文献集锦|5月单细胞测序高分文献汇总
文章展示
【标题】宿主病毒感染图谱显示出COVID-19严重患者的特征
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-05-08
【摘要】正如当前的COVID-19大流行所展示的那样，病毒会对全球健康造成严重威胁。目前，缺乏有关人类宿主如何与病毒（包括SARS-CoV-2病毒）相互作用的数据，限制了有效的治疗干预。研究者介绍了Viral-Track的计算方法，它可以全局扫描单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据以确定病毒RNA的存在，从而实现受感染细胞与周围细胞的分类。作者展示了Viral-Track的敏感性和特异性，以无监督的方式系统地从多种感染模型（包括乙型肝炎病毒）中检测病毒。将Viral-Track应用于重度和轻度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本，发现与轻度患者相比，病毒对重度患者免疫系统的影响显著。Viral-Track检测到一种人偏肺病毒的联合感染，主要存在于受I型干扰素（IFN）信号干扰的单核细胞中。Viral-Track为剖析病毒感染和病理机制提供了强有力的技术。
【标题】恢复期患者B细胞单细胞测序鉴定出SARS-CoV-2中和抗体
【期刊】Cell（IF=36.2）
【平台】10X
【时间】2020.05.18
【摘要】COVID-19大流行急需治疗和预防措施。本文报道了用高通量单细胞RNA和VDJ测序法快速鉴定60例SARS-CoV-2中和抗体的方法。从8558个抗原结合IgG1+克隆型中，鉴定出14种有效的中和抗体，其中最有效的一种BD-368-2对假型和真型SARS-CoV-2的IC50分别为1.2和15ng/mL。BD-368-2对SARS-CoV-2感染的hACE2转基因小鼠也有很强的治疗和预防作用。还发现抗体的抗原决定基与ACE2结合位点重叠。作者还证明，根据预测的CDR3H结构与SARS-CoV中和抗体的相似性，可以直接选择SARS-CoV-2中和抗体。综上所述，通过高通量的单B细胞测序，可以有效地发现人类中和抗体，以应对大流行性传染病。
【标题】在组织中的特定细胞亚群中检测到SARS-CoV-2受体ACE2
【平台】10X
【期刊】Cell (IF=36.2)
【时间】2020.05.28
【摘要】SARS-CoV-2是导致COVID-19发病的重要病毒，了解其发病机制已迫在眉睫。SARS-CoV-2刺突蛋白结合血管紧张素转换酶2（ACE2），与宿主蛋白酶（主要是跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2））协同促进细胞进入。SARS-CoV-2在宿主组织中靶向的细胞亚群和调控ACE2表达的因子尚不清楚。作者利用健康和疾病的人、非人类灵长类和小鼠单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，在组织常驻细胞亚群中发现SARS-CoV-2的假定靶点。作者鉴定了肺II型肺细胞、回肠吸收性肠细胞和鼻杯状分泌细胞中ACE2和TMPRSS2共表达细胞。值得注意的是，作者发现ACE2是一个体外使用气道上皮细胞的人干扰素刺激基因（ISG），并将作者的发现扩展到体内病毒感染。数据表明，SARS-CoV-2可以利用物种特异性干扰素驱动的ACE2上调（肺损伤期间的组织保护介质）来增强感染。
【标题】人脑癌单细胞图谱显示侵袭组织白细胞的肿瘤特异性指示
【期刊】Cell (IF=36.2)
【时间】2020-05-22
【摘要】脑恶性肿瘤可以起源于中枢神经系统(胶质瘤)，也可以从身体的其他部位侵入(转移瘤)。高度免疫抑制肿瘤微环境(TME)影响脑肿瘤的生长。目前尚不清楚TME主要是由中枢神经系统微环境或恶性肿瘤本身形成的，同样不清楚的还有中枢神经系统肿瘤相关巨噬细胞(CNS tumor-associated, TAMs)的多样性、起源和功能。本文中，研究人员使用高维单细胞分析(CyTOF)绘制了脑肿瘤的白细胞图谱。仅TME内组织驻留细胞和入侵免疫细胞的不均匀组成，就清楚地区分了胶质瘤和脑转移瘤(BrM)。胶质瘤TME主要表现为组织驻留的反应性小胶质细胞，而组织浸润性白细胞在BrM中积累。组织侵袭TAMs表现出独特的特征轨迹，揭示了肿瘤驱动的指令以及对比鲜明的淋巴细胞激活和衰竭。明确脑肿瘤的特异性免疫特征，有利于合理设计靶向免疫治疗策略。
【标题】人类骨骼肌图谱确定了干细胞、祖细胞及人类多能干细胞的轨迹
【平台】Drop-seq
【期刊】Cell Stem Cell (IF=21.5)
【时间】2020.05.10
【摘要】人类骨骼肌发生的发展轨迹以及祖细胞和干细胞状态之间的转换尚不清楚。作者使用单细胞RNA测序来构建人胚胎、胎儿和产后阶段骨骼肌组织的图谱。在silico中，作者确定了肌源性和其他细胞类型，并构建了人类骨骼肌个体发育的“路线图”。以类似的方式，作者还分析了人类多能干细胞（hPSC），并将hPSC衍生的肌源性祖细胞映射到胚胎到胎儿的过渡期。作者发现共同调节的基因网络和转录因子存在于不同的肌生成阶段。这项工作为提高对人类肌肉生成的认识提供了资源。这也为进一步了解hPSC来源的肌源性祖细胞在骨骼肌再生医学中的转化应用提供了工具。
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