手把手教学│转录组学&代谢组学的联合分析网络图

Original 伯豪生物伯豪生物 2022-08-30

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本期小编将告诉各位老师怎样在CytoScape将转录组学和代谢组学的数据做联合分析，得到下面这样炫酷的网络图。话不多说，直接往下看吧。

在安装好的CytoScape上下载MetScape

打开cytoscape，在菜单栏选择Apps-> MetScape，选择MetScape点击Install进行安装

在菜单栏选择Apps-> MetScape-> Build Network ->Pathway-based

在弹出的对话框中点击Select后再次弹出如下对话框，选择物种（三个物种可选human, rat, mouse），导入整理好的数据，点击OK

数据格式要求：

转录组差异基因表

代谢组差异数据表

如果代谢物匹配到数据库，如有多个匹配，可以选择最合适的，如果没有匹配到则显示Not Found，匹配结果可以保存，下次使用时会自动默认之前的选择，点击OK

如果基因或者代谢物没有匹配到数据库，会弹出如下窗口

成功后导入数据后界面如下，Network Type选项中选择一个type

点击Build Network即可得到如下图片

Compound-Reaction-Enzyme-Gene network

Compound-Reaction network

Compound-Gene network

Compound network

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