文献锦集| 10月单细胞测序高分文献汇总

Original 伯豪生物伯豪生物 2022-08-30

收录于合集 #单细胞组学 86个

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十月份单细胞测序相关文献共收集到48篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中5篇。

文章展示

【标题】肠道类器官再生的表型特征

【平台】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【时间】2020-10-07

【摘要】体外单个成年肠道干细胞的肠道类器官的发展总结了肠道上皮的再生能力。本文中研究者使用基于图像的筛选来分析已知的化合物文库从而揭示了协调类器官形成和肠道组织再生的机制。他们对成千上万的类器官多元特征轮廓进行描述，以定量描述它们的表型。然后，利用这些表型指纹图来推断调节性遗传相互作用，从而建立了一种新的方法来映射应急系统中的遗传相互作用。这使研究者能够鉴定出调节细胞命运转变并维持再生和体内平衡的基因，从而揭示了先前未知的几种途径的作用，其中包括视黄酸信号传导。然后，研究者表征了视黄酸核受体在调控再生状态终止和诱导肠上皮细胞分化中的关键作用。通过将定量成像与RNA测序相结合，研究者揭示了内源性视黄酸代谢在调控肠上皮细胞命运转变的转录程序中的作用，并确定了类视黄醇X受体的抑制剂可改善体内肠的再生。

【标题】单核RNA测序(snRNA-seq)揭示了一个调节产热的脂肪细胞亚群

【平台】10X，smart-seq2

【期刊】Nature（IF=43.1）

【时间】2020-10-28

【摘要】脂肪组织通常根据其功能分为白色，棕色或米色(棕褐色)。它是全身代谢的重要调节剂，肥胖中的脂肪组织功能异常会导致各种继发性代谢并发症。此外，脂肪组织还可以作为信号枢纽，通过旁分泌和内分泌信号调节全身代谢。本文中，研究者在小鼠和人中使用单核RNA测序(snRNA-seq)分析来表征脂肪细胞异质性。他们确定了小鼠的脂肪细胞的一个罕见的亚群，在较高的温度下会大量增加，并且显示该亚群通过乙酸盐介导的生热能力的调节来调节邻近的脂肪细胞的活性。人脂肪组织中该亚群的细胞数量更多，这可以解释与小鼠脂肪组织相比，人的致热活性较低，并表明靶向该途径可用于恢复致热活性。

【标题】谱系分析揭示内胚层对脊椎动物垂体发育的贡献

【平台】10X ，

【期刊】Science（IF=41）

【时间】2020-10-22

【摘要】脊椎动物的感觉器官来自称为placodes的上皮增厚。与神经嵴细胞一起，颅底placodes被认为是促使脊椎动物头部进化的外胚层新现象。最前面的placodes产生垂体的内分泌叶[腺垂体（ADH）]，它是控制生长，代谢和繁殖的主腺。除了已知的外胚层贡献，研究者在斑马鱼中使用谱系追踪和延时成像来确定内胚层对ADH的贡献。成年垂体的单细胞RNA测序显示内胚层和外胚层上皮具有相似的能力，可以产生所有内分泌细胞类型。此外，在几乎没有外胚层作用的情况下，内胚层可以产生基本的ADH样结构。鱼的情况支持脊椎动物的垂体通过祖先的内胚层原始垂体与新进化的扁平外胚层的相互作用而产生。

【标题】通过共享的单细胞RNA和染色质谱检测染色质潜力

【平台】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【时间】2020-10-24

【摘要】细胞分化和功能收到多层次的基因调控，包括通过染色质可及性的改变来调控基因表达。然而，分化是一个不同步的过程，从而对导致细胞命运方向的调控事件的理解变得困难。本文中，研究者建立了一种能够在单细胞中同时高通量的检测基因表达和染色质可及性的方法SHARE-seq，他适用于不同的组织。研究者使用小鼠皮肤的34774个节理剖面，开发了一种计算方法，用于鉴定顺式-调控相互作用，且将与超级增强子显着重叠的区域定义为调控染色质域(DORC)。从发育上看，DORC处的染色质可及性早于基因表达，这表明染色质可及性的变化可能会引发细胞发育方向。研究者通过计算推断出染色质的潜力，将其作为染色质lineage-priming的定量测量并用于预测细胞命运。SHARE-seq是一个可研究组织中不同细胞之间的调节回路的扩展性平台。

【标题】RNA时间戳识别测序中的RNA年龄

【平台】10X

【期刊】Nat Biotechnol（IF=31.86）

【时间】2020-10-19

【摘要】目前的单细胞RNA测序的方法只能提供有限的信息的动态基因表达。本文中，研究者提供了RNA时间戳，一种利用RNA编辑推断RNA seq数据中单个RNA年龄的方法。通过引入时间戳，研究者用一个报告motif对RNA进行标记，该报告motif由多个MS2结合位点组成，该结合位点招募集与MS2衣壳蛋白上的腺苷脱氨酶ADAR2。ADAR2与标记的RNA结合会导致A-to-I编辑随着时间积累，从而可以小时刻度精度推断出RNA的年龄。通过结合同一启动子驱动下多个带有时间戳RNA的观察，研究者可以确定启动子何时激活。他们证明该系统可以推断多个过去的转录事件的存在和时间。最后，研究者根据过去的转录活性的时间，将该方法用于单个细胞的聚类。RNA时间戳将允许将时间信息合并到RNA-seq工作流程中。