文献集锦│9月DNA甲基化研究新鲜速递

文章展示

     转眼9月已经过去，小编在这里为大家精心上收集了以DNA甲基化研究为主题的最新研究成果，截止现在，9月以DNA methylation为关键词检索到的文献一共有603篇，小编在这里为大家精心挑选了以下6篇作为重点分享，主要通过850K和WGBS研究二型糖尿病、神经胶质瘤、神经节旁瘤、亨廷顿舞蹈症、上皮星形细胞瘤、吸烟对机体DNA甲基化修饰的影响等。最后在文末附表中列出更多DNA甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取9月最新的DNA甲基化研究成果和动态，平均IF＞10。

 AUT  UMN 

标题：Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-naïve patients with type 2 diabetes 

未接受过药物治疗的2型糖尿病患者中与二甲双胍反应和不耐受相关的表观遗传标记

时间：2020/9/16

单位：瑞典斯坎尼亚大学

期刊：Sci Transl Med  16.304 

平台：850K

摘要：

二甲双胍是用于治疗2型糖尿病（T2D）的一种药物疗法。但是，许多T2D患者对二甲双胍的反应或耐受性都不佳。当前，没有能够成功预测对二甲双胍的血糖反应或耐受性的表型。作者通过分析未确诊的T2D患者在诊断时的全基因组DNA甲基化，探索基于血液的表观遗传标记是否可以区分二甲双胍反应和耐受性。在测试人群中，血糖反应者/无反应者和二甲双胍耐受/不耐受的患者分别有11和4个位点的DNA甲基化不同。这些位点的甲基化程度较高，对二甲双胍无反应或不耐受的风险较高，且甲基化程度的比值比在1.43至3.09之间。血糖反应者和无反应者的11个已鉴定位点的甲基化风险评分（MRS）有所不同，曲线下面积（AUC）为0.80至0.98。二甲双胍不耐受相关的4个位点的MRS产生的AUC为0.85至0.93。这些基于血液的甲基化标记中反映了部分脂肪组织（糖尿病发病机理中的关键组织）的表观遗传模式，并且这些甲基化标记被注释为具有改变二甲双胍相关表型的肝细胞生物学功能的基因。总体而言，作者通过在未经药物治疗的T2D患者中检测血源性表观遗传标记，从而在诊断时区分血糖反应者/非反应者和受试者对二甲双胍耐受/不耐受。可以进一步开发这种基于表观遗传学的工具，以帮助患有T2D的患者接受最佳治疗。

 AUT  UMN 

标题：Germline-driven replication repair-deficient high-grade gliomas exhibit unique hypomethylation patterns

生殖细胞驱动的复制修复缺陷型高级神经胶质瘤表现出独特的低甲基化模式

时间：2020/9/8

单位：基督城医院

期刊：Acta Neuropathol  14.254 

平台：450K芯片、850K芯片

摘要： 

尽管高级神经胶质瘤（HGG）呈现出与致癌突变相对应的DNA甲基化的特定模式，但在复制修复缺陷型肿瘤中尚未对此进行深入研究。作者利用450 k或850 k分析了复制修复缺陷（RRD）背景下的51个HGG，并将这些与HRG进行比较。在神经胶质瘤基因（如IDH1和H3F3A）中具有次级突变的RRD HGG显示出与这些甲基化亚型相对应的甲基化模式。对两个比较集HGG队列的独立分析显示，其他RRD /超突变肿瘤聚集在这些亚组中，这些结果表明未诊断的RRD可能正在此位置驱动某些HGG聚集。与其他癌症中描述的CpG岛甲基化表型相反，RRD HGG显示出独特的CpG岛甲基化表型。次级甲基化富集结果位于基因启动子区域，在对细胞存活至关重要的基因和途径（包括细胞周期，基因表达，细胞代谢和组织）中具有显着的去甲基化作用。这些数据表明，甲基化阵列可为RRD HGG的检测提供诊断信息。

 AUT  UMN 

标题：The immunohistochemical, DNA methylation, and chromosomal copy number profile of cauda equina paraganglioma is distinct from extra-spinal paraganglioma

神经节旁瘤的免疫组织化学，DNA甲基化和染色体拷贝数特征与脊柱外神经节瘤不同

时间：2020/9/6

单位：加利福尼亚大学旧金山分校

期刊：Acta Neuropathol  14.254 

平台：850K芯片

摘要：

神经节旁瘤是自主神经系统的神经内分泌肿瘤，其临床功能各不相同，并且具有转移的潜力。遗传综合征的发生率高达40％，最常见的原因是琥珀酸脱氢酶（SDHx）基因的种系突变。在免疫组织化学上，副神经节瘤的特征是GATA3阳性和细胞角蛋白阴性，在大多数遗传病例中SDHB表达丧失。相比之下，马尾区（CEP）或FI末端区域中罕见的神经节旁瘤已被证明是激素沉默的，临床上具有惰性，且具有可变的角蛋白表达，表明这些肿瘤可能代表了单独的病理实体。作者对11位男性和6位女性患者的17个CEP进行了回顾性评估，中位年龄为38岁（范围21-82），没有神经内分泌瘤的家族史。17种肿瘤中有6种表现出明显的神经节细胞或神经节神经瘤分化。通过免疫组织化学，没有一个CEPs显示出GATA3阳性或SDHB染色消失。所有17个CEP均为细胞角蛋白阳性。对12个肿瘤进行了全基因组DNA甲基化分析，并与可公开获得的全基因组DNA甲基化数据进行了比较。聚类分析表明，CEPs形成了一个独特的表观遗传组，与脊柱外部位的神经节旁瘤，嗜铬细胞瘤和其他神经内分泌肿瘤分开。拷贝数分析显示绝大多数CEP中存在二倍体基因组，而椎旁神经节瘤大多为非整倍体。这些发现表明，CEP可能代表一个独特的实体，但需要进一步的基因组研究来进一步阐明这些肿瘤的分子发病机理。

 AUT  UMN 

标题：DNA methylation study of Huntington's disease and motor progression in patients and in animal models

患者和动物模型中亨廷顿舞蹈病和运动进展的DNA甲基化研究

时间：2020/9/10 

单位：加利福尼亚大学洛杉矶分校

期刊：Nat Commun  12.121

平台：850K芯片、RRBS

摘要：

虽然亨廷顿舞蹈病（HD）在孟德尔遗传病中已经研究的很深入，但其相关的表观遗传学的改变还不清楚。这篇文章中，作者研究了来自小鼠亨廷顿（ Htt ）基因敲入模型、转基因HTT绵羊模型和人，这3个物种中6个不同组织中的DNA甲基化水平。作者对人类血液的表观基因组范围的关联研究（EWAS）显示，HD突变状态与33个CpG位点显着相关（p <10 ^-7），其中包括HTT基因（p = 6.5×10 ^-26）。在Q175 Htt 敲入小鼠模型中 Htt / HTT 关联性为p = 6.0×10^-8，转基因绵羊模型中关联性为p = 2.4×10 ^-88。作者基于多种临床数据提供了一种在多个显现HD病例中评价HD不同阶段的方法。在显现HD的病例中，EWAS结果显示HD病例与邻近PEX14（p = 9.3×10 ^-9），GRIK4（p = 3.0×10 ^-8）和COX4I2（p = 6.5×10 ^-8）三个位点的甲基化水平表现出显着的关联（p <10 ^-7）。这些结果表明，在三种哺乳动物中都存在HD能够显著改变DNA甲基化水平。

 AUT  UMN 

标题：A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes

全血EWAS的细胞类型反褶积荟萃分析揭示了谱系特异性吸烟相关的DNA甲基化变化

时间：2020/9/22 

单位：中国科学院上海营养与健康研究所

期刊：Nat Commun  12.121

平台：850K、GEO数据库

摘要：

许多表观基因组广泛关联研究（EWAS）报道了全血中与吸烟相关的DNA甲基化高度可复制。这些表观遗传学改变可能对理解和预测吸烟相关疾病的风险具有重要意义。为此，重要的是确定这些DNA甲基化变化是否在所有血细胞亚型中发生或它们是否是细胞类型特异性的。在这里，作者应用细胞类型反卷积算法来识别七个大型EWAS中的细胞类型特异性DNA甲基化信号。作者发现，大多数高度可复制的与吸烟相关的低甲基化信号在髓系中更为突出。荟萃分析进一步确定了与髓样特异性吸烟相关的甲基化特征，该特征在急性髓样白血病中富含DNase敏感位点。

 AUT  UMN 

标题：Pilocytic astrocytoma demethylation and transcriptional landscapes link bZIP transcription factors to immune response

毛细胞星形细胞瘤脱甲基和转录环境将bZIP转录因子与免疫反应联系起来

时间：2020/9/29

单位：德国海德堡癌症研究中心

期刊：Neuro Oncol  10.247 

平台：WGBS

摘要：

上皮星形细胞瘤（PA）是最常见的小儿脑肿瘤。尽管对基因组和转录组的情况进行了充分的研究，但缺乏完整的甲基化组，肿瘤细胞组成和免疫浸润的数据。作者检测了9个PA和16个对照样品的全基因组亚硫酸氢盐序列（WGBS）数据，并整合了154个PA和57个对照甲基化阵列数据。使用49个PA和11个对照样品的RNA序列数据以及248个PA和28个对照的基因表达阵列来评估转录活性。部分甲基化结构域的DNA甲基化模式表明，在肿瘤发生过程中，甲基化组具有很高的稳定性。使用甲基化芯片数据比较了肿瘤和下，上鞘膜上位置的对照组织，发现了位点特异性的模式。WGBS数据的分析显示，与对照组织相比，PA中有9381个显着差异的甲基化区域（DMR）。发现五个不同的TF家族的增强子和转录因子（TF）家族富含DMR。甲基化以及基于基因表达数据的计算机组织反卷积分析表明PA中免疫细胞浸润具有显着变化。TF网络分析表明， bZIP转录因子与参与免疫相关过程的基因之间存在调节关系。作者为局部甲基化差异和差异基因表达与免疫浸润之间的联系提供了证据。

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