶(AURKB)和MYC相互激活的分子机制。AURKB直接磷酸化MYC第67位丝氨酸，抑制Gsk3β诱导的第58位苏氨酸磷酸化和随后FBXW7介导的蛋白酶体降解，而稳定的MYC与急性T淋巴细胞白血病1(TAL1)结合，直接激活AURKB转录，从而构成一个正反馈调控环路，增强MYC的致癌作用。AURKB抑制剂可显著诱导MYC降解并伴随白血病细胞的强烈死亡。该研究揭示了引起T细胞白血病发生的AURKB-MYC调控环路，并为通过抑制AURKB来靶向治疗致癌MYC提供了理论基础。

Oplr16通过多能特异性染色体环和TET2介导的DNA去甲基化来调控干细胞的命运

Oplr16 Serves as a Novel Chromatin Factor to Control Stem Cell Fate by Modulating Pluripotency-Specific Chromosomal Looping and TET2-mediated DNA Demethylation

发表期刊  

Nucleic Acids Research

影响因子

IF=11.15    

中科院杂志分区 1区

通讯作者所在单位

吉林大学第一医院

伯豪生物提供的产品或服务

RNA测序

摘要:

多能特异性染色质网络的形成是体细胞重编程为多能性状态的关键。研究人员利用“染色质RNA原位逆转录测序”(CRIST-SEQ)分析了与多潜能主控基因Oct4相互作用的RNA成分，研究发现了核lncRNA Oplr16与重编程的启动密切相关。Oplr16不仅与Oct4的启动子相互作用调节其活性，还在重编程为多能性的过程中被特异性激活，激活表达的Oplr16是胚胎干细胞维持最佳多能性所必需的，Oplr16还能促进成纤维细胞重编程为多能细胞。RNA逆转录相关的TRAP测序(RAT-SEQ)结果表明，Oplr16与多个与干细胞自我更新相关的靶基因相互作用。Oplr16利用其3’端片段招募染色质因子SMC1来协调形成多能特异性染色体内环。在与Oct4启动子结合后，Oplr16招募TET2诱导成纤维细胞DNA去甲基化并激活Oct4，增强重编程。这些研究数据表明Oplr16作为一个关键的染色质因子可能通过调节染色质结构和DNA去甲基化来调控干细胞的命运。

多基因的剂量效应是强直性肌营养不良1型多系统紊乱的原因

Dosage Effect of Multiple Genes Accounts for Multisystem Disorder of Myotonic Dystrophy Type 1

发表期刊  

Cell Research

 影响因子

IF=17.85 

中科院杂志分区 1区

通讯作者所在单位

中国科学院

上海生命科学研究院 

伯豪生物提供的产品或服务

生信分析

摘要:

强直性肌营养不良1型(DM1)的多系统表现可能是由于DMPK中CTG重复序列的异常扩增导致多个基因包括DMPK及其邻近基因(SIX5或DMWD)和MBNL1下游基因剂量减少所致。然而，这缺乏直接证据。本文研究人员通过将带有突变的DMPK、Six5和MBNL1的单倍体胚胎干细胞注射到小鼠卵母细胞中，建立携带多基因杂合突变的小鼠模型来模拟剂量的减少。这种三重杂合子突变小鼠表现出成年患者发病的DM1表型。随着Dmwd的附加突变，四重杂合突变小鼠表现出了很多先天性DM1的主要表型。此外，两个模型中的肌肉干细胞都表现出干性降低，为筛选治疗DM1的小分子提供了一个独特的模型。本文研究结果提示DM1的复杂症状是多基因剂量减少的结果。

TfR1与铁蛋白抗原纳米载体绑定实现了临床上胃癌预后诊断并增强治疗的功效

TfR1bindingwithHferritin nanocarrier achieves prognostic diagnosis and enhances the therapeutic efficacy in clinical gastric cancer

发表期刊  

Cell Death Dis

 影响因子

IF=5.95 

中科院杂志分区 2区

通讯作者所在单位

北京大学肿瘤医院和研究所

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RNA 测序

摘要:

h -铁蛋白(HFn)纳米载体是一种很有前途的肿瘤诊断和治疗的平台，可以通过结合转铁蛋白受体1特异性靶向肿瘤细胞。受此启发，我们探索了TfR1在GC的治疗功能。在178例GC组织中使用magneto-HFn nanoparticle-based免疫组织化学方法评估了TfR1的临床显著性意义。HFn-Dox的治疗效果在TfR1 表达阳性的 GC-PDX模型中进行评估。通过体外和体内试验研究了TfR1的生物功能。TfR1在73.03%GC组织中表达上调并与病人的预后负相关。TfR1阴性细胞展示出增强肿瘤形成和迁移/入侵,而TfR1-positive细胞表现出显著的增殖能力。TfR1敲除的 GC细胞也展示出增强细胞入侵的能力。TfR1缺陷的细胞上调PD-L1, CXCL9,与IFN-γCXCL10实现免疫逃逸。免疫印迹结果表明TfR1敲除的 GC细胞上调Akt和STAT3信号。此外,在TfR1阳性 GC-PDX模型,HFn-Dox组显著地抑制肿瘤的生长,并增加老鼠生存。TfR1可能是GC一个潜在的预后和治疗性生物标志物: (i) TfR1与病人的预后负相关,其阴性细胞拥有肿瘤侵袭功能;(2)TfR1阳性细胞可以被HFn 纳米载体药物杀死。鉴于GC的异质性,HFn药物纳米载体结合其他疗法提供了TfR1阴性细胞细胞(如小分子或免疫疗法)治疗的新的选项。

LncRNA NRAV 通过靶向miR-509-3p/Rab5c轴调节囊泡运输并促进RSV病毒的复制

LncRNA NRAV promotes respiratory syncytial virus (RSV) replication by regulating vesicle transportation via targeting miR-509-3p/Rab5c axis

发表期刊

J Virol

影响因子

IF=4.32  

中科院分区 医学2区

通讯作者所在单位：

河北医科大学

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RNA- Seq

摘要：

呼吸道合胞病毒（RSV）是一种包膜RNA 病毒，约80％的儿童下呼吸道感染是收到该病毒的感染。已有证据表明长非编码RNA（lncRNA）在许多病毒感染性疾病中发挥了作用。然而，尚不清楚lncRNA在RSV感染中的总体生物学效应和临床作用。在这项研究中，与呼吸道 病毒感染有关的lncRNAs 是从lncRNA数据库中获得的。研究人员收集了144个临床痰标本，以鉴定与RSV相关的lncRNA。感染、定量PCR检测表明，表达lncRNA NRAV在RSV阳性患者比未感染的人是显著降低，但lncRNA PRINS、NEAT1、NEST体内和体外没有差别，同时，抗病毒反应负调节剂（NRAV）的过表达促进RSV在A549和BEAS-2B细胞中的增殖，反之亦然，这表明NRAV的下调是宿主抗病毒防御的一部分。RNA FISH证实NRAV主要位于细胞质中。通过RNA测序发现Rab5c作为一种囊泡转运蛋白，其变化趋势与NRAV相同。随后的研究表明，NRAV通过吸附miR-509-3p间接促进RSV产生，从而释放Rab5c并促进囊泡运输。该研究为通过非编码RNA进行的病毒-宿主相互作用提供了新的见解，这可能有助于探索呼吸道病毒的潜在抗病毒靶标。

极度活跃的PI3Kδ通过有氧糖酵解激活幼稚T细胞

Hyperactive PI3Kδ predisposes naive T cells to activation via aerobic glycolysis programs.

发表期刊

Cell Mol Immunol

影响因子

IF=8.21

医学 1区

通讯作者所在单位：

重庆医科大学附属

儿童医院风湿免疫科

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RNA- Seq

摘要：

活化型磷酸肌醇3激酶δ综合征（APDS）是一种由PIK3CD基因的致病性功能获得（GOF）突变引起的常染色体显性遗传性联合免疫缺陷病。APDS患者T细胞稳态异常。然而，PIK3CD GOF参与这一特征的机制仍不清楚。在这里，我们通过来自中国多个地区的PIK3CD GOF突变儿童的队列和一个相应的CRISPR/Cas9基因编辑的小鼠模型，报道了高活性PI3Kδ通过内在地促进TNaive细胞的生长、增殖和活化，破坏了TNaive细胞在外周的稳态。结果表明，PIK3CD-GOF可导致幼稚T细胞静止相关基因表达谱丢失，促进幼稚T细胞过度生长、过度增殖并获得激活的功能状态。原始PIK3CD-GOF细胞在静息或激活状态下表现出糖酵解能力增强和线粒体呼吸减少。阻断糖酵解可消除脾脏T细胞池异常，逆转PIK3CD-GOF在体内外诱导的过度活化表型。这些结果提示PIK3CD-GOF诱导的幼稚T细胞过度活化需要增强的有氧糖酵解，为靶向糖酵解治疗APDS及其他免疫疾病提供了一种潜在的治疗途径。

表达谱芯片产品线

肝脏通过细胞外囊泡对脂质超载做出反应，从而控制脂肪重构

Liver governs adipose remodelling via extracellular vesicles in response to lipid overload

发表期刊

Nature 

Communications

影响因子

IF=11.88 

中科院杂志分区：1区

通讯作者所在单位

南京大学医学院，

南京医科大学

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ceRNA芯片

摘要:

脂质超载导致脂质在肝脏、脂肪、肌肉等代谢器官间重新分布;因此，肝脏与其他器官之间的相互作用对维持脂质内环境稳定非常重要。在这里，作者发现肝脏首先对脂质超载做出反应，并以脂肪细胞为目标发送肝源性胞外囊泡(EVs)来调节脂肪生成和脂肪生成。肝脏中Geranylgeranyl二磷酸合酶(Ggpps)的表达因脂质超载而增强，并通过Rab27A geranylgerany调节EV的分泌。一致地，肝脏特异性Ggpps缺陷小鼠减少了脂肪沉积。非酒精性脂肪肝(NAFLD)患者血浆中几种EVs来源的miRNAs的水平与体重指数(BMI)呈正相关，这些miRNAs增强了脂肪细胞的脂质积累。因此，作者强调了肝脏感知不同代谢状态并发出相应信号的器官间机制，以重塑脂肪组织，以适应脂肪超载引起的代谢变化。

MiR-30c-5p通过抑制氧化应激诱导细胞损伤介导三七总皂甙对心肌缺血再灌注损伤的影响

MiR-30c-5p mediates the effects of panax notoginseng saponins in myocardial ischemia reperfusion injury by inhibiting oxidative stress-induced cell damage

发表期刊

BIOMEDICINE &

 PHARMACOTHERAPY

影响因子

IF=3.74    

中科院杂志分区 2区

通讯作者所在单位

浙江大学药物科学学院

药物信息学研究所

浙江中医药大学基础医学院

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Agilent Rat miRNA 

(8*15 K) V16.0

摘要:

心肌缺血再灌注（MI/R）损伤是世界范围内严重威胁人类健康的病理过程。近年来，microRNAs（miRNAs）在MI/R损伤发病机制中的作用越来越受到重视。在此，作者对心肌缺血再灌注损伤大鼠的心脏进行了miRNA分析，并鉴定出46个miRNA在心肌缺血再灌注损伤组和对照组之间的差异表达。作者特别关注其中一个变化最显著的miRNA miR-30c-5p，证明了它在tBHP处理的H9c2细胞中对心肌细胞损伤的保护作用。miR-30c-5p的过表达增加了tBHP刺激后心肌细胞的存活率，降低了LDH的释放，减少了心肌细胞的凋亡，同时下调了p53的表达。值得注意的是，三七总皂甙（PNS）治疗人MI/R损伤后，miR-30c-5p水平明显升高，具有显著的临床疗效。此外，miR-30c-5p抑制剂足以阻断PNS及其活性成分人参皂苷Re对tBHP诱导的心肌细胞损伤的保护作用。PNS处理的细胞中p53蛋白的表达也降低。综上所述，研究者们确定了心肌梗死/再灌注损伤的新miRNA，揭示了MI R-30c-5p在心肌梗死/再灌注后心肌细胞损伤和凋亡中的关键作用，并阐明了miR-30c-5p依赖于PNS的治疗机制。今后的研究有必要探讨MI R-30c-5p和其他多种miRNA在MI/R损伤的发病机制和治疗中的内源性意义。

长链非编码RNA MRPL23-AS1促进腺样囊性癌肺转移

LongnoncodingRNAMRPL23AS1 Promotes Adenoid Cystic Carcinoma Lung Metastasis

发表期刊  

Cancer Res. 

影响因子

IF=8.37 

中科院分区 1区

通讯作者所在单位

北京大学附属

口腔医院中心实验室

伯豪生物提供的产品或服务

Agilent Human 

lncRNA 4x180K

摘要:

肺转移是影响腺样囊性癌患者长期生存的一个主要因素。在这里,我们表明, 唾腺样囊性癌(SACC)患者长链非编码RNA (lncRNA) MRPL23反义RNA 1 (MRPL23-AS1)高度表达与肺转移和整体生存相关。MRPL23-AS1与EZH2形成一个RNA蛋白复合体正向调控epithelial-mesenchymal转变。MRPL23-AS1在 E-cadherin启动子区域提高了EZH2和H3K27me3的绑定。此外, SACC患者的血浆中分离的外泌体中MRPL23-AS1水平升高。MRPL23-AS1富集的外泌体提高了微血管通透性,促进体内SACC的转移。总的来说,这些发现展示了SACC肺转移的分子机制。MRPL23-AS1可能作为临床干预来控制这种棘手的疾病的生物标志物和靶点。

蛋白&代谢产品线

ITRAQ-based quantitative proteomics reveals the first proteome profiles of piglets infected with porcine circovirus type 3

发表期刊  

J Proteomics

影响因子

IF=3.54 

中科院分区 2区

通讯作者所在单位

北京市农林科学院

畜牧兽医研究所  

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iTRQA-label 

LC-MS/MS

摘要:

猪环状病毒3型（PCV3）感染导致猪皮炎和肾病综合征、繁殖失败、以及仔猪和母猪的多系统炎症损伤。为了更好地了解宿主对PCV3感染的反应，我们采用相对和绝对定量（iTRAQ）等压标记结合LC-MS/MS技术，对PCV3感染4周后无病原仔猪肺内差异调节的细胞蛋白进行了定量测定。在PCV3感染组与对照组中，三次独立质谱共检测到3429个蛋白，其中242个差异性细胞蛋白被显著调控，PCV3感染组比对照组上调100个蛋白，下调142个蛋白。生物信息学分析表明，这些高丰度或低丰度蛋白质主要涉及代谢过程、先天免疫应答、MHC-I和MHC-II组分以及吞噬体途径。通过实时RT-PCR技术筛选出10个编码差异调节蛋白的基因。免疫印迹和免疫组化进一步证实了6种代表性蛋白OAS1、Mx1、ISG15、IFIT3、SOD2和HSP60的表达水平。本研究首次尝试利用iTRAQ技术研究PCV3感染仔猪的蛋白质谱，为更好地了解猪PCV3感染宿主反应的机制提供了有价值的信息。意义：我们的研究鉴定了与PCV3感染仔猪肺部多种潜在信号通路相关的差异丰富的蛋白质。这些发现为更好地了解宿主对PCV3感染的反应机制提供了有价值的信息。

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