文献锦集|1月单细胞测序高分文献汇总
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【标题】肠道许可干扰素γ+NK细胞驱动LAMP1+TRAIL+抗炎星形胶质细胞
【平台】InDrop
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2021-01-06
【摘要】星形胶质细胞是中枢神经系统(CNS)中含量丰富的胶质细胞，具有重要的内稳态和促进疾病功能。然而，对星形胶质细胞的稳态抗炎活性及其调控知之甚少。在本文中，利用高通量流式细胞仪筛选、单细胞RNA测序和基于CRISPR-Cas9的细胞特异性体内遗传扰动，作者在小鼠中鉴定了表达溶酶体蛋白LAMP和死亡受体配体TRAIL的星形胶质细胞的一个亚群。LAMP1+TRAIL+星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡，从而限制中枢神经系统的炎症反应。在内稳态条件下，星形胶质细胞杀伤细胞中干扰素-γ（IFNγ）的表达是由肠道微生物组调节的，干扰素-γ（IFNγ）驱动星形胶质细胞中TRAIL的表达。在炎症环境下，星形胶质细胞中TRAIL的表达受到T细胞和小胶质细胞产生的分子的抑制。综上所述，作者发现LAMP1+TRAIL+星形胶质细胞通过诱导T细胞凋亡来抑制中枢神经系统炎症，并且这个星形胶质细胞亚群是由微生物群许可的脑膜干扰素γ+NK细胞维持的。
【标题】单细胞分辨率下人类肠道发育的时空图谱
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2021-01-05
【摘要】人们对人类肠道的发育还知之甚少。在这里研究者整合了单细胞RNA测序和空间转录组学来表征随时间变化的肠道形态发生。研究者确定101个细胞状态，包括上皮和间充质祖细胞群以及与关键形态发生学相关的程序。研究者描述了隐窝-绒毛轴形成原理，神经，血管，间充质形态发生和发育中肠道的免疫种群。研究者确定了发展成纤维细胞和成肌纤维细胞亚型的分化层次，并描述这些功能的多样化，包括作为血管微环境细胞。研究者还揭示了Peyer斑和肠道相关淋巴组织（GALT）的起源，并描述了特定于位置的免疫程序。他们使用这一资源来呈现形态发生素梯度的无偏分析，该分析指导细胞分化的连续波并定义与罕见发育性肠道疾病相关的细胞和位置。研究者汇编了一个公开可用的在线资源，即胎儿肠道发育的时空分析资源（STAR-FINDer），以促进进一步的工作。
【标题】人睾丸发育单细胞分析揭示了躯体微环境细胞和胎儿生殖系干细胞的建立
【平台】10X
【期刊】Cell Stem Cell（IF=21.47）
【时间】2021-01-15
【摘要】人类睾丸在产前的发育涉及生殖系和体细胞特性的复杂变化。为了更好地理解，研究者对来自胚胎，胎儿和婴儿阶段的睾丸细胞的32,500个单细胞转录组进行了分析。结果表明，受精后6-7周，随着睾丸索的建立，支持细胞和间质细胞来源于共同的异种祖细胞，然后分解为胎儿支持细胞(表达成管基因)或间质细胞(包括表达类固醇生成基因的睾丸间质细胞系)。从受精后14-16周开始，男性原始生殖细胞退出有丝分裂，下调多能转录因子，并转变为最初在婴儿和成人睾丸中定义的0精原细胞状态非常相似的细胞。因此，研究者称这些胎儿精原细胞为“f0状态”。总体而言，研究者揭示了胚胎、胎儿和出生后男性生殖系以及躯体微环境的协调和发育的多种见解。
【标题】溶瘤病毒治疗介导的抗肿瘤反应：单细胞视角
【平台】10X
【期刊】Cancer Cell（IF=23.92）
【时间】2021-01-21
【摘要】T-VEC是一种经基因修饰的单纯疱疹病毒(HSV-1)批准的强力治疗药物。研究者研究了其对原发性皮肤B细胞淋巴瘤(PCBCL)的临床、组织学、单细胞转录和免疫谱水平的影响。13例患者接受了病灶内T-VEC治疗，其中11例注射病灶显示肿瘤反应。利用FNAs的单细胞测序，研究者确定了恶性人群，并分离出三种pCBCL亚型。注射后24小时，研究者在注射病灶的恶性和非恶性细胞中检测到HSV-1T-VEC转录本，但未注射病灶的细胞中检测不到HSV-1T-VEC转录本。溶瘤病毒疗法可以迅速根除恶性细胞。它还导致干扰素途径的激活和自然杀伤细胞、单核细胞和树突状细胞的早期涌入。紧随其后的是注射和非注射病灶中细胞毒性T细胞的富集和调节性T细胞的减少。
【标题】相反的免疫和遗传机制影响滑膜肉瘤的致癌程序
【平台】Smart-seq2/10X
【期刊】Nat Med.（IF=30.64）
【时间】2021-01-25
【摘要】滑膜肉瘤（SyS）是由SS18-SSX融合驱动的侵袭性肿瘤，其特征在于低T细胞浸润。在这里，研究人员整合了单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间谱分析以及遗传和药理学扰动的综合方法研究了SyS中的癌症-免疫相互作用。来自12个人类SyS肿瘤的16,872个细胞的scRNA-seq发现了一个恶性亚群，该亚群标志着原位免疫剥夺微环境，并预测了两个独立队列中的临床结果较差。功能分析表明，这种恶性细胞状态受SS18–SSX融合的控制，被巨噬细胞和T细胞分泌的细胞因子所抑制，并且可以与HDAC和CDK4 / CDK6抑制剂协同靶向。这种药物组合增强了SyS模型中的恶性细胞免疫原性，导致诱导的T细胞反应性和T细胞介导的杀伤作用。本研究为研究融合驱动的恶性肿瘤的异质性提供了一个蓝图，并证明了免疫逃逸和致癌过程之间的相互作用，可以共同靶向SyS和潜在的其他恶性肿瘤。
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