文献锦集|12月单细胞测序高分文献汇总

十二月份单细胞测序相关文献共收集到41篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中5篇。

文章展示

【标题】Fos神经网络的双向抑制可塑性

【平台】10X(snRNA-seq)

【期刊】Nature（IF=43.1）

【时间】2020-12-09

【摘要】行为经验激活了稀疏神经元群体中的Fos转录因子，这对编码和回忆特定事件是至关重要的。然而，人们对经验诱导脑电路重组以建立Fos激活的细胞网络的机制了解有限。在这个过程中，尚不知道是否需要FOS来充当最近神经活动的标记。研究者发现当小鼠参与新环境的空间探索时，表达小白蛋白的中间神经元对Fos激活的海马CA1区锥体神经元的抑制增强，而表达胆囊收缩素的中间神经元的抑制减弱。当FOS转录因子复合物的功能被破坏时，这种抑制的双向调节便消失。单细胞RNA测序、核糖体相关mRNA谱分析和染色质分析，结合电生理学，揭示了FOS激活Scg2的转录，Scg2是一种编码多种不同神经肽的基因，以协调这些抑制作用的变化。由于表达小白蛋白和胆囊收缩素的中间神经元介导了锥体细胞活动的不同特征，SCG2依赖的抑制性突触的识别可能会影响体内的网络功能。与这一预测一致的是，在缺乏Scg2的情况下，海马γ节律和锥体细胞与θ期的耦合显著改变。这些发现揭示了FOS和SCG2通过重新建立局部抑制以形成选择性调节状态在建立Fos激活神经元网络方面的决定作用。作用于不同抑制途径的相反可塑性机制可能支持随着时间推移而巩固记忆的理论。

【标题】小鼠胚胎干细胞自组织成具有神经管和体节的胚胎躯干样结构【平台】10X【期刊】Science（IF=41）【时间】2020-12-11【摘要】着床后胚胎发生是一个高度动态的过程，包括多个谱系决定和形态发生变化，这些变化对于体内深度分析是无法实现的。研究者发现，多能小鼠胚胎干细胞(mESCs)形成聚集体，当被植入细胞外基质化合物中时，会诱导形成由神经管和体节组成的高度组织化的“躯干样结构”(TLSS)。比较单细胞RNA测序分析证实，这一过程与小鼠发育高度相似，并遵循相同的逐步的基因调控程序。Tbx6基因敲除TLS产生了更多的神经管，这反映了胚胎突变体的表型，并且化学调节可能诱导过量的体节形成。因此，TLSS揭示了高级的的自组织性，并为研究培养皿中着床后的胚胎发生提供了一个强大的平台。

【标题】淋巴结由一组独特的具有免疫调节潜能的感觉神经元支配

【平台】Smart-Seq2

【期刊】Cell（IF=36.2）

【时间】2020-12-16

【摘要】伤害性感受器敲除改变了周围部位和引起淋巴结(LNS)内的局部免疫反应。伤害性感受器依赖性调节LN功能的机制和意义尚不清楚。研究者利用高分辨率成像、病毒追踪、单细胞转录学和光遗传学，鉴定并从功能上测试了对淋巴源性炎症信号有反应的感觉神经免疫回路。转录组分析表明，多个感觉神经元亚群，主要是肽能伤害性感受器，支配着淋巴结，与周围皮肤的感觉亚群不同。为了揭示可能与LN神经支配的感觉神经元相互作用的LN驻留细胞，研究者绘制了LN单细胞转录图谱，并命名了伤害性感受器目标群体和相互作用模式。LN神经支配的感觉纤维的光遗传刺激引发了预测的相互作用细胞类型的快速转录变化，特别是内皮细胞、基质细胞和天然白细胞。因此，一个独特的感觉神经元群体监测外周淋巴结，并可能局部调节基因表达。

【标题】解码人类巨核细胞发育

【平台】10X

【期刊】Cell Stem Cell（IF=21.6）

【时间】2020-12-18

【摘要】尽管人们对胚胎免疫发育的了解越来越多，但罕见的早期巨核细胞(MKs)的研究仍然相对较少。在这里，研究者使用来自胚胎卵黄囊(YS)和胎肝(FL)的人MKs的单细胞RNA测序来表征早期巨核细胞的转录组、细胞异质性和发育轨迹。在YS和FL中，研究者发现了不同的MK亚群，它们具有不同的发育路线和基因表达模式，可以反映早期的功能特化。有趣的是，他们在体内发现了CD42b+CD14+MKs亚群，该亚群显示出与免疫反应相关的基因的高表达，并且在体外也可以从人类胚胎干细胞(HESCs)中获得。此外，研究者发现THBS1是MK偏向的胚胎内皮细胞的早期标志物。总体而言，本研究为剖析早期人类巨核细胞生成的分子和细胞程序提供了重要的见解和宝贵的资源。

【标题】Slide-seqV2高灵敏度近单细胞分辨率的空间转录组学

【平台】Slide-seqV2 (空间转录组)

【期刊】Nature Biotechnology（IF=31.9）

【时间】2020-12-07

【摘要】检测分子在组织中的位置对于了解组织的形成和功能是必不可少的。此前，研究者开发了SLIDE-SEQ技术，这是一种能够以10μm的空间分辨率在转录组范围内检测RNA的技术。本文中研究者报告了SLIDE-SEQV2，它结合了文库生成、珠子合成和阵列索引方面的改进，RNA捕获效率达到单细胞RNA-SEQ数据的约50%(约为SLIDE-SEQ的10倍)，接近基于液滴的单细胞RNA-SEQ技术的检测效率。首先，研究者利用Slide-seqV2的检测效率来识别小鼠海马神经元中树突定位的mRNAs。其次，将Slide-seqV2数据的空间信息与单细胞轨迹分析工具相结合，以描述小鼠新皮层的时空发育，找出Slide-Seq采样不佳的潜在遗传程序。近细胞分辨率和高转录检测效率的结合使得Slide-seqV2在许多实验环境中都很有用。

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