技术贴|甲基化捕获测序和850K芯片参数大PK

简介

SureSelectXT甲基化靶向序列捕获平台(Methyl-Seq)是安捷伦公司推出的首个全面的甲基化发现系统。该平台为甲基化基因组区域研究提供了具有单碱基分辨率，同时高效可靠的检测方法。现有目录化产品包括人、小鼠和大鼠甲基化测序设计。该产品相比常见的甲基化检测平台具有独到的优势：

• 通过检测单独的 CpG 可独具特色地提供比甲基化芯片更多的信息

• 相比全基因组重亚硫酸盐测序，可提高通量并降低成本

• 可发现限制性内切酶及免疫沉淀所不能检测的甲基化区域

优势

• 84 Mb 设计覆盖 370 万 CpG位点

• 不依赖于甲基化状态的探针

• 高灵敏度，分辨率可达到单个碱基

• 提高通量并降低成本

• 与现有甲基化方法相比，可降低偏差 (bias)

捕获测序数据与甲基化芯片的比较分析

表1捕获测序探针设计区域与850K芯片理论探针交集

表2 甲基化捕获测序与850K芯片的全方面比较

图1 测序数据量与捕获区域检测CpG位点饱和曲线

图2 测序10×覆盖，15G数据量下与850K重叠位点统计

图3 测序10×覆盖，15G数据量下与850K重叠位点的相关性分析

通过对比，发现甲基化捕获测序对于特定基因的覆盖位点数上明显优于甲基化芯片。

图4  MTOR、EGRF、TP53基因在两种甲基化研究技术下的甲基化水平分析。红色为850K数据，蓝色为捕获测序数据。

报告大升级

新增结果展示

图5 显著差异的高低甲基化位点在不同功能区域的富集图

图6 冲击图

图7  火山图

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