新品特惠│EM-seq助力Cell-free DNA甲基化研究

DNA甲基化在癌症液体活检（如cfDNA）中已经有很多相关研究，并受到越来越多的关注。常见的DNA甲基化研究手段都是基于亚硫酸氢盐（化学试剂）的转化，这种方法非常剧烈，对DNA损伤严重，对DNA起始量有着较高要求。而血液cfDNA的含量通常很低，只有几十ng，普通的亚硫酸氢盐测序手段很难满足。因此伯豪生物率先引进EM-seq（Enzymatic methyl sequencing），该技术基于酶学温和转化，可实现DNA甲基化位点的单碱基分辨率，适用于癌症早筛液体活检样本的DNA甲基化标志物研究（如：血浆cfDNA，尿液cfDNA，脑脊液cfDNA等）还适用研究细胞分化的单个细胞超微量样本（如：卵母细胞，精母细胞，胚胎等）。

技术参数

▶ 产品优势

• 酶转化最大限度降低DNA损坏，超低DNA起始量要求，低至10ng

•   卓越的比对率，GC均一性

•   高灵敏度，分辨率可达到单个碱基

•   相比亚硫酸氢盐方法检测可多检测15%的甲基化位点

•   灵活适用不同靶向区域

▶ 目录化产品

• 人（hg38）的134Mb 设计长度（覆盖约400万 CpG位点），基于最新的UCSC, Ensembl, ENCODE等最新的数据库，关注那些已知甲基化可影响基因调节的区域: 57% CpG open seas (interCGI), 21% CpG island shores, 15% CpG islands, 8% CpG island shelves。

实验流程

实验原理

图. EM-seq 转化涉及一系列酶反应，以识别未甲基化胞嘧啶。在第一次反应期间，10-11 易位双加氧酶 2 (TET2) 将甲基 化胞嘧啶（5mC 和 5hmC）转化为 5-羧 基胞嘧啶 (5caC) 以及氧化增强剂葡糖苷 酸 5hmC (5ghmC)。这些反应保护 5mC 和 5hmC 免 受下游 脱 氨作用 。然 后， 在 APOBEC 将胞嘧啶脱氨至尿嘧啶之 前，使 DNA 变性。随后的聚合酶链式反 应 (PCR) 扩增将修饰的 5mC 或 5hmC 转 化为胞嘧啶，并将尿嘧啶转化为胸腺嘧 啶。PCR 后，核酸序列与重亚硫酸盐转化 的序列一致，使得 EM-seq 与现有分析流 程（如 Bismark 和 bwa-meth）相兼容。

样本要求

分析流程

EM-seq结果展示（cfDNA）

图 所有样本整体甲基化水平展示 

 图 样品间的相关性分析

图 差异位点的饼图展示

图 ctDNA样本差异甲基化区域的展示

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